港口航道致病性细菌检测微阵列基因芯片的研制          下载免费PDF全文

郭微微  邱军强  何培民  管峰  杨先乐 《南方农业学报》2017,48(7):1304-1309

[目的]制备出一套针对港口航道致病性细菌检测的基因芯片,为港口航道基因芯片检测技术的研究及应用打下基础.[方法]采用常规方法提取目标菌株基因组DNA,以16S rDNA通用引物和gyrB基因保守区引物进行PCR扩增,使用AlleleID 6.0和Array Designer 4.25对扩增获得的目的片段进行寡核苷酸探针设计,经PCR筛选验证,目标探针以氨基化修饰后通过芯片点样仪点制在醛基玻片上;优化芯片杂交固定条件,并用于港口航道的水样检测,以验证微阵列基因芯片的检测效果.[结果]优化后的芯片杂交固定条件为探针点样浓度10μmol/L、紫外交联时间2.0 h、杂交温度65℃,有效提高了基因芯片检测的灵敏度,与传统检测方法相比可实现快速、高通量、准确的目标.研制的微阵列基因芯片可特异性检测出港口航道中含有的霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、阴沟肠杆菌(Emterobacter cloacae)、溶藻弧菌(V.alginolytivus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、副溶血弧菌(V.parahemolyticus)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和创伤弧菌(V.vulnificus)等7株致病性细菌,且均未出现非特异性杂交.[结论]针对港口航道致病性细菌建立的微阵列基因芯片检测技术具有特异性强、灵敏度高、快速便捷的特点,可用于港口航道及周边地区的海洋环境监测和海产品质量安全检测.  相似文献   

基因组选择与猪育种     

唐国庆  李学伟 《猪业科学》2010,27(7):37-39

<正>随着高通量基因芯片和测序技术的快速发展,促使个体SNP基因型的判型成本快速下降,基因组范围的高密度SNP标记数据已经在家畜群体内使用。传统的LE-MAS、LD-MAS或G-MAS预测育种值的能力是有限  相似文献   

利用基因芯片技术研究甘蓝型油菜油酸合成中差异表达基因   总被引：4，自引：1，他引：3  

官梅  李栒  官春云 《作物学报》2010,36(6):968-978

采用基因芯片技术对甘蓝型油菜高油酸(71.71%)和低油酸(55.6%)材料进行分析,探索油酸的差异表达基因。结果检测到差异表达基因562个,其中上调表达基因194个,下调表达基因368个。以基因芯片中油菜上调基因NM_100489和下调基因NM_130183为材料,用实时荧光定量方法验证基因芯片的结果,二者完全相符。根据基因芯片的实验结果,采用Go注释系统和数据库查询对562个差异表达基因进行功能注释表明,主要为各种酶类、结合功能、转录调控、代谢等,还有的功能未知或与糖代谢及脂肪酸合成相关,其中丙酮酸激酶、果糖二磷酸、酰基传递/酰基ACP硫脂酶、作用于酯键的水解酶、Δ9硬脂酰-乙酰载体蛋白去饱和酶(ADS1)、Δ9酰基-油脂减饱和酶2(ADS2)、ω-3脂肪酸减饱和酶(fad3)等被鉴定为差异表达基因。  相似文献   

基因芯片检测5种动物冠状病毒的初步研究     

李健  谢爱织  陈沁  王巧全  熊炜  张建武  王权  胡永强 《畜牧与兽医》2010,42(12)

采用蔗糖密度梯度离心,纯化浓缩犬冠状病毒(CCV)、猫冠状病毒(FCV)、猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)的细胞培养物,分别设计7,17,11,10和4对引物,构建了49个基因片段的克隆。煮沸裂解法制备质粒DNA,回收PCR扩增产物,点制冠状病毒基因芯片。抽提病毒总RNA,利用Cy3-dCTP随机渗入反转录PCR标记,与芯片进行杂交检测,淘汰交叉的克隆片段。结果表明:克隆CCV1,CCV2,CCV5和CCV7可特异诊断CCV,克隆FCV6,FCV7,FCV8和FCV9可特异诊断FCV,克隆FIPV2,FIPV7,FIPV8和FIPV9可特异诊断FIPV,克隆PRCV1,PRCV2和PRCV3可特异诊断PRCV,克隆TGEV3,TGEV4,TGEV5和TGEV6可特异诊断TGEV。将这些特异克隆扩增片段重新点制基因芯片,与病毒PCR产物杂交,未发现交叉现象。基因芯片检测比传统PCR敏感1000倍,可有效应用于这5种动物冠状病毒的检测与区分。  相似文献   

基因芯片技术在猪病毒性疾病诊断中的应用   总被引：3，自引：1，他引：2  

叶芬  蔡家利 《动物医学进展》2010,31(7):87-90

基因芯片是研究生物大分子功能的新技术,具有高通量、高度平行性、高度自动化的特点。它是通过点样法或原位合成法把大量基因探针或基因片段按特定的排列方式固定在硅片上形成致密有序的DNA分子点阵,按碱基配对的特性与样品DNA杂交,然后通过计算机进行解读和分析,以获取大量信息。在对动物传染病病原体的研究中,基因芯片技术已应用于病原体检测、基因分型、表达谱的分析等。论文就其定义、作用机理、分类、在动物病毒性传染病方面的应用及其存在的问题和发展前景进行了综述。  相似文献   

用计算机手段探测晚芦基因20h连续表达趋势     

李海涛  梁国鲁 《果树学报》2010,(1)

以岩溪晚芦(Citrus reticulata Blanco)为试材,在果实成熟期用乙烯诱导果蒂的离层,分时段应用探针组(Probe Set ID)总数至少30302的基因芯片研究了离层基因表达情况,且同步进行了无乙烯诱导的对照实验,得到芯片两两比较结果。4h、12h和24h样品处理同样品对照的两两比较结果表明:4h、12h和24h样品处理分别至少有650个、500个和2200个探针组比样品对照显著下调表达,分别占探针组总数的2.15%、1.65%和7.26%;4h、12h和24h样品处理分别至少有550、600和1200个探针组比样品对照显著上调表达,分别占探针组总数的1.82%、1.98%和3.96%。研究首次证实了Affymetrix公司的柑橘基因表达检测芯片可应用于中国岩溪晚芦,首次发现了至少500条基因连续20h的表达趋势。  相似文献   

利用生物性状检测青蒿的遮阴性能   总被引：1，自引：1，他引：0  

潘婷立杨治国  熊姝淋高江原 《中国农学通报》2010,26(22):175-178

试验采取盆栽,三次重复,以2个不同青蒿为材料,在遮阴和正常两个条件下,利用生物性状检测青蒿的遮阴性能。结果表明,遮阴条件下,青蒿地上部干重、地下部干重、株高、叶面积、叶绿素含量、类胡萝卜素含量和青蒿素含量均减少,经过方差分析,2个青蒿材料各项指标遮阴和正常两个条件下差异显著, 青蒿叶片青蒿素与地上部干重、叶绿素含量和类胡萝卜素达1%显著相关。  相似文献   

衰老情况下大鼠卵巢及子宫组织胰岛素样生长因子(IGFs)系统基因的表达变化     

韦敏  汝文文  吕晔 《江苏农业科学》2013,41(6)

利用RT2 ProfilerTM PCR Array Rat Insulin Signaling Pathway(PARN-030A)芯片实时定量PCR扩增大鼠卵巢及子宫组织胰岛素样生长因子(IGFs)系统基因的表达变化,84个基因的检测结果表明,卵巢组织共筛选出差异表达基因13个,其中上调基因3个,下调基因10个;子宫组织共筛选出差异表达基因22个,其中上调基因5个,下调基因17个.这些差异基因与胰岛素抵抗的发生可能存在一定的相关性.  相似文献   

镉和苄嘧磺隆复合污染胁迫对水稻的基因应答机理的基因芯片分析     

路超  姜慧敏  张建峰  葛才林  王泽港  杨俊诚 《农业环境科学学报》2013,32(3)

在前期研究的基础上设置镉(Cd,45 μmol·L-1)、苄嘧磺隆(BSM,0.25 μmol· L-1)和镉与苄嘧磺隆复合(++,45μmol·L-1Cd+ 0.25μmol·L-1 BSM)污染为试验处理组,在培养基中加入等量的蒸馏水作为对照(CK),以丰美占和粤香占两个不同基因型水稻品种为材料,利用Affymetrix水稻基因芯片,研究了丰美占和粤香占幼苗根系中的基因表达对Cd、BSM及其复合污染胁迫的基因应答情况.基因芯片分析数据表明,经Cd、BSM及其复合胁迫处理的两个水稻品种根系中共发现有2144个基因表达上调(ratio≥2),共发现有2346个基因表达下调(ratio≤0.5).其中,上调基因主要涉及硫吸收与代谢、抗氧化、植物解毒、泛索引导的蛋白质降解、伴侣蛋白等相关基因.这些基因的高效表达能有效地降低Cd和BSM对水稻植株的毒害作用,进而使复合污染处理下的丰美占幼苗具有较高的对Cd(或BSM)胁迫的耐受性.  相似文献   

猪瘟诊断技术的研究进展     

杭丽  皇甫抗栋  沈玉磊 《中国畜禽种业》2013,(1):46-48

猪瘟是由猪瘟病毒感染引起的一种急性、热性、接触性和猪之间流行的烈性传染病,俗称“烂肠瘟”。目前尚无有效药物治疗猪瘟,因此,尽早对猪瘟进行确诊是减少该病造成损失的有效措施。本文综述了猪瘟诊断技术方面的研究进展．为猪瘟的及时诊断提供参考。  相似文献