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采用PCR SSCP技术研究山东地方鸡种(鲁禽鸡、琅琊鸡、石歧杂鸡、汶上芦花鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡)Mx基因多态位点与绵羊红细胞(sheep red blood cell, SRBC)免疫抗体滴度和禽流感(avian influenza, AI)、新城疫(newcastle disease, ND)免疫抗体滴度等免疫性状的关系。扩增包含Mx基因intron 13和exon 14约150 bp的片段,通过SSCP分型、测序,在5个地方鸡种共发现2个SNP突变位点分别为Mx基因编码序列第1 892位点G→A(Ser→Asn),第1 911位点G→A。与免疫性状进行关联分析,发现鲁禽鸡、琅琊鸡、莱芜黑鸡Mx基因编码序列1 892位点与H9抗体滴度显著相关(P＜0.05)。 相似文献
112.
Silvija Cerni Dijana Skoric Jelena Ruscic Mladen Krajacic Tatjana Papic Khaled Djelouah Gustavo Nolasco 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2009,124(4):701-706
Citrus tristeza virus (CTV) represents one of the major threats to citrus production worldwide. In the East Adriatic region, CTV symptoms are mostly
absent due to traditional citrus grafting on trifoliate orange (Poncirus trifoliata), a CTV-tolerant rootstock. Therefore, the virus has been continuously spreading by the propagation of infected material.
The genetic variability of CTV was studied on nineteen citrus samples, collected from orchards in the coastal region of Croatia,
Montenegro and Albania, that previously tested positive by ELISA and immunocapture RT-PCR. Single-strand conformation polymorphism
of the amplified coat protein gene demonstrated the presence of different CTV variants in each amplicon, while sequence analysis
of cloned CP gene variants confirmed their clustering into six out of the seven phylogenetic groups so far delineated. Four
of these groups include sequences of severe quick decline, seedling yellows and stem-pitting (SP) isolates, thought to be
found only rarely in the Mediterranean region. Regardless of the lack of symptoms in the field, CTV isolates from the East
Adriatic displayed high genetic variability and pathogenic potential, additionally confirmed by biological characterisation.
The high percentage of mixed infections suggest the potential for further diversification and a greater risk of severe variants
spreading into new areas. 相似文献
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F. d'Urso M.A. Ayllón L. Rubio A. Sambade A. Hermoso de Mendoza J. Guerri & P. Moreno 《Plant pathology》2000,49(2):288-294
The population of genomic RNA sequence variants of citrus tristeza virus (CTV) isolates was characterized by single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of complementary DNA (cDNA) of the genes p18 and p20. Comparison of field and aphid-transmitted isolates showed that aphid transmission frequently altered the single-strand conformation polymorphism (SSCP) pattern of both genes, indicating changes in the population of genomic RNA variants. SSCP analysis of the cDNA of RNA extracted from small pieces of tissue sampled at different sites of the same plant sometimes yielded different patterns, indicating uneven distribution of the genomic RNA variants within the infected plant. Different SSCP patterns were also obtained when the RNA extracted from individual aphids probing in the same infected leaf was used as a template. Uneven distribution of the genomic RNA variants within the infected plant and sorting of some of these variants by individual aphids probably contribute to changes observed in the CTV population following aphid transmission. 相似文献
114.
利用松树单倍体胚乳,双倍体的针叶材料,扩增了叶绿体基因组和核基因组的５个ＤＮＡ片段,研究了ＳＳＣＰ这一分析方法的可靠性。结果表明ＳＳＣＰ分析方法具有坚实的分子基础、较高的分辨率和试验重复性。对ＳＳＣＰ谱带在杂交子代和单倍体胚乳的分离分析,证明了ＳＳＣＰ还具有良好的遗传稳定性。 相似文献
115.
为了明确大麦成株叶锈病抗性品种‘Pompadour’抗性基因的性质,以‘WABAR2482×Pompa-dour’的457个F2后代为材料,采用单链构象多态性(SSCP)分析技术,对发掘的SNP-EST分子标记在抗性品种的F2后代中进行分子标记检测。结果表明,457株F2分离群体中328株表现抗病,129株表现感病,卡方检验符合3∶1的分离比例。推断新发现的5HS成株叶锈病抗性基因为主效显性抗性基因。在所筛选的15对大麦5HS染色体EST标记中,共显性SNP标记K05820共检测出109株抗性亲本纯合体、115株感病亲本纯合体和233株杂合体。利用F2代表型分离结果对标记K05820进行验证分析发现,该标记与‘Pompa-dour’5HS染色体成株叶锈病抗性高度相关(r=0.82)。同时,新的定位分析表明,K05820与成株叶锈病抗性基因间的遗传距离为7 cM。这说明共显性EST-SNP标记K05820可以运用于大麦5HS染色体成株叶锈病抗性基因后代杂合体及纯合体的筛选,能够应用于田间抗病材料的初步筛选。 相似文献
116.
采用PCR-SSCP结合测序方法,在民猪、长白猪两群体中检测p Ig R基因外显子1多态性,研究母猪基因多态性与仔猪腹泻关系。结果表明,p Ig R基因外显子1存在两个错义突变,第373位C→T导致丙氨酸→缬氨酸变异,第394位A→G导致天冬氨酸→丝氨酸变异。民猪群体有AA、AB和BB三种基因型,长白猪群体有AA和AB两种基因型,两群体基因型分布差异极显著(P0.01)。民猪群体,不同基因型母猪仔猪腹泻指数和腹泻致死率均存在显著差异(P0.05),但长白猪群体,仅腹泻指数表现显著差异(P0.05)。 相似文献
117.
为了解八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性,采用PCR SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA DRA基因第2外显子进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸序列分析。结果显示,222头八眉猪中共检出2种等位基因（A和B）和3种基因型（AA,BB和AB）,其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,发现该基因仅有一个核苷酸突变位点（c.3093 A→C）,为错义突变,使甲硫氨酸（Met）变为亮氨酸（Leu）,并且该氨基酸位于抗原结合位点上。群体遗传学分析发现,八眉猪遗传杂合度（He）为0.351 4,多态信息含量（PIC）为0.308 8,且经χ2适合性检验,八眉猪在此位点上没有偏离Hardy Weinberg平衡状态（P>0.05）。八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性较低。 相似文献
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为了解脂肪型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因在不同鸭品种、世代间的突变情况,以山麻鸭、巢湖鸭、金定鸭(3个世代群体)等9个鸭品种为材料,设计2对引物,用SSCP方法检测A-FABP基因多态性,比较不同鸭品种之间、金定鸭3个世代群体之间基因型、等位基因频率、群体遗传参数。结果显示,9个鸭品种中共形成A、B、C、D 4个等位基因,对不同基因型序列进行比较发现,在内含子1中有6个单核苷酸突变。在9个鸭品种中,B等位基因频率均明显高于A、C、D。大部分鸭品种之间基因型频率存在显著性差异,金定鸭3个世代群体之间基因型频率无明显差异。所有鸭品种的群体杂合度都在0.4以上,山麻鸭、攸县麻鸭、广西小麻鸭、金定鸭3个世代群体均为中度多态,其他鸭品种为高度多态。除山麻鸭和临武鸭外,其他鸭品种均处于HardyWeinberg平衡状态。可见,鸭不同品种中A-FABP基因具有丰富的单核苷酸多态性,采用小群保种方式,金定鸭A-FABP基因多态位点形成的基因型频率在世代间无显著性变化。 相似文献
119.
本研究旨在探讨鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白(Adipocyte Fatty Acid-Binding Protein,A-FABP)基因部分序列多态与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量关系。根据鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计4对引物,利用PCR-SSCP对鸭A-FABP基因部分序列进行多态性研究并探究序列多态性与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量的关系。结果表明:克隆序列包含鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与鸡A-FABP基因内含子1同源性为75.1%;经SS-CP检测,发现引物P1扩增片段有3处碱基突变,引物P3有6处碱基突变,这些突变分别产生了3种和8种基因型。在P1位点樱桃谷鸭和苏牧麻鸭偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),金定鸭基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),在P3位点3个群体均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。同时,这些基因型在不同群体中分布存在显著或极显著差异(P0.05或P0.01)。最小二乘分析显示,肌内脂肪和血清甘油三酯含量在各群体中有显著差异(P0.05),P1和P3位点各基因型对肌内脂肪含量无显著影响(P0.05),仅在P3位点CD基因型个体血清甘油三酯含量显著高于其他基因型个体(P0.05)。结果提示,鸭A-FABP基因内含子1多态对血清甘油三酯含量有一定影响,但是否影响鸭肌内脂肪沉积,还需进一步研究。 相似文献
120.
采用PCR-SSCP方法,检测甘肃高山型细毛羊优质毛品系111只KRT35CDS区部分序列的遗传多态性,并与羊毛弯曲度进行关联分析.结果表明:KRT35CDS区部分序列存在1个等位基因3种基因型.χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.4526,属于中度多态(0.5＞PIC＞0.25).测序结果显示,与绵羊该基因序列(EU216426)相比,A等位基因在154处发生T→C的突变.关联分析表明:优质毛品系不同基因型之间羊毛弯曲度差异不显著. 相似文献