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马动脉炎病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据已报道的马动脉炎病毒基因组保守基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,通过对影响PCR扩增因素的筛选,成功地从病毒感染的细胞中扩增出约200bp的片段,与理论设计值(204bp)大小一致。而正常的RK-13、BHK-21和Vero细胞和同为动脉炎病毒科的猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV)作为对照的扩增结果均为阴性。敏感性试验表明,该方法可以检测出10^-4个TCID50的病毒含量,说明具有较好的敏感性。 相似文献
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广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列,设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术,成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组,将这11个基因片段克隆,并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,核苷酸同源性分别为85.4%、84.6%、88.7%、85.7%、85.7%、85.3%、85.6%、95.3%、85.7%、85.7%85.4%、83.4%、84.3%,推定的氨基酸同源性分别为92.6%、91.7%、94.2%、93.1%、92.9%、92.3%、93.0%、97.7%、92.6%、93.0%、92.6%、90.5%、90.6%。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异,表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析,所比较的14株CSFV被分为2个群:GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ,其余的11个毒株被归为群Ⅱ,GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较,结果显示,基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。 相似文献
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血清1、2、4、5型鸭疫里默氏杆菌的RAPD 总被引:2,自引:0,他引:2
以37℃摇震培养舜口烛缸厌氧培养,从12种培养基中选择出鸭疫里默氏杆茼的最优培养基和培养条件。以血清1、2、4、5型的鸭疫里默氏杆菌代表株A1、A2、A3、A4为研究对象,培养增殖后分别提取基因组DNA,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对其基因组进行了DNA分析。从20条随机引物中筛选出8条随机引物,这8条引物对4种血清型的鸭疫里默氏杆菌的扩增图谱有较好的多态性,可作为分子标记鉴别4种不同血清型的鸭疫里默氏杆菌,同时还筛选出能在4个血清型的鸭疫里默氏杆菌代表株均出现相同的特征条带,而对照茼大肠杆菌、沙门氏茼无该条带的随机引物,从而为鸭疫里默氏杆菌病的分子诊断打下了一定基础。 相似文献
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日前,西安交通大学和华大基因联合召开新闻发布会,宣布“朱鹮全基因组序列图谱绘制完成”。这是继家鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后,世界上完成的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱,其对于挽救和保护朱鹦和注释生命现象具有重要科学价值和战略意义。 相似文献
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【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。 相似文献
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【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。【结果】分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。【结论】从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。 相似文献