基于 RAD-seq 的菜心 InDel 标记开发及应用     

许玉富  黄依琳  李荣华  黄红弟  郭少龙  李光光  郭培国  夏岩石 《广东农业科学》2024,51(3):91-102

【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84 510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3 609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个（72.5%）在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量（PIC）为0.263～0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366～0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有...  相似文献   

黄淮海地区稻茬小麦田杂草组成及群落特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

高兴祥  李美  房锋  李健 《植物保护学报》2019,46(2):472-478

为明确黄淮海地区稻茬小麦田杂草组成及群落特征,采用倒置W型九点取样法对黄淮海地区稻茬小麦田杂草进行了调查,并进行了区域聚类分析。调查结果表明:从杂草种类来看,黄淮海地区稻茬小麦田杂草共有49种,隶属于17科45属,其中禾本科、菊科、十字花科和石竹科种类最多,分别有10、8、7和6种;从杂草优势度来看,优势杂草有7种,分别为看麦娘Alopecurus aequalis、硬草Sclerochloa kengiana、猪殃殃Galium aparine、牛繁缕Malachium aquaticum、稻槎菜Lapsana apogonoides、荠菜Capsella bursa-pastoris、日本看麦娘A. japonicus,区域性优势杂草有6种,分别为野老鹳草Geranium carolinianum、碎米芥Cardamine hirsuta、大巢菜Vicia gigantea、通泉草Mazus japonicus、菵草Beckmannia syzigachne、委陵菜Potentilla chinensis,这13种杂草是构成黄淮海地区稻茬小麦田的主要杂草,此外还分布有一般性杂草36种;从杂草区域分布来看,江苏省北部稻麦轮作区小麦田物种丰富度最高,有40种,明显高于其它稻麦轮作区小麦田,香农指数和均匀度指数也以该区域最高,分别为2.63和0.71,辛普森指数则以山东省临沂库灌稻麦区最高,为0.27。聚类分析结果表明,黄淮海地区稻茬小麦田杂草群落可以划分为4组,河南省南部稻麦轮作区和山东省临沂库灌稻麦轮作区杂草群落结构相似构成1组,河南省北部沿黄稻麦轮作区和山东省沿黄稻麦轮作区杂草群落结构相似构成1组;江苏省北部稻麦轮作区和山东省济宁滨湖稻麦轮作区各自单独成组。  相似文献   

基于花期差异和ISSR-PCR分析的不同茶梅品种间亲缘关系     

高园  解元  杨自云  陈龙清  吴田 《经济林研究》2022,(4):209-217

【目的】为了明确不同茶梅品种之间的亲缘关系,为后续的良种筛选和种质资源的开发与利用奠定基础。【方法】以引自不同原产地的34个具有代表性的茶梅品种为研究对象,对其树形、叶质、花色、花瓣类型、花瓣数量、花期等6个形态学性状进行了观察记录和分类统计;在此基础上,采用试剂盒法,选择完整、健壮、表现良好的鲜叶,提取34个茶梅品种的基因组DNA,利用ISSR分子标记技术,采用10个优选的ISSR引物,对茶梅品种基因组DNA进行PCR扩增,使用NTsys软件构建品种间的聚类分析图。【结果】扩增得到142条重复性好、清晰稳定的PCR条带,其中多态位点数为136个,多态性条带的比例为95.77%。聚类分析结果表明,供试茶梅品种的遗传相似性系数为0.62～0.91;当遗传相似性系数为0.70时,供试的茶梅品种被聚成6个类群,类群Ⅰ和Ⅵ中都仅有1个茶梅品种,分别是‘立寒1号’与‘笑颜’;类群Ⅱ和Ⅳ中都包含了12个茶梅品种;类群Ⅲ和Ⅴ中都包含了4个茶梅品种。【结论】基于花期差异情况结合ISSR-PCR分析结果分析发现,34个茶梅品种间存在着丰富的遗传多样性,且各个类群间的亲缘关系均较远,加之不同类群中的茶梅品...  相似文献   

电晕放电对肉鸡合气体环境指标的影响     

《农业工程》2021,11(11)

  相似文献   

ERIC-PCR技术在平菇菌株鉴定中的应用     

何培新  刘伟  程雁  郭恒  申进文 《河南农业大学学报》2007,41(6):659-663

研究了ER IC-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用.结果表明,在22个供试平菇菌株和对照香菇菌株中,ER IC-PCR扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高.聚类分析表明,在聚类重新标定距离为15的水平上,23个菌株聚类成8大类群:糙皮侧耳栽培菌株分别归属第1和第2大类群;秀珍菇5号、4011、白灵菇2号、杏鲍菇、鲍鱼菇和香菇分别独立地聚类为不同的大类群.在聚类重新标定距离为20时,鲍鱼菇和香菇聚类在一起,其他平菇菌株聚类在一起.这表明ER IC-PCR技术可以应用于平菇栽培菌株的鉴定,但也说明该技术在食用菌分类鉴定应用上的局限性,同时也说明食用菌需要多相分类鉴定.  相似文献   

吉林省大豆品种（系）遗传多样性分析     

吕叶  董青松  陈亮  侯云龙  刘德泉  王跃强  张君  王新风  张玲  于维  邱红梅 《中国农业大学学报》2024,29(7):148-160

为明确吉林省2003—2022年育成的大豆品种（系）的遗传距离和亲缘关系,选取2003—2022年育成的299份大豆品种（系）为试验材料,利用覆盖大豆基因组的SNP标记对其进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明：1）3 240个SNP标记在参试材料中共检测出A/A、A/G、A/T等16种基因型,分子标记多态信息量（PIC）范围为0.009 9~0.556 1,平均值0.318 4;使用Powermarker vision 3.25软件,得到样本群体等位基因频率为0.688 3、平均PIC为0.318 5。2）参试材料间遗传相似系数在44.86%~95.46%,平均为63.40%;其中,遗传相似系数在60%~70%的材料最多,样本数为170份,占参试材料的56.86%。3）根据遗传距离将参试材料划分为4个类群,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群分别含有8、3、115、173份品种（系）;来源于同一育种单位的品种（系）一般划分到同一类群。4）进一步利用STRUCTURE进行遗传结构预测,结果显示K=4,表明参试的299份品种（系）可被划分成4组独立的遗传结构类群;第1、2、3、4遗传结构类群分别含有24、18、105、152份品种（系）,第1遗传结构类群含祖先遗传物质最多,第2、3、4遗传结构类群中外引遗传物质占比逐渐增多,第4遗传结构类群中外引遗传物质占比为46.80%。综上,参试大豆品种群体总的遗传背景相对狭窄,但随着外引遗传物质的引入,第4遗传结构类群（152份）的遗传多样性显著高于总体水平。  相似文献   

模糊聚类分析在农业经济类型划分中的应用     

方红 《黑龙江农业科学》2007,(6):74-76

利用模糊聚类分析的方法,以山西左权为例,选取全县十个乡(镇)的8项指标,对农业经济类型划分进行了分析,得到了与实际相吻合的结果.克服了传统方法的不确定性.  相似文献   

珠江水系鱼类分布的模糊聚类分析     

杨严鸥  杨兴丽 《珠江水产》1999,(3):2-4

应用模糊聚类法对珠江水系鱼类分布进行研究,结果表明,在λ=0.650时,珠江水系的鱼类分布可分为11类：都柳江、红水河、左江、右江、郁江、浔江、柳江、桂江、北江、西江和东江为一类;南盘江、北盘江、西洋江、星云湖、大屯海、抚仙湖、杞麓湖、异龙湖、阳宗海及珠江口各为一类。上游水系各水体和珠江口的鱼类分布具有很强的特殊性,在上游水系易形成淡水鱼特有种类保护区。  相似文献   

我国5个青蛤地理群体形态差异分析     

么宗利  王慧  周凯  来琦芳 《海洋水产研究》2007,28(2):63-70

运用3种多元统计分析方法,比较研究了我国青蛤5个地理群体(福建、浙江、江苏、天津及辽宁)的形态差异。选择了14个可量性状和6个地区生态特征参数进行主成分分析和聚类分析。结果表明,江苏、天津和辽宁的形态较接近,其中福建群体的趋异差异最大。主成分分析构建了3个主成分。其贡献率:主成分1为28.05%,主成分2为18.6%,主成分3为14.0%,累计贡献率为60.65%。逐步判别选入8个贡献率较大的性状进行判别分析。结果显示,5个群体形态差异显著(P<0.01)。建立了5群体判别函数,其判别准确率P1为35%~90%,P2为73.7%~86%。综合判别率为67.5%。青蛤形态学差异是遗传和环境共同作用的结果,结合分子遗传学研究将更准确地描述青蛤5群体间的遗传特性,为今后种质资源保护及遗传育种提供依据。  相似文献   

应用RAPD标记对东方(鱼屯)属进行种类鉴别及其聚类分析   总被引：6，自引：0，他引：6  

陈超  石拓  孙曙光  于宏  孙中之  孔杰 《海洋水产研究》2001,22(3):32-36

利用RAPD技术对红鳍东方、假睛东方、暗纹东方和从日本引进的红鳍东方4个种进行了遗传标记鉴别研究.在事先优化的条件下,20个随机引物共扩增出134条谱带清晰、重复性高的DNA片段,其中多态性片段77条.结果证实每一种均有其特异性扩增图谱,可作为种鉴定的依据;用UPGMA和NJ等方法进行聚类,构建的系统树与借助形态学和生化特征进行的传统分类结果一致.研究表明,RAPD作为一种新的分子标记,在海洋动物遗传鉴定方面具有巨大的潜力.  相似文献