Molecular characterization and diagnostics of stubby root and virus vector nematodes of the family Trichodoridae (Nematoda: Triplonchida) using ribosomal RNA genes     

S. Kumari  S. A. Subbotin 《Plant pathology》2012,61(6):1021-1031

Plant parasitic nematodes of the family Trichodoridae cause substantial yield losses in many agricultural crops. Rapid and accurate identification of trichodorids to the species level is critical for selection of appropriate measures for control. This study analysed 99 sequences of the D2–D3 expansion segments of the 28S rRNA gene and 131 sequences of the 18S rRNA gene from the stubby nematodes belonging to the genera Nanidorus, Paratrichodorus and Trichodorus. Species delimiting was based on the integration of morphological identification, which is not provided in the present article, and molecular‐based phylogenetic inference and sequence analysis. Twenty‐two valid species and several species complexes were identified among nematodes included in the analysis. PCR‐RFLPs of the partial 18S rDNA and the D2–D3 expansion segments of the 28S rDNA were tested and proposed for identification of these nematodes. Gel PCR‐RFLP profiles and tables with restriction fragment lengths for several diagnostic enzymes are provided for identification. Some problems of taxonomy and phylogeny of nematodes of the family Trichodoridae are also discussed.  相似文献   

芦笋茎枯病菌的鉴定及区域差异性分析   总被引：4，自引：3，他引：1  

杨迎青  李湘民  孟凡  兰波  张洁 《植物保护学报》2012,39(4):315-320

芦笋茎枯病是一种世界性分布的毁灭性病害,为准确鉴定其致病菌和探明不同区域菌株的分化程度,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对进行形态学和分子生物学鉴定,比较五省份菌株的生物学特性和ITS序列上的差异,并进行系统发育分析。结果表明,芦笋茎枯病的致病菌为天门冬拟茎点霉Phomopsis asparagi。海南省菌株的菌丝生长较快,培养5天后的平均直径为8.5 cm;培养14天后,江西省菌株由白色变为淡绿色,其它各省菌株由白色变为灰白色,海南省菌株的菌落呈现同心轮纹状;福建省菌株产生的分生孢子器较多,平均60个/皿;五省菌株在1～238 bp和298～591 bp的ITS区段存在差异性碱基,其中河北省菌株的差异性碱基数最多;五省菌株大致聚为2个组群,河北省菌株单独聚为1个组群,其它省份菌株聚为1个组群,天门冬拟茎点霉P.asparagi与叶下珠生拟茎点霉P.phyllanthicola亲缘关系较近。  相似文献   

枣疯病植原体新疆分离物16S rDNA基因克隆与序列分析     

韩剑  徐金虹  王同仁  殷智婷  罗明  董代幸 《西北农业学报》2012,21(4):176-180

利用植原体16SrDNA基因保守序列通用引物对新疆阿克苏地区和喀什地区的疑似枣疯病植株总DNA进行常规PCR和巢式PCR检测,分别扩增出1.5kb和1.2kb的特异性片段。对片段进行克隆、序列测定分析及系统发育树构建,结果表明,新疆枣疯病阿克苏分离物和喀什分离物的16SrDNA基因序列同源性极高,达到100%,与16SrⅤ组植原体的同源性达到98.4%以上,并且与16SrⅤ-B亚组中的枣疯病山东莱芜株系、山东龙口株系同源性最高,达到99.5%,因此归属于榆树黄化组16SrⅤ-B亚组。首次报道新疆枣疯病植原体16SrDNA的序列,确定新疆枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病的早期诊断和检测提供依据。  相似文献   

浙江地区不同寄主来源的炭疽菌ITS序列PCR-RFLP多态性分析     

刘诗胤  邱海萍  姜华  张震  柴荣耀  毛雪琴  王教瑜  杜新法  王艳丽  孙国昌 《浙江农业学报》2012,24(1):61-65

应用核糖体DNA (ribo-somal DNA,rDNA)的ITS( internal transcribed spacer,ITS)区的RFLP序列的多态性,分析32个不同寄主来源的炭疽菌株的遗传多样性.利用ITS1及ITS4通用引物对扩增各菌株的rDNA的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)获得长约600 bp片段.ITS-RFLP共迁带UPGMA聚类分析的结果表明所有来自不同寄主的炭疽菌菌株(含福建及云南菌株)都以较高的相似系数(＞0.60)聚为一类,具有较近的 亲缘关系;同时试验中所有酶切位点的综合Gst系数达到0.82,说明不同菌株间的ITS具有丰富的多态性.  相似文献   

马铃薯疮痂病菌拮抗菌ZWQ-1的鉴定及防效测定     

李勇  郭凤柳  赵伟全  刘大群 《河南农业科学》2012,41(10):94-99

为探明马铃薯疮痂病菌拮抗菌ZWQ-1的生物学分类地位和防病效果,结合其生物学特性和16SrDNA序列特征对菌株ZWQ-1进行了鉴定,利用纸碟法和温室盆栽接种试验测定了该菌的抑菌活性及其对马铃薯疮痂病的防效。结果表明,该菌的形态和生理生化特征与枯草芽孢杆菌一致,其16SrDNA序列与枯草芽孢杆菌菌株JQ398853、JN399219的同源性高达99%,因此,将其鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。盆栽接种防病测试结果表明,拮抗菌ZWQ-1可显著降低马铃薯疮痂病的发病程度,对病原菌CPS-1、SHXHZ-3、CPS-3、CPS-2和NM-10的防治效果较为明显,防效分别为79.09%、78.85%、77.44%、54.68%和49.68%,说明拮抗菌株ZWQ-1对马铃薯疮痂病具有较好的防治作用。此外,该菌对其他18种植物病原菌也有一定的抑菌作用,说明菌株ZWQ-1是一株较具开发潜力的生防菌株。  相似文献   

云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析     

胡中会#  赵立华#  严恩平  范静华  孔宝华  陈海如 《云南农业大学学报(自然科学版)》2012,27(5):670-677

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。  相似文献   

高效纤维素降解菌群的构建及其生物多样性分析     

潘虎  田云 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2012,38(2):139-145

以红树林植物根际富含生物质的土壤为材料,经过多代淘汰,筛选构建了1组纤维素降解复合菌群SYF。30℃静置培养10 d后,复合菌群对木榄、滤纸、红海榄的分解率分别为83.6%、71.5%和67.3%,纤维素酶活分别为102.2、126.3和110.7 U/mL。利用平板法分离得到了8个属的好氧性细菌和3个属的真菌,利用16S rDNA文库共检测到6个已知属和2个未知种类细菌,同时通过ITS文库共发现5个属真菌。仅有3个属的微生物可通过平板法和克隆文库构建法共同检测。  相似文献   

江西烟草青枯病菌的分子鉴定及系统发育分析     

周泽科  张超群  崔超宇  蒋军喜 《广东农业科学》2012,39(13):84-86

从江西省信丰、广昌和峡江3县采集呈典型症状的烟草青枯病株进行病原菌分离,得到3个具有致病性的细菌分离株,分别命名为RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1。采用细菌16S rDNA基因通用引物对3个分离株的16S rDNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,各得到长为1 500 bp的核苷酸序列。经同源性分析,发现3个分离株均为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),且三者间具有高度的序列同源性。将此3个分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank中R.solanacearum代表性株系的对应序列进行同源性分析并构建系统发育树,结果表明RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1均与我国广东省和云南省的分离株具有最近的亲缘发育关系。  相似文献   

大白菜延伸DNA纤维的制备和检测(英文)     

李九欢  王彦华  李晓峰  申书兴  轩淑欣 《农业科学与技术》2012,(3):517-519,591

[目的]制备和检测大白菜延伸DNA纤维。[方法]以大白菜幼叶为材料,采用刀切分离细胞核、SDS释放DNA、盖玻片滑动牵拉DNA的方法,首次获得大白菜DNA延伸纤维。[结果]以基因组DNA和25SrDNA为探针进行原位杂交检测,该DNA纤维长度大约为1.93Mb,25SrDNA在大白菜基因组中的拷贝数在258-687之间。该方法获得的DNA延伸纤维平行、清晰、适合FISH分析。[结论]该研究将会促进大白菜基因图谱的构建和组织分析。  相似文献   

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析     

热娜·米吉提  古丽斯玛依·艾拜都拉  苏豫梅  周秀文  李越中  乌斯满·依米提 《安徽农业科学》2012,(6):3253-3257

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测生理生化和16S rDNA基因序列鉴定可知8,0株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacillus casei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillus rhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillus paracasei)、肠道球菌(Entercoccus faecium)、耐久肠球菌(Entercoccus durans)、植物乳杆菌(lactobacillus plantarum)、海氏肠球菌(Entercoccus hirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群,该试验结果为饲料乳酸菌资源开发及饲料乳酸菌应用提供了一定的理论基础。  相似文献