Genome-scale mRNA and miRNA transcriptomic insights into the regulatory mechanism of cucumber corolla opening          下载免费PDF全文

SONG Xiao-fei  GE Dan-feng  XIE Yang  LI Xiao-li  SUN Cheng-zhen  CUI Hao-nan  ZHU Xue-yun  LIU Ren-yi  YAN Li-ying 《农业科学学报》2022,21(9):2603-2614

  相似文献   

骨髓源肥大细胞通过甘露糖受体识别FMDV-VLPs的细胞因子应答     

韩伟建  张俊娟  张义明  王家鑫  李丽敏 《畜牧兽医学报》2022,53(11):3917-3926

为了研究骨髓源肥大细胞（BMMCs）通过甘露糖受体对口蹄疫病毒样颗粒（FMDV-VLPs）的细胞因子应答效应，本研究构建了重组pCMV-HA-HBcAg-VP1-VP4质粒，并转染CHO-K1细胞以制备FMDV-VLPs。用FMDV-VLPs负载经甘露糖受体（MR）抑制剂Mannan处理的BMMCs （iMR-VLP组），并设置只负载FMDV-VLPs组（VLP组）和单纯细胞组（Control组）作为对照，收集细胞上清液，用细胞因子芯片检测不同处理组BMMCs细胞上清中细胞因子的含量。结果显示：与Control组相比，VLPs组BMMCs表达IL-1α、IL-2、IL-4、IL-15、IL-17A、IL-21、TNF-α、IFN-γ、CC17和CCL21均显著上调（P<0.05），而IL-10没有显著变化，iMR-VLP组BMMCs表达IL-1α、IL-2、IL-4、IL-15、IL-17A、TNF-α、IFN-γ、CCL-17和L-Selectin显著下调（P<0.05），而IL-9、IL-10、CCL19和CCL21的表达则呈上调变化。综上所述，FMDV-VLPs可以促进BMMCs一系列细胞因子的分泌，而抑制MR后，BMMCs分泌细胞因子能力受到了一定程度的抑制，表明FMDV-VLPs可能通过BMMCs的甘露糖受体增强Th1型细胞因子分泌、有效抑制能引起免疫抑制的IL-10的分泌，并降低介导T细胞的再循环的CCL19和CCL21的形成。研究结果为基于肥大细胞甘露糖受体应答效应的口蹄疫新型疫苗的研发提供了理论依据和新思路。  相似文献   

昆明犬群体遗传结构及受选择基因分析     

李静  程鲁光  万九生  陈超  邓卫东  张正红  张志  黎立光 《畜牧兽医学报》2022,53(5):1455-1464

旨在以昆明犬为主要研究对象探究昆明犬-国内唯一培育并广泛使用的工作犬品种的遗传多样性和群体遗传结构。本试验共采集16头昆明犬(3个品系)、4头马里努阿犬、4头德国牧羊犬血样并提取基因组DNA，用Illumina CanineHD Beadchip芯片对24头3个品种犬进行主成分分析(PCA)、STRUCTURE和邻接(NJ)树分析，检测3个品种警犬的遗传群体结构，并分析昆明犬选育中可能受到选择的候选基因。结果显示，芯片数据根据质控标准最终有86 270个SNPs被筛选出来用于分析。STRUCTURE群体结构分析表明，K=2时德国牧羊犬(DM)和其他品种犬完全区分开来，K=3时马里努阿犬(ML)可以和其他两个品种区分出来，昆明犬中存在部分德国牧羊犬的杂合。PCA和NJ树分析均能将3个品种犬清楚地分开。通过在常染色体上设置500 kb的滑动窗口和将这些区域注释后得到22个在昆明犬品种形成过程中可能受到正选择的基因，主要是参与腺苷酸环化酶活化g蛋白偶联受体信号通路的基因及蛋白和在神经元轴突的生长锥中影响轴突和前导突起生长的基因。本研究探讨了中国昆明犬与其他品种犬的遗传关系,为昆明犬受到强烈的人工选择而产生调节学习、记忆、应激刺激等适应的遗传机制提供了重要的参考。  相似文献   

橡胶树树皮miRNA定量表达分析的内参筛选          下载免费PDF全文

吴绍华  张世鑫  杨署光  田维敏 《热带作物学报》2022,43(11):2181-2187

世界所需天然橡胶主要来自橡胶树，橡胶树的乳管是合成和储存天然橡胶的组织，树干树皮中的次生乳管与天然橡胶生产密切相关，由维管形成层分化而来。次生乳管数量与天然橡胶产量呈显著正相关。因此，乳管分化是天然橡胶生产面临的一个重大理论课题。植物miRNAs是一类长约20~24个核苷酸的非编码小RNA分子，通过介导基因沉默在植物生长发育、细胞分化及逆境适应中起着非常重要的调节作用。橡胶树乳管分化过程中差异miRNAs的鉴定对于进一步认识乳管分化的分子机理具有重要的作用。实时荧光定量PCR（qPCR）已广泛用于miRNA的定量表达分析，选择合适的miRNA内参对于准确进行miRNA的表达定量至关重要。本研究以冠菌素（coronatine, COR）诱导橡胶树萌条分化次生乳管的实验系统，采用小RNA Poly A加尾的qPCR技术分析COR处理对形成层区3个非编码RNA（U6 snRNA、5S rRNA、18S rRNA）和6个miRNA（hbr-miR159b、hbr-miR396b、miR169-x、miR172-y、miR535-x、miR894-x）候选内参的表达稳定性的影响。geNorm和NormFinder软件的联合分析结果显示，表达稳定性最高的是hbr-miR396b和miR894-x，稳定性较差的是U6 snRNA。hbr-miR396b和miR894-x可作为合适的内参基因，用于分析COR影响下的miRNA相对定量表达，为鉴定橡胶树次生乳管分化相关的差异表达miRNAs奠定良好基础。  相似文献   

外引青贮玉米自交系的遗传关系分析          下载免费PDF全文

许洛  李中建  王绍新  王宝宝  徐立平  冯健英  陈莉 《玉米科学》2023,31(4):15-23

为提高对引进青贮玉米种质资源的利用效率，使用48K的液相基因芯片技术，对38份青贮玉米种质进行全基因组鉴定并开展群体遗传结构分析。结果表明，自交系间的遗传相似度在0.431 4～0.982 8，在遗传结构上可以分为4个亚群，各亚群间遗传关系较远，具有较好的育种潜力。综合分群结果表明，其中有10个自交系属于欧洲硬粒血缘，属于PB群的有8个自交系，属于Reid群的有5个自交系，属于旅大红骨群的有2个自交系，属于SS群的有1个自交系，属于SPT群的有1个自交系。11份材料血缘关系较为复杂，未检测出主导血缘。  相似文献   

Identification of genetic loci for grain yield-related traits in the wheat population Zhongmai 578/Jimai 22          下载免费PDF全文

《农业科学学报》2023,22(7):1985-1999

The identification of stable quantitative trait locus (QTL) for yield-related traits and tightly linked molecular markers is important for improving wheat grain yield. In the present study, six yield-related traits in a recombinant inbred line (RIL) population derived from the Zhongmai 578/Jimai 22 cross were phenotyped in five environments. The parents and 262 RILs were genotyped using the wheat 50K single nucleotide polymorphism (SNP) array. A high-density genetic map was constructed with 1 501 non-redundant bin markers, spanning 2 384.95 cM. Fifty-three QTLs for six yield-related traits were mapped on chromosomes 1D (2), 2A (9), 2B (6), 2D, 3A (2), 3B (2), 4A (5), 4D, 5B (8), 5D (2), 7A (7), 7B (3) and 7D (5), which explained 2.7–25.5% of the phenotypic variances. Among the 53 QTLs, 23 were detected in at least three environments, including seven for thousand-kernel weight (TKW), four for kernel length (KL), four for kernel width (KW), three for average grain filling rate (GFR), one for kernel number per spike (KNS) and four for plant height (PH). The stable QTLs QKl.caas-2A.1, QKl.caas-7D, QKw.caas-7D, QGfr.caas-2B.1, QGfr.caas-4A, QGfr.caas-7A and QPh.caas-2A.1 are likely to be new loci. Six QTL-rich regions on 2A, 2B, 4A, 5B, 7A and 7D, showed pleiotropic effects on various yield traits. TaSus2-2B and WAPO-A1 are potential candidate genes for the pleiotropic regions on 2B and 7A, respectively. The pleiotropic QTL on 7D for TKW, KL, KW and PH was verified in a natural population. The results of this study enrich our knowledge of the genetic basis underlying yield-related traits and provide molecular markers for high-yield wheat breeding.  相似文献   

大白公猪精浆外泌体miRNA表征鉴定及功能分析          下载免费PDF全文

孙艳梅  孙敬帅  秦佳丽  袁仁强  朱晓萍  赵云翔 《华南农业大学学报》2023,44(3):340-347

【目的】精浆外泌体(Seminal plasma exosome,spEX)在精子成熟、凋亡、受精中起着至关重要的作用。本文旨在探究种公猪spEX miRNA表达及miRNA在精子成熟及功能维持过程中的潜在调控作用。【方法】提取大白公猪spEX并进行电镜分析、粒径分析、标志性蛋白表达分析和miRNA高通量测序。【结果】成功分离出spEX，利用miRNA测序共鉴定出329个spEX miRNA。对高表达miRNA进行靶基因预测和功能富集分析，结果表明spEX miRNA在射精、P53信号通路、前列腺癌、细胞对DNA损伤刺激的反应、负调控凋亡过程、顶体膜结合、受精等通路中均发挥了潜在调控作用。【结论】本研究为spEX miRNA在调控精子活力和精子受精作用方面提供基础数据，并为精液保存调控机制的研究提供参考。  相似文献   

小麦周8425B×小偃81重组自交系群体千粒重相关性状的QTL定位及单倍型分析          下载免费PDF全文

邹林翰  周新颖  张泽源  蔚睿  袁梦  宋晓朋  简俊涛  张传量  韩德俊  宋全昊 《中国农业科学》2022,55(18):3473-3483

【目的】周8425B是中国小麦重要骨干亲本之一,小偃81是李振声院士选育的高产、优质、多穗型品种。千粒重是影响小麦产量的重要因素,发掘周8425B和小偃81的千粒重及相关性状的QTL,并分析不同生态区小麦品种所含QTL的单倍型与千粒重的关系,发掘优异单倍型,为不同生态区提高小麦产量及分子辅助育种提供基因型参考。【方法】以周8425B×小偃81衍生的重组自交系群体（F₈）为研究对象,分别于2015和2016年在陕西杨凌（早晚播）进行田间种植,收获后对籽粒相关性状进行测量。利用90K芯片标记构建的高密度遗传图谱对3个环境下的千粒重、籽粒长、籽粒宽和籽粒厚进行QTL定位。同时,针对稳定的主效QTL开发相应的KASP分子标记,并以479份国内外小麦种质组成的自然群体为材料进行分子检测,结合自然群体的千粒重等性状进行关联分析;此外,从479份小麦中挑选出106份含有660K芯片基因型数据的当前黄淮麦区推广的小麦品种,以主效QTL置信区间的差异SNP为基础,进行目标QTL定位区间的单倍型分析,从而判断黄淮麦区中陕西、河南和山东种质材料中的优势类群。【结果】QTL定位结果显示,3个环境下共在8条染色体上检测到22个QTL,表型变异解释率（PVE）范围为4.77%—19.95%,12个位点为主效QTL（PVE>10%）,其中Qkgw.nwafu-6B可能为新QTL。4A、6A、6B、7D染色体上的QTL在多个环境中被检测到,其中,4A和7D染色体处QTL与已报道的相关位点位置相同或接近。6A染色体上的QTL区间包含已知千粒重基因TaGW2-6A,根据TaGW2-6A的分子功能标记检测结果,周8425B和小偃81同时含有TaGW2-6A,此外,基于单倍型分析结果,二者存在于不同的类群中,因此,该位点不同于TaGW2-6A,也可能为新的QTL。单倍型分析结果显示,Qkgw.nwafu-6A总共分为5种单倍型,在不同产区占比超过20%的为6A_h1,其在3个地点千粒重数据均高于其他单倍型;Qkgw.nwafu-6B总共分为8种单倍型,在不同产区占比超过20%的为6B_h6,在河南两点千粒重数据较高,推测含有这两类单倍型的材料为优势类群。此外,针对Qkgw.nwafu-6B开发出共分离的KASP标记,并在479份材料组成的自然群体显著性检测中证明该位点与千粒重表型显著相关。【结论】Qkgw.nwafu-6A和Qkgw.nwafu-6B可能为新的与千粒重相关的主效QTL位点,6A_h1和6B_h6为优势单倍型,开发了一个与Qkgw.nwafu-6B共分离的分子标记KASP_IWA349,可用于分子标记辅助育种。  相似文献   

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构     

刘晨龙  卢丹  周泉勇  万明春  郝晓东  张献贺  郑瑞强  季华员 《畜牧兽医学报》2022,53(8):2502-2513

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）、构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4，通过质检SNPs数为34 156；平均最小等位基因频率为0.228±0.137，平均多态信息含量为0.255±0.098；平均观察杂合度为0.359±0.181，平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6，公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5；G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs，83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62） Mb，个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082，其中公猪平均近交系数为0.219±0.082，说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。  相似文献