黑羽鹌鹑ESRβ基因外显子多态性及其与产蛋性状的相关性分析     

谢三磊  文凤云  李俊强  王晴  梁钰  刘艺婷  李磊  陈艺 《中国畜牧兽医》2016,43(12):3293-3299

试验旨在研究鹌鹑雌激素受体β亚基（ESRβ）基因外显子多态性及其与产蛋性能的关联性,为鹌鹑产蛋性能候选基因的确立及分子标记辅助选育提供理论依据。选取健康蛋用黑羽鹌鹑为研究对象,开产后进行生产性能的持续统计（60 d）,采用PCR-SSCP法对鹌鹑ESRβ基因多态性进行检测,并运用SPSS 13.0统计软件进行ESRβ基因多态性与生产性能的相关性分析。PCR-SSCP检测结果发现,ESRβ基因外显子1、3、4、5、6、7和8均存在单核苷酸多态性。相关性分析结果表明,在开产蛋质量上,外显子3 CD基因型与CC和DD基因型有显著性差异（P<0.05）;在开产日龄上,外显子5 DD基因型与CD和CC基因型有显著性差异（P<0.05）;在平均蛋质量上,外显子7 CD基因型与CC和DD基因型有显著性差异（P<0.05）。表明ESRβ基因与蛋用黑羽鹌鹑产蛋性状有一定关联性。  相似文献   

中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel     

吴允  毕榆林  张扬  郭晓敏  李志腾  万方  朱鹏飞  徐璐  常国斌  徐琪 《浙江农业学报》2016,28(8):1338

鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。  相似文献   

贵州地方山羊促卵泡素受体基因部分外显子多态性研究     

龙威海  丁玫  冯文武  许厚强  陈伟  张勇  陈祥 《中国畜牧兽医》2014,41(11):198-204

本试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对促卵泡素受体(follicle stimulating hormone receptor, FSHR)基因进行单核苷酸多态性检测,同时结合在线软件预测不同基因型的mRNA的二级结构。结果表明,在3个山羊品种中共检测到3个SNPs位点:C126T、C1246A和A1412C,其中C126T和C1246A分别位于外显子1和外显子10中,且均为同义突变,A1412C位于内含子中。对外显子1和10中的2个SNPs位点进行生物信息学分析,结果显示均导致了mRNA二级结构发生改变。  相似文献   

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析     

杨红  孙鹃  裘贵华  宋汝谋  杨开明  朱明贵  李俊  张勇 《中国畜牧兽医》2014,41(12):209-214

以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响.  相似文献   

鸡MC4R基因新突变位点的发现   总被引：3，自引：0，他引：3  

陶勇  王金玉  李国辉  胡玉萍 《安徽农业科学》2008,36(11):4528-4530

[目的]为深入研究鸡MC4R基因和分子育种提供参考。[方法]采用饱和酚/氯仿法从鸡血中提取DNA,利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡MC4R基因的单核苷酸多态性进行分析。[结果]对PCR产物进行SSCP分析,2对引物均表现出多态性。引物A得到2种基因型(AA型和AB型)。引物Z也得到2种基因型(CC型和CD型)。将测序结果与发表的鸡MC4R基因序列的比较结果进行比较,发现2个单核苷酸多态位点,其中A引物扩增序列中的多态位点为662 bp处G→C的点突变造成的,而Z引物扩增序列中的多态位点是由于在733～734 bp插入了一个C碱基引起的。[结论]该研究中未检测到BB和DD纯合基因型,这可能与在京海黄鸡培育过程中采用分子标记方法进行选择有关。  相似文献   

SNP discovery,linkage analysis and microsynteny in tentative consensus sequences derived from roots cDNA in a supernodulating soybean mutant     

Chun Mei Cai  Kyujung Van  Moon Young Kim  Tae-Hwan Jun  Jin Hee Shin  Soo Young Cho  Young Seek Lee  Suk-Ha Lee 《Euphytica》2008,164(1):189-197

  相似文献   

鸡Myogenin基因单核苷酸多态检测及群体遗传分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

王启贵  李辉  李宁  王宇祥  唐志权 《东北农业大学学报》2008,39(6)

肌纤维在决定肌肉生长和肉质方面起主要作用,并受到MyoD基因家族的调控。该家族基因编码螺旋-环-螺旋蛋白。以鸡Myogenin基因为候选基因,通过PCR-SSCP分析该基因5′调控区的变异。结果表明,在鸡Myogenin基因5′调控区存在3处SNPs,这些SNPs产生的不同基因型及等位基因在7个品种鸡间分布存在极显著的差异(P<0.001)。推测该基因的变异对鸡生长发育可能有一定的影响。  相似文献   

龙岩山麻鸭蛋品质性状的全基因组关联研究     

孙艳发  吴琼  林如龙  陈红萍  甘秋云  沈玥  王亚茹  薛鹏飞  陈飞帆  刘健涛  周陈鑫  兰诗诗  潘浩哲  邓凡  岳稳  江宵兵  李焰 《中国农业科学》2023,56(3):572-586

【目的】通过全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)技术筛选和鉴定鸭蛋品质性状的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及候选基因,为龙岩山麻鸭蛋品质性状分子育种提供参考。【方法】试验测定产蛋后期235只龙岩山麻鸭母鸭蛋品质性状,包括蛋重(egg weight,EW)、蛋形指数(egg shaped index,ESI)、蛋壳厚(eggshell thickness,EST)、蛋壳强度(eggshell strength,ESS)、蛋壳颜色L*、a*、b*值(eggshell colour L*,a*,b*,ESCL、ESCA和ESCB)、蛋白高度(albumin height,AH)、哈氏单位(Haugh unit,HU)、蛋黄颜色(egg yolk colour,EYC)、蛋黄重(egg yolk weight,EYW)和蛋黄比例(egg yolk percentage relative to egg weight,EYP)。使用ASReml-R 4.1软件多性状动物模型对蛋品质性...  相似文献   

玉米籽粒长度的全基因组关联分析     

代力强  吴律  董青松 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2018,46(6):20-28

【目的】筛选与玉米粒长紧密关联的SNP标记和候选基因,为分子标记辅助选择籽粒较长的玉米材料及克隆相关的功能基因奠定基础。【方法】以80个核心玉米自交系作为关联群体,在2014年和2015年分别将其种植在吉林省长春市和梅河口市,收获后考种。同时采用Illumina Hiseq PE150高通量测序仪对关联群体进行全基因组重测序,将获得的高质量SNP标记用于后续玉米粒长的全基因组关联分析。【结果】不同玉米自交系的籽粒长度遗传变异较大,广义遗传力为83.67%,说明该性状主要受到遗传因素的控制。经过全基因组关联分析,在4个环境下共检测到16个与玉米粒长显著关联(P10-6)的SNP标记,解释的表型变异率在1.68%~27.61%。其中7个标记位于前人已定位的粒长QTL置信区间内,1个标记在2015年的2个环境中都被检测到。在显著性SNP标记的LD范围内共发掘出GRMZM2G018607、GRMZM2G034882和GRMZM2G322641等3个候选基因,其分别编码ABCF4转运蛋白、WIP2互作蛋白和一个含DUF2346结构域的蛋白质,可能与玉米粒长的发育形成密切相关。【结论】筛选出16个与玉米粒长紧密关联的显著性SNP标记和3个候选基因。  相似文献   

基于转录组测序的大口黑鲈驯食相关SNP开发及其与生长性状的关联分析     

马冬梅  全迎春  樊佳佳  胡婕  白俊杰  刘浩 《水产学报》2018,42(11):1684-1692

大口黑鲈为肉食性鱼类,传统养殖过程中使用大量的冰鲜鱼为饵料,冰鲜鱼的使用不仅增加了养殖成本,而且多余的冰鲜鱼残饵还会给环境带来严重的污染。为了保护环境并降低养殖成本必须减少冰鲜鱼的使用量,本实验以选育适合人工配合饲料饲喂大口黑鲈为研究目标,用人工配合饲料作为饵料驯化大口黑鲈幼鱼,在驯食后14和16 d,测定其体质量、全长、体高等生长指标。同时在大口黑鲈转录组测序分析获得的SNP位点中,选择其所在序列的基因功能与能量代谢有相关性的7个SNP位点进行SNaPshot分型,用SPSS 19.0进行卡方分析标记与生长性状的相关性。结果发现,序列Unigene031044中的C1332G位点、Unigene085384中的A741G位点和Unigene022319中的A284G位点在体质量、全长及体高性状上存在显著差异。这3个SNP位点所在的基因经预测分别与雌二醇17β脱氢酶12B (hsd17b12b)基因、长链酰基辅酶A合成酶家族成员1(acsl1)基因和琥珀酸脱氢酶组装因子2(sdhaf2)基因具有很高的同源性,推测上述3个SNP位点的变异可能影响了基因表达产物对脂肪酸代谢或三羧酸循环的调节功能,与大口黑鲈对人工配合饲料的利用能力存在密切的相关性。本研究筛选得到的与驯食相关的SNP位点为大口黑鲈功能基因多态性的进一步研究,及加快大口黑鲈食性改良与驯化育种的遗传研究提供了科学的参考依据。  相似文献