牛科物种FSHβ基因外显子1和外显子2遗传特征分析     

哈福  李大林  袁跃云  吴志勇  袁峰  霍金龙  苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》2013,28(1):61-69

 促卵泡素（follicle stimulating hormone, FSH）对刺激动物卵泡发育和促进精子生成具有重要作用,但有关牛科物种FSH基因的群体遗传特征还不十分清楚。本文针对FSHβ基因外显子1和外显子2,采用PCR SSCP结合PCR产物直接测序技术对353头水牛(来自11个水牛群体)、30头牦牛和30头大额牛样品进行了群体变异检测,并结合NCBI数据库中已发表的普通牛、山羊和绵羊等物种同源序列进行了群体遗传和生物信息学分析。在FSHβ基因外显子1中,水牛中发现1个核苷酸替换和1个缺失,即c-49A>G和c-31delG;其中,SNP49在河流型和沼泽型水牛中均存在,等位基因c-49A为优势等位基因,而c-31delG只存在于沼泽型水牛中,且为杂合状态,基因频率为0.077。在牦牛外显子1中检测到c-37G>A和c-12T>C替换,且为连锁遗传的,而在大额牛外显子1中未检测到SNP位点。在FSHβ基因外显子2中,水牛中发现c132G>A替换,该位点在河流型和沼泽型水牛均存在,但等位基因频率在两类水牛间不一致。在牦牛外显子2中检测到c9C>T和c21C>T替换,该替换也存在于普通牛中;大额牛外显子2为单态,未见SNP位点。生物信息学分析显示,在一些牛科物种FSHβ基因外显子2中发现的SNP位点均为同义替换,揭示了其序列的高度保守性。在牛科物种中,山羊和绵羊FSHβ基因第36位密码子编码氨基酸与其他物种不同,可作为区分它们的遗传标记。  相似文献   

Efficiency of PCR-RF-SSCP marker production in Brassica oleracea using Brassica EST sequences   总被引：1，自引：0，他引：1  

Hisashi Inoue  Takeshi Nishio 《Euphytica》2004,137(2):233-242

Efficiencies of SCAR, CAPS and PCR-RF-SSCP marker production were investigated using two combinations of breeding lines in Brassica oleracea. Published EST sequences of B. oleracea, Brassica rapa, Brassica napus, and Arabidopsis thaliana and newly determined nucleotide sequences of anther cDNA clones from B. oleracea were used for designing primer pairs to amplify genes. The percentage of primer pairs yielding DNA amplification of a single gene was higher in primer pairs of B. oleracea (91%) than those of B. rapa (56%) and A. thaliana (17%). Single DNA fragments amplified by 9% of the primer pairs showed polymorphism as SCAR markers between a broccoli line and a Chinese kale line by agarose-gel electrophoresis. CAPS analysis showed different band patterns in 32% of the same-sized DNA fragments, and PCR-RF-SSCP analysis revealed DNA polymorphism in 52% of those showing no DNA polymorphism by CAPS. In total, 71% of the single DNA fragments were converted to DNA markers. The frequency of DNA polymorphism between parental lines of a cabbage F₁ hybrid was lower, 5% by SCAR and 12% by CAPS. However PCR-RF-SSCP analysis revealed DNA polymorphism in 21% of the DNA fragments showing no polymorphism by CAPS. These results suggest that PCR-RF-SSCP analysis enables highly efficient DNA marker production for mapping of genes in Brassica using progeny, even progeny of closely related parents. Analysis of selfed seeds of broccoli F₁ cultivars using PCR-RF-SSCP markers indicated that PCR-RF-SSCP analysis is also applicable to seed purity tests.  相似文献   

新疆甜菜坏死黄脉病毒遗传分化的研究     

向本春  刘升学  黄家风  席德慧  岳海涛 《中国农业科学》2003,36(9):1032-1037

 对来自新疆不同地区的 12个甜菜坏死黄脉病毒 (BNYVV)分离物的核酸组分进行RT PCR分析表明 ,不同地区的BNYVV分离物RNA组分有一定差异。塔城、奇台和石河子 14 5团的BNYVV分离物含有RNA1、RNA2、RNA3和RNA4 ;库尔勒地区的BNYVV分离物还含有RNA5 ;石河子甜菜研究所病圃的BNYVV分离物只含有RNA1和RNA2。对RNA1- 4的RT -PCR产物进行SSCP分析还表明 ,新疆的所有BNYVV分离物既不同于美国的BN TX ,也不同于我国黑龙江的He分离物 ,其内部也存在明显的遗传分化 ,将新疆的 12个BNYVV分离物初步归为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ共 4个类群。Ⅰ类群 :石河子分离物S1、S2 ;Ⅱ类群 :塔城T3、T6、T7和T8分离物 ;Ⅲ类群 :库尔勒K1、K2、K4、K5 ;Ⅳ类群 :奇台Q1、Q2分离物。而且这种遗传分化有明显的地域分布性。  相似文献   

中国明对虾(Penaeus chinensis kishinouye)Sox基因PCR-SSCP分析条件优化的研究     

朱琴  汪桂玲 《现代渔业信息》2006,21(12):7-9

聚合酶链反应一单链构象多态性（PCR-SSCP）是一种快遮、简便、较灵敏的检测基因变异的方法，但其影响因素很多，本试验从多个方面对中国对虾SOX基因SSCP方法的影响因素进行分析，结果发现应用12％，交联度49：1的聚丙烯酰胺凝胶常温下低压电泳效果最佳。条带清晰。容易识别。可应用于其他SSCP分析方法的参考。  相似文献   

促卵泡素(FSH)β亚基基因的单核苷酸多态性及其与兔产仔数的相关性研究     

陈涛  刘辉  宋晓娟  尚利青  潘孝青  丁家桐 《中国草食动物》2009,29(2)

采用PCR-SSCP结合测序的方法检测了兔FSHβ亚基基因第2外显子的多态性,发现了1个SNPs位点,并对该突变位点进行了克隆及序列测定,位于第2外显子的176位点处碱基突变(A→G),导致苏氨酸向丙氨酸的变化.首次证明了FSHβ亚基基因与母兔产仔数的关系.  相似文献   

鸡Apo VLDLⅡ基因内含子Ⅰ的多态性研究     

程金花  鞠慧萍  许盛海  黄军  陈国宏 《畜牧与兽医》2007,39(8):8-11

本研究根据鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ的基因序列设计3对引物,分别采用PCR-RFLP、PCR-SSCP技术对文昌鸡、如皋黄鸡、丝羽乌骨鸡、安卡肉鸡及红色原鸡5个鸡种进行多态性研究。结果表明,鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ存在4处突变,分别为:1950处G/A、2522处A/C、2705处A/C及2793处C/T。统计结果显示:安卡肉鸡基因型频率的分布与如皋黄鸡、红色原鸡存在显著差异,文昌鸡基因型频率的分布与乌骨鸡差异不显著,除安卡肉鸡外所有鸡种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。  相似文献