利用变性梯度凝胶电泳分析正红菇菌根围土壤真菌群落多样性     

肖冬来  陈丽华  陈宇航  杨菁  黄小菁 《热带作物学报》2013,34(12):2508-2512

以正红菇（Russula griseocarnosa）菌根围土壤为研究对象,通过提取土壤基因组DNA,以通用引物扩增真菌18S rRNA基因V1+V2区,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis）,获得土壤微生物群落的DNA特征指纹图谱,并对图谱中的优势条带回收测序,通过Blast进行同源性比对并构建系统发育树,进而分析正红菇菌根围真菌群落组成及多样性。同源性比对结果表明,在回收测序的19条DGGE条带中,4条为非真菌真核生物序列,系统发育分析显示全部序列可以分为4类菌群,GroupⅠ主要为担子菌门（Basidiomycota）真菌,GroupⅡ主要为子囊菌门（Ascomycota）真菌,GroupⅢ为未知真菌,GroupⅣ主要为节肢动物门生物（Arthropoda）。  相似文献   

亚麻酸对饲喂不同精粗比日粮的湖羊瘤胃细菌区系的影响     

张春梅  苑志朋  易贤武  刘建新 《饲料工业》2013,(11):46-49

试验研究亚麻酸在不同精粗比饲粮条件下对湖羊瘤胃细菌区系的影响。试验采用4×4拉丁方设计,8头湖羊随机分为4组,每组瘘管羊和非瘘管羊各1只,分别饲喂高粗料、高粗料添加5%亚麻酸、高精料和高精料添加5%亚麻酸日粮。拉丁方每期25 d,每期试验结束后,取湖羊瘤胃液,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。结果表明,添加亚麻酸和日粮精粗比对瘤胃细菌区系有一定影响,高精料日粮添加亚麻酸的条带数显著升高,也即显著增加了细菌的多样性,其余处理组之间差异不显著。各处理瘤胃液样品的微生物区系相似性指数分析表明,16个处理的瘤胃液样品形成两个不同的簇,高精料日粮添加亚麻酸处理组4个重复自成一簇,形成了典型的微生物区系结构。  相似文献   

不同年限毛竹林土壤固氮菌群落结构和丰度的演变   总被引：1，自引：0，他引：1  

何冬华  沈秋兰  徐秋芳  陈俊辉  程敏  毛新伟  李永春 《土壤学报》2015,52(4):934-942

应用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和荧光定量PCR(real time fluorescent quantitative PCR,q PCR)方法研究了不同年限毛竹林土壤固氮菌群落结构和丰度的变化。结果表明:土壤p H、有机质、有效磷、速效钾和铵态氮含量在马尾松林改造成毛竹林5 a后明显提高,而后逐渐降低,并趋于稳定;土壤固氮菌多样性和nif H基因丰度也呈现相似的趋势。条带测序分析表明,毛竹林土壤固氮菌均为不可培养的固氮菌,与慢生根瘤菌(Bradyrhizobium sp.)具有较高的相似度。冗余分析结果表明,不同栽培年限毛竹林地土壤固氮菌群落组成发生了明显变化,长期栽培毛竹林引起的土壤养分变化对土壤固氮菌多样性具有重要影响。  相似文献   

上海市禽源阿贡纳沙门氏菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型研究     

杨筱薇  旷代  潘海建 《中国畜牧兽医》2014,41(2):213-217

To investigate the antimicrobial resistance and molecular types of S.agona strains isolated from poultry in Shanghai from 2010 to 2011，K-B method recommended by WHO was used to detect 14 strains of S.agona from poultry.Results were analyzed according to the breakpoints of CLSI，PFGE was used for molecular typing.14 strains were sensitive to 5 kinds of antibiotics.High resistant to sulfisoxazole and high moderate sensitivity to streptomycin.14 strains of S.agona were classified to 6 PFGE patterns.Some S.agona strains isolated from 2010 to 2011 were showed highly homology.Meanwhile，the relativity between antimicrobial susceptibility and PFGE patterns was remarkable.  相似文献   

干制羊肉基因组DNA不同提取方法的比较     

陈传君  金鹭  林华  胡滨  韩国全  陈世界  张婧  安微 《核农学报》2020,34(12):2762-2768

为了研究干制加工羊肉基因组DNA的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组DNA,并对4种方法提取的羊肉基因组DNA浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比较。结果表明,采用磁珠法提取DNA的效果更好,DNA浓度为118.87 ng·μL^-1,A₂₆₀/A₂₈₀值为1.89,而且此方法具有提取时间短、效率高、污染小等特点。本研究结果为干制加工羊肉基因组DNA的大批量提取和检测提供了参考依据。  相似文献   

木聚糖酶对肉仔鸡后肠道微生物的影响   总被引：4，自引：0，他引：4  

高俊勤  江芸  张耀  高峰  周光宏  朱伟云 《草业学报》2008,17(5):104-110

主要研究了小麦基础口粮添加木聚糖酶对肉仔鸡后肠道微生物的影响.将120只7日龄肉仔鸡分成2组,日粮分别添加0,0.1%木聚糖酶,饲喂至21日龄,研究木聚糖酶对肉仔鸡后肠道菌群数量变化的影响.结果表明,加酶未使同肠和盲肠乳酸杆菌、双歧杆菌和大肠杆菌数量发生显著变化.利用变性梯度凝胶电泳技术研究了木聚糖酶对肉仔鸡后肠细菌群体的影响.结果表明,加酶组回肠和盲肠的图谱比对照组条带相对较多,但差异不显著;组内个体间的图谱相似性比组问的相似性相对较大.木聚糖酶影响肉仔鸡后肠微生物数量和种群的作用效果不明显.  相似文献   

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用     

李启琳  ;李燕鹏  ;王士长 《家畜生态》2008,(3):101-103

利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术就很好地解决了该问题。DGGE是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析。  相似文献   

橡胶树死皮病黄色体差异表达蛋白的初步分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

闫洁  陈守才 《北方园艺》2008,(7)

橡胶树"死皮病"给橡胶种植业带来严重的危害.为了更好地了解和阐明死皮病发生、发展的分子机制,研究应用双向凝胶电泳技术(two-dimensional gel electrophshiya/oresis,2-DE)比较橡胶树死皮株与健康株胶乳黄色体蛋白质组表达的差异.采用TCA/丙酮沉淀法提取橡胶树死皮株与健康株黄色体蛋白质并采用固相pH梯度(immobjlized pH graalient,IPG)双向凝胶电泳分离两种材料蛋白质,凝胶经银染显色后,用PDQuest图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质.成功获得橡胶树死皮株与健康株胶乳黄色体的双向凝胶电泳图谱.鉴定出13个蛋白差异点,其中10个上调表达,3个下调表达.并应用质谱技术鉴定了其中部分表达差异的蛋白质点,对渗调蛋白进行功能分析,认为渗调蛋白在死皮株中表现下调的情形可能与死皮病的发生有一定的关系.  相似文献   

南极磷虾肽制备工艺优化及体外抗氧化研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

张元元  汪之和  陈敏  施文正 《上海海洋大学学报》2016,25(5):786-793

本文研究了3种不同的蛋白酶(木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、胰蛋白酶)分别水解南极磷虾得到多肽的体外抗氧化活性,以清除超氧阴离子、羟自由基和DPPH的能力为指标。结果表明,木瓜蛋白酶水解制备的多肽抗氧化活性比较好,其次是碱性蛋白酶。用响应面法优化木瓜蛋白酶水解南极磷虾制备多肽的工艺参数,经凝胶电泳测定其分子量,显示该多肽有3个明显条带,其分子量大多位于3~7 ku。将上述多肽溶液脱氟后经超滤系统分离,按分子量(molecular weight,MW)大小分为MW≥10 ku,5~10 ku,MW≤5 ku的3种多肽,并比较其抗氧化活性的强度。在本实验体系浓度范围内,3种不同分子量的多肽对超氧阴离子、羟自由基、DPPH的清除能力有所差异,随着多肽浓度的增加,其对清除能力也增大,呈明显的剂量依赖关系。  相似文献   

基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化          下载免费PDF全文

桂意云  陈忠良  秦翠鲜  汪淼  刘丽敏  李杨瑞  黄东亮 《南方农业学报》2016,47(9):1463-1469

【目的】优化基于毛细管凝胶电泳(CGE)技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系(20μL):dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5 U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521~0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的SSR-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。  相似文献