美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的全基因组测序及生物信息学分析     

冀梦瑶  赵宏吉  于秀剑  张志强  单晓枫  史秋梅  吴同垒 《中国预防兽医学报》2021,(3):265-273

为了探究美人鱼发光杆菌MCCC 1K03226株的功能.本研究利用Megalign构建美人鱼发光杆菌16S rDNA遗传进化树,利用电镜观察菌株,并进行生化鉴定;采用PacBio RSII高通量测序平台对美人鱼发光杆菌进行全基因组测序;利用SMRT portal软件对测序所得基因进行组装拼接;利用NR、KEGG、COG...  相似文献   

基于高通量测序分析辣椒/玉米套作对辣椒根际土壤细菌多样性的影响     

许艺  李红  巩雪峰  陈鑫  宋占锋 《西南农业学报》2022,(4):772-779

【目的】从微生物角度揭示辣椒/玉米套作模式的优越性,为此模式的大力推广及高效栽培提供基础理论依据。【方法】利用Illumina高通量测序技术,分析辣椒/玉米套作、辣椒净作2个试验处理情况下,辣椒根际土壤细菌多样性及群落组成结构。【结果】辣椒/玉米套作后,辣椒根际土壤细菌的Chao1、Ace、Shannon指数均有所增加,增幅为3.07%～7.53%;2个处理在门、纲、目、科、属水平上排名前10的优势细菌种类相同,最大优势菌门均为变形菌门,占土壤细菌总量的88%以上,但各细菌数量发生变化,细菌群落组成结构发生变化;套作后辣椒根际土壤细菌富集并达到组间显著性差异的微生物种类有56种,主要有亚硝化单胞菌科(从目到科)、硝化螺旋菌属(从门到属)、Ignavibacteriaceae(从门到科)、丰佑菌属(从纲到属);辣椒净作仅10种,主要为脱铁杆菌科(从门到科)。【结论】辣椒玉米套作后,辣椒根际土壤细菌丰富度和多样性增加,富集并达到组间显著性差异的微生物种类明显增多,其中与氮素循环有关的亚硝化单胞菌科(从目到科)和硝化螺旋菌属(从门到属)显著增加,土壤微生物优势明显。  相似文献   

烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌多样性特征分析     

申云鑫  沈广材  包玲凤  濮永瑜  张庆  周旭东  尹兴盛  张荣琴  陈齐斌  何永宏  杨佩文 《西南农业学报》2022,(4):871-878

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacte...  相似文献   

珍稀濒危植物金丝李种子休眠解除的转录组分析          下载免费PDF全文

张俊杰  张灵艺  夏科  蒋冕  韦霄 《林业科学研究》2021,34(1):35-46

[目的]探讨珍稀濒危植物金丝李种子休眠解除的分子机理,挖掘其休眠解除相关的候选基因,以期为金丝李的育种、保护和利用提供有益参考.[方法]以新鲜成熟种子(OS)、播种60 d未萌发的种子(UG)及播种60 d已萌发的种子(GS)的胚和胚乳为材料进行转录组测序.[结果](1)从3组样本中得到120 040个unigenes...  相似文献   

不同树龄沙田柚果园土壤肥力、叶片养分和土壤细菌群落的特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

彭玉娇  崔学宇  邵元元  杨艳丽  杜潇  贾书刚  刘书田  区燕丽 《江苏农业学报》2021,37(2):348-354

通过分析不同树龄沙田柚果园土壤肥力和果树叶片营养成分的变化,以期为沙田柚果园精准施肥管理提供理论依据.选择广西壮族自治区玉林市容县12个不同树龄的沙田柚果园,对沙田柚果园土壤肥力指标及果树叶片营养成分含量进行测定,利用高通量测序技术对土壤细菌群落进行测序.结果表明,12个沙田柚果园土壤呈酸性,pH值、有机质含量、土壤全...  相似文献   

大凌河流域典型水生植物微生物群落吸附特征试验分析     

赵小龙 《国际沙棘研究与开发》2021,(4):32-38

本文采用高通测序方法对大凌河流域五刺金鱼藻、格菱、狐尾藻、水蓼及芦苇5种水生植物不同季节的微生物群落进行试验分析,分析表明:藻类密度在沉水植物表层要高于浮叶植物表层,微生物群落在浮叶植物根部的结构与其表面存在明显差异.各水生植物的优势生物群落依次为变形菌、梭菌、柔膜菌、鞭脂杆菌、杆菌、疣微菌门,且各微生物群落在季节丰度...  相似文献   

牡丹根腐病病株和健株根内微生物菌群的差异     

姬俊华  杨瑞先  刘萍  王奥一  李静宜  孙高峰  何艳红  杜凡 《河南农业科学》2022,(11):98-108

为有效防控牡丹根腐病,采用Illumina MiSeq测序技术对牡丹健康及患病植株根部样本中细菌16S rRNA基因V5—V7可变区、真菌ITS基因进行高通量测序分析,以明确牡丹根腐病发病植株和健株根部组织中细菌、真菌菌群结构差异,解析牡丹根腐病的发生机制。结果表明,与健株相比,患病植株中细菌和真菌群落丰富度均降低;真菌种群多样性显著降低,但细菌种群多样性差异不大。细菌优势菌的相对丰度在门、属水平上发生了变化,与健株相比,患病植株中变形菌门（Proteobacteria）相对丰度明显增加,增加了34.03个百分点,厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度明显降低,降低了65.00个百分点;在属水平上,链霉菌属（Streptomyces）和固醇杆菌属（Steroidobacter）细菌相对丰度增加,分别增加了3.56、0.38个百分点,而假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）细菌相对丰度明显降低,其降低幅度为13.42个百分点。真菌优势菌的相对丰度在在门、属水平上也发生了显著变化,与健株相比,患病植株中担子菌门（Basidiomycota）相对丰度明显增加,增加了9.21个百分点,...  相似文献   

复垦土壤细菌群落结构及其与土壤肥力的关系   总被引：1，自引：1，他引：0  

刘俊  张世文  宋桂芳  王阳  祝亚飞  鲁胜军  兰淼  夏沙沙 《农业工程学报》2021,37(21):124-133

为了解两淮煤矿区复垦状况及其对土壤微生物的影响机制,合理人工干预,快速有效提高复垦土壤生产力,本研究以煤矸石充填复垦土壤为研究对象,通过野外调查与采样分析,采用Illumina MiSeq 高通量测序分析土壤细菌特定基因片段V4 区域,基于非度量多维尺度分析、冗余分析、方差分析、肥力指数、回归模型方法,对矸石充填土壤不同复垦方向的土壤细菌优势群落和生物多样性进行了探索,明晰土壤细菌群落及其与土壤肥力的响应作用。研究结果表明：细菌群落组成上,不同复垦方向对细菌优势群落分布并无显著性影响,变形菌门、酸杆菌门和放线菌门菌群为主要优势菌群。土壤微生物多样性层面上,表层土壤微生物有较高的丰富度和多样性,均匀度并无显著性差异。微生物多样性在不同复垦方向不存在显著性差异,Shannon_Wiener指数介于5.23～6.91之间,Chao1指数为867.1～5436,Pielou指数介于0.79～0.84之间,表中层同深层土壤的细菌群落结构具有差异性。TN、SOM、AP和AK是影响土壤细菌群落的主要肥力因子,土壤肥力质量指数与奇古菌门相对丰度呈显著正相关（P＜0.01）,同链霉菌属呈显著负相关（P＜0.05）,在一定程度上可将二者的相对丰度作为评价复垦土壤肥力状况的重要生物指标。研究成果可为两淮矿区矸石充填复垦土壤在微生物层面提高肥力质量提供理论支持。  相似文献   

不同处理对蛭石栽培的微型薯疮痂病防控效果及其微生态效应分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

胡洪涛  朱志刚  周荣华  杨靖钟  蔡兴奎  颜冬冬 《华中农业大学学报》2021,40(4):72-79

通过田间小区试验评价了6个不同处理对蛭石栽培的微型马铃薯疮痂病的防效,并采用16S核糖体基因高通量测序技术研究了蛭石中细菌群落结构的变化.试验结果显示,棉隆+青霉菌34107处理对疮痂病防效最好(93.43％),显著高于对照药剂中生菌素处理(65.10％);而且商品薯的数量和经济效益也最高,分别达到348.3万个/hm...  相似文献   

基于转录组测序解析干旱胁迫对祁连山黄参基因表达的调控     

张春梅  祁世明  闫芳  赵刚  宋海  张喜峰  陈叶 《干旱地区农业研究》2024,(3):68-79

以栽培2个月的黄参为试材,设置对照（土壤相对含水量70%~80%）和适度干旱胁迫（土壤相对含水量55%~60%）处理,利用高通量转录组测序BGISEQ-500平台,对测序结果进行基因功能注释、差异表达基因(DEGs, differentially expressed genes)筛选。结果表明：(1)获得的68193条Unigene中,分别有34230(50.20%)、34170(50.11%）、31727(46.53%)、27701(40.62%)、27092(39.73%)和22793(33.42%)个Unigene分别被分配到NCBI非冗余蛋白(NR)、eggNOG(基因的进化谱系, Evolutionary genealogy of genes: Non\|supervised Orthologous Groups)、基因本体(Gene ontology,GO)、Pfam (Protein family)、SwissProt (Reviewed protein sequence database)和KEGG (Kyoto encyelopedia of genes and genomes)六大功能数据库。(2)DEGs分析显示,黄参块状根和叶中分别有10674个和13402个DEGs;GO富集结果表明,根和叶中的DEGs功能部位中的分布基本一致,主要富集在生物过程、DNA的复制和翻译调控、氧化还原过程、蛋白质磷酸化、防御响应等;KEGG富集分析表明,根中DEGs显著富集在苯丙烷类生物合成、半乳糖代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸代谢、淀粉和蔗糖代谢、植物-病原菌相互作用、植物激素信号转导等途径,叶中DEGs则主要富集在半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢、苯丙烷类生物合成、戊糖、葡萄糖醛酸转换、植物激素信号转导等途径,说明淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、苯丙烷类生物合成途径、植物激素信号转导途径在黄参应对干旱胁迫中起重要作用。干旱胁迫影响黄参不同器官中差异基因的表达,为解析黄参耐受干旱的生物学途径、黄参药效成分的生物合成和分子机制提供了理论依据。  相似文献