广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

吴显实  罗廷荣  廖素环  刘芳  陆芹章  黄伟坚  温荣辉  秦爱珍  余克伦 《中国兽医学报》2005,25(2):125-128

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。  相似文献   

绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

刘淑英  马学恩  李景鹏 《畜牧兽医学报》2005,36(1):54-57

参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列，设计合成3对引物，对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增，经琼脂糖凝胶电泳分析，分别呈3条531、888和949 bp的特异条带，将其分别克隆人pMD-18T载体中，进行序列测定并拼接序列，得到完整的gag基因序列。分析结果表明，与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为89．0%，推导出的氨基酸同源性为90％。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为86．3％，氨基酸同源性为87％。  相似文献   

山羊先天免疫基因BCL10克隆、组织表达及真核载体构建分析     

俄木曲者  熊朝瑞  范景胜  陈朝康  张锡文  聂忠源  孙艳  刘世均  杨合琴 《中国畜牧杂志》2018,(5)

本研究旨在探索作为先天免疫相关分子的BCL10蛋白对山羊的免疫调控。实验采用RT-PCR、3'RACE和5'RACE克隆方法,以NCBI中山羊BCL10预测基因序列为模板,克隆初生羔羊脾脏组织BCL10基因cDNA序列,并进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术检测羔羊BCL10基因各免疫相关组织转录表达谱;鉴定p EGFP-N1-BCL10重组质粒在细胞的真核表达效果。结果表明:克隆得到BCL10基因cDNA全长1 023 bp,其中CDS为693 bp,编码230个氨基酸;生物信息学分析结果发现山羊BCL10蛋白是一种N端存在CARD结构域、非分泌、非膜结合的胞内蛋白,氨基酸序列与水牛、绵羊的亲缘关系最为接近;颌下腺中BCL10基因表达量显著高于肺脏、肝脏、脾脏、肾脏及血液(P0.05),胸腺中BCL10基因表达量显著高于血液(P0.05),血液表达最少;成功构建了BCL10基因完整CDS序列的p EGFP-N1-BCL10重组载体,并在HEK293T真核细胞正常表达。本研究首次克隆出羊BCL10基因cDNA全长序列,检测了基因表达分布情况,构建了重组载体,为进一步探索山羊BCL10基因功能及蛋白免疫机制提供理论基础。  相似文献   

克隆植物蛇莓相连分株对异质性盐胁迫的可塑性响应     

陆陈丹阳  钱永强  王越  孙振元 《草业科学》2018,35(10)

以相同基因型的蛇莓(Duchesnea indica)无性系为材料,选取长势均一的相连分株,以断开状态下分株为对照,对相连分株的姊株进行不同浓度(0、100、200、300mmol·L-1)NaCl的处理,在胁迫第14天时,测定异质盐胁迫下相连两分株的生物量、相对含水量、细胞膜透性和过氧化氢含量变化。结果表明,在连接与断开状态下,随着NaCl浓度的升高与胁迫时间的延长,受胁迫蛇莓姊株生长均受到抑制,相对含水量逐渐下降,细胞膜透性增大,过氧化氢含量上升。但整体上,匍匐茎相连的姊株比断开的姊株受到胁迫程度较轻。在姊株受胁迫的相连分株中,未受到NaCl处理的妹株与对照相比,其生物量、相对含水量与细胞膜透性并未受到显著影响;而妹株叶片中过氧化氢含量随姊株处理浓度的升高而增大。  相似文献   

蛋鸡OC-116基因的克隆和序列分析     

王淑红  王利  刘长国 《山东家禽》2014,(3):9-13

参考原鸡（G. gallus） OC-116编码基因序列（登录号：NM_204569.1）设计3对引物，特异性地从仙居鸡子宫组织中克隆OC-116编码基因的N端、中段和C端，测序鉴定后通过酶切连接获得家鸡OC-116的全长编码基因。根据本研究的测序结果，初步发现突变概率较高的碱基有：第1233位（A→G）、1336位（C→G）、1358位（T→G）、1391位（T→G）、1491位（T→G）、1754位（G→T）、1841位（T→C）、1843位（C→T）、1983位（C→T）和2057位（T→C）；其中第1358,1754,1841,1983和2057位的碱基突变均为同义突变，第1233、1336、1391、1491和1843位是错义突变。而且突变碱基主要属于T：G颠换类型，其次是T：C转换类型。另外根据同源性分析，家鸡的OC-116编码基因在进化过程中很保守。总之，本研究已经从仙居鸡子宫组织中克隆到OC-116编码基因，为进一步研究该基因的功能奠定基础。  相似文献   

Cloning of Buffalo BMP1 Gene and its Expression Pattern Investigation in Different Tissues     

LEI Xiao-can  CUI Kui-qing  SU Jie  LI Zhi-peng  ZHAO Xian-hong  LIU Qing-you  SHI De-shun 《中国畜牧兽医》2015,42(9):2215-2223

Buffalo BMP1 gene was cloned in the present study, the BMP1 sequence was systemically analysed by bioinformatics techniques, and the expression level of BMP1 gene in different tissues were also assayed with Real-time fluorescence quantitative PCR (QRT-PCR).The results showed that with RT-PCR a 3 195 bp buffalo BMP1 gene was cloned and sequenced, including the whole ORF of 2 967 bp (coding 988 amino acid).The sequence multialigned results showed that buffalo BMP1 gene shared 99%, 96%, 96%, 96% and 95% of similar amino acid sequence with Bos taurus, Sus scrofa, Equus, Homa sapiens and Mus musclus, respectively.It was predicted that buffalo BMP1 protein contained a signal peptide domain, a preregion, a metalloproteinases domain, five complement-Uegf-BMP-1 domain (CUB domain) and two epitheloid growth factor-like domain (EGF-like domain).In addition, we also analyzed the expression level in different tissues through QRT-PCR, the results showed that BMP1 gene mRNA existed in all nine tissues with the most abundant expression in heart, followed by testis, ovary, genital ridge, while with lower amount of bone and other tissues, the minimal expression in liver was observed.  相似文献   

猪唾液素黏附素胞外区在PRRSV感染PAM细胞中的作用     

《中国兽医学报》2015,(7):1112-1118

采用新的试验方法制备出纯度较高的抗猪Sn的鼠纯化IgG,并证实此种抗体可以阻碍PRRSV感染PAM,为研究猪Sn各结构域的作用提供参考,为进一步研究PRRSV侵入宿主的作用机制奠定基础。本试验分8个片段克隆猪Sn胞外区功能结构域(第2~17结构域),并分别构建重组表达质粒,转化到BL21进行诱导表达。通过优化蛋白表达条件,制备其重组蛋白,将8种重组蛋白混匀后制成混合抗原(SnE)免疫小鼠以制备其多克隆抗体血清,用间接ELISA的方法检测高免血清的效价,分离并收集血清。采用硫酸铵盐析与DE-52离子交换层析相结合的方法提取并纯化血清,得到纯度较高的鼠抗猪SnE抗体。无菌灌冲猪肺脏收集原代PAM至24孔培养板中,培养6h后,用抗Sn150(第1结构域)、SnE和Sn150+SnE等抗原的鼠纯化IgG以及鼠阴性IgG和PBS分别处理PAM,1h后用200CID50PRRSV感染PAM,分别在感染24、48h后用已建立的PRRSV实时荧光定量PCR方法检测感染细胞的病毒拷贝数。结果显示,PRRSV感染24h和48h时后,鼠抗猪Sn150抗体组的PRRSV mRNA拷贝数与阴性IgG组相比较均差异较小(P0.05);而鼠抗猪SnE抗体和Sn150+SnE混合抗体组的PRRSV mRNA拷贝数均显著低于对应的阴性IgG组,且鼠抗猪SnE抗体组24h和48h时PRRSV mRNA拷贝数分别是阴性IgG组的0.75倍(P0.001)和0.74倍(P0.001),Sn150+SnE混合抗体组24h和48h时的PRRSV mRNA拷贝数分别是阴性IgG的0.83倍(P0.01)和0.76倍(P0.001)。结果表明,鼠抗猪SnE抗体和Sn150+SnE混合抗体封闭后PRRSV感染PAM的能力降低,且效果显著,提示PRRSV的吸附和内吞作用可能与pSn整个胞外区都有密切的关系。  相似文献   

猪SENP1基因克隆、生物信息学分析与表达研究     

戴政列  朱静静  陈振宇  周晓龙  汪涵  李向臣  赵阿勇  杨松柏 《中国畜牧兽医》2021,48(12):4382-4390

试验旨在对猪SUMO特异性蛋白酶1(sentrin-specific protease 1,SENP1)基因CDS区进行克隆和生物信息学分析,并探讨SENP1基因在乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染PK15细胞后的表达情况。根据GenBank中公布的猪SENP1基因预测序列(登录号:XM_013997974.2)设计特异性引物,通过RT-PCR和T/A克隆技术对猪SENP1基因CDS区序列进行克隆测序,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR分析猪SENP1基因在JEV感染PK15细胞不同时间点(0、12、24、36、48 h)的表达情况。结果显示,猪SENP1基因CDS序列全长2 034 bp,共编码677个氨基酸。序列比对和系统进化树分析结果表明,猪SENP1蛋白序列和山羊、犬、人、牛的相似性分别为94.8%、94.2%、93.9%和93.8%,说明在这些物种中SENP1的保守性较强;猪与犬的SENP1分子亲缘关系较近。生物信息学分析结果显示,猪SENP1蛋白相对分子质量为76 825.76,等电点为8.53,体外半衰期为30 h,不稳定系数为53.59,总平均亲水指数为－0.622。SENP1蛋白不含信号肽序列,无跨膜结构域。二级结构分析结果显示,SENP1蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角分别占31.31%、46.68%、16.25%和5.76%。三级结构分析结果显示,猪SENP1蛋白中存在8个α-螺旋区和7个β-转角区。实时荧光定量PCR结果显示,猪SENP1基因在JEV感染的PK15细胞中呈现上调表达趋势,其中在感染后48 h SENP1基因表达量显著高于对照组(P<0.05)。本试验结果为后续深入研究SENP1基因功能提供了参考。  相似文献   

《中国兽医学报》2011年第31卷总目次     

《中国兽医学报》2011,31(12)

  相似文献   

水牛ASAH1基因克隆分析及其真核表达载体构建     

《畜牧与兽医》2015,(10):56-61

为了阐明水牛ASAH1基因在水牛卵泡发生和胚胎发生过程中的作用及分子机制,采用RT-PCR及载体构建技术对ASAH1进行了研究。结果表明:水牛ASAH1基因的编码区全长993 bp,共编码330个氨基酸。多重序列比较分析显示水牛ASAH1核苷酸序列与牛、山羊、绵羊、猪、马、人和非洲象相应序列的相似性分别为99%、97%、96%、90%、90%、89%和87%,结合系统进化树分析结果,ASAH1基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。对ASAH1蛋白质的分析表明:该蛋白呈弱酸性,无信号肽,细胞亚定位于溶酶体,存在NAAA-beta和Ntn_AC_NAAA结构域。成功构建水牛ASAH1基因真核表达载体,转染293T和CHO细胞系后,均能够正确形成ASAH1-EGFP融合蛋白,产生绿色荧光信号。我们的结果为今后阐明ASAH1基因在水牛水牛卵泡发生和胚胎发生过程中的作用及分子机制奠定了理论基础。  相似文献