线粒体COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用     

梁宏伟  孟彦  罗相忠  李忠  邹桂伟 《中国水产科学》2018,25(4):772-782

为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。  相似文献   

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化     

杜民  牛宝珍  雷美榕  普文华  彭跃颖  施来凤  周甜  古金华 《淡水渔业》2021,(2):29-39

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。  相似文献   

黄颡鱼暴发性流行病病原的分离鉴定及其3种毒力基因检测   总被引：3，自引：0，他引：3  

刘杰  龙宜楠  黄钧  梁静真  胡大胜  龙苏  牛志伟  彭亚  植淇业 《淡水渔业》2015,(2)

为查明黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)暴发性流行病的病原菌及其3种毒力基因的携带情况,以常规方法进行细菌分离,人工感染试验确定病原菌的致病性,API 20NE和16S rRNA基因序列分析进行细菌鉴定,PCR扩增法检测病原菌的3种毒力基因。结果显示,从发病症状典型的黄颡鱼肝脏中分离到1株嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)GXGP1,与嗜水气单胞菌标准株ATCC 7966T的同源性为99.9%,对黄颡鱼有很强致病力,是引起黄颡鱼暴发性流行病的病原菌,该菌携带有Aer、hly和ahp 3种毒力基因。  相似文献   

鱼类金属硫蛋白基因的表达与调控     

冯仁勇  周小秋 《水产科学》2005,24(9):52-54

金属硫蛋白(Metallothionein,MT)是一类能选择性地结合重金属离子的低分子量蛋白质。自Marafante及其同事于1970年证明MT在真骨鱼类中的存在以来,人们就对MT在动物体内和体外的作用和功能进行了广泛的研究。Dunn等(1987)对鱼类MT的研究表明,这类蛋白质长度极为均一,由60~61个氨  相似文献   

猪繁殖和呼吸综合症山东分离株ORF7基因的克隆、测序及鉴定     

卢新存  吴加强  柴同杰 《家畜生态学报》2007,28(5):92-95

山东某些养殖场发生以母猪流产或产死胎、木乃伊等为特症的流行性繁殖障碍病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)所致.自行设计了一对针对PRRSV的N基因的特异性引物P1和P2,通过RT-PCR技术对分别从潍坊和济南收集到的可疑病料进行检测,结果为阳性,并得到1条366bp的DNA片段.纯化此扩增产物,然后与PMD-18T载体连接,转化大肠杆菌DH5α.结果得到了1个ORF7基因与PMD-18T载体的重组质粒PMD-18T-ORF7.通过EcoRⅠ/BamHⅠ双酶切及PCR证明此重组质粒即为ORF7基因与PMD-18T载体的重组质粒,从而为ORF7基因及其表达的核衣壳蛋白进一步研究奠定了基础.  相似文献   

红螯光壳螯虾组织蛋白酶L基因的克隆及维生素C对其表达的影响     

吴东蕾  左迪  黄有辉  马长安  赵云龙 《水产学报》2014,38(11):1818-1827

为深入了解红螯光壳螯虾组织蛋白酶L基因的表达特性及维生素C对其表达的影响,实验利用RACE-PCR技术及荧光定量PCR技术,从红螯光壳螯虾肝胰腺中克隆得到组织蛋白酶L基因cDNA全长序列,命名为CqCatL(GenBank登录号:KJ913663),同时检测了该基因在红螯光壳螯虾各个组织及添加了不同浓度维生素C的组别中的表达。结果显示,该基因全长1 810 bp,开放阅读框长度为1 026 bp,编码341个氨基酸残基,预测的分子量和等电点(pI)分别为37.63 ku和5.17。同源性分析结果显示,该基因编码的蛋白与其他虾蟹类有较高的相似性,说明组织蛋白酶L基因在甲壳动物具有较高的保守性。组织荧光定量PCR结果显示,CqCatL基因在红螯光壳螯虾的多个组织中均有表达,其中肝胰腺中表达量最高,其次为血细胞,在肠及触角腺中也有一定量的表达。在基础饲料中添加不同水平的维生素C后,CqCatL基因的表达量也存在明显差异,其中维生素C添加量为400 mg/kg的组别中该基因的表达量最高。研究表明,组织蛋白酶L基因在红螯光壳螯虾的生长发育过程中有重要的作用,且其表达量受维生素C的影响。  相似文献   

厚壳贻贝5-羟色胺2A受体(5-HT2AR)基因克隆和时空表达     

梁箫  陈珂  陈艳文  刘钰珠  李一峰  杨金龙 《水产学报》2018,42(12):1869-1879

为探究5-羟色胺2A受体（5-HT 2A receptor, 5-HT2AR）基因在海水贝类生长发育中的作用,本研究通过RACE技术和实时荧光定量PCR（qRT-PCR）克隆了厚壳贻贝5-HT2AR 基因的cDNA全长,并分析该基因的时空表达。结果显示,5-HT2AR基因全长2 636 bp,开放阅读框（ORF）2 124 bp,共编码707个氨基酸。序列分析结果显示该序列与人、小鼠、斑马鱼、长牡蛎和虾夷扇贝等物种分别具有45%、45%、48%、49%和67%的同源性。厚壳贻贝雌雄成体各组织和器官中均有5-HT2AR基因表达,雄性中的鳃表达量最高,而在雌性鳃、外套膜和性腺中的表达稍高于其他组织和器官;推测该基因可能与厚壳贻贝的摄食、对外界环境的感知及促进卵母细胞成熟有关。5-HT2AR基因在厚壳贻贝各发育阶段均有表达,且稚贝的表达量为眼点幼虫的1.4倍,推测5-HT2AR基因可能参与了调控厚壳贻贝幼虫的生长发育过程。本研究为进一步了解5-HT基因家族在双壳贝类中的功能奠定了基础。  相似文献   

对虾养殖池副溶血弧菌的分离鉴定及其耐药特征、毒力基因分析          下载免费PDF全文

李翠苹  翟倩倩  王想  李健 《渔业科学进展》2020,41(6):174-180

为了解对虾养殖池中副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的耐药性和毒力基因的携带情况,2018年从山东4个地区的对虾养殖池收集分离副溶血弧菌,采用Kirby-Bauer纸片法检测其对12种抗生素的耐药性,用PCR方法检测其携带耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热相关溶血素基因(trh)的情况。从对虾养殖池共分离副溶血弧菌50株。药敏实验结果显示,副溶血弧菌对庆大霉素、硫酸新霉素和氨苄西林的耐药情况最为严重,耐药率分别高达98%、90%和86%,对氟苯尼考、氯霉素、头孢他啶等敏感性较高,耐药率分别为10%、10%和20%。88%的菌株具有多重耐药性。毒力基因检测结果显示,所有菌株均不携带tdh基因,4%的菌株表现为trh阳性。本研究表明,对虾养殖水环境中的副溶血弧菌对抗生素的耐药性较为严重,应加强副溶血弧菌的病原学监测,在养殖过程中合理使用抗生素,以实现水产养殖业健康发展。  相似文献   

水稻富含半胱氨酸类受体激酶家族基因对纹枯病菌和植物激素的响应特征分析     

冯志明  王广达  赵剑华  居冉  李梦臣  高鹏  胡珂鸣  陈宗祥  左示敏 《中国水稻科学》2021,35(5):439-448

[目的]明确水稻富含半胱氨酸类受体激酶(Cysteine-rich receptor-like kinases,CRK)家族基因对纹枯病菌侵染和植物激素的响应特征,是解析CRK在水稻纹枯病抗性中的功能的重要前期工作.[方法]利用生物信息学方法构建了水稻45个CRK的系统发育树,并利用qPCR分析了它们对纹枯病菌和对植物...  相似文献   

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

曾地刚  陈晓汉  李咏梅  彭敏  蒋伟明  杨春玲 《水利渔业》2008,28(1):31-34

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.  相似文献