基于果实品质性状和SSR标记的李种质资源聚类     

李雷  王海燕  陶尚玉  陈梦微  龙星雨  夏惠  祝进  邓群仙  周琼 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2020,46(1):38-47

采用25个果实性状指标和19对SSR引物对四川栽培的19份李种质资源进行主成分分析和聚类分析,并以欧式距离、前3个主成分和遗传相似性为基础,分别作系统聚类、三维排序图和UPGMA聚类。结果表明:19份李种质25个果实性状指标的平均变异系数为54.71%,其中果皮红绿色差值a*值的变异系数最大,为436.14%,果核侧径的变异系数最小,为9.99%;系统聚类可将李果实分为深色系大果型和浅色系小果型;主成分分析中,前3个主成分累计贡献率为73.27%,第1主成分(果重因子)的贡献率为49.45%,第2主成分(果形与色泽因子)的贡献率为14.21%,第3主成分(营养因子)的贡献率为9.62%;以主成分PC1、PC2和PC3向量为轴的三维排序图清晰地展示出各种质在果实性状上的相对差异;SSR标记显示供试材料的遗传多样性丰富,UPGMA聚类与系统聚类和主成分三维排序的结果基本一致。  相似文献   

绵羊微卫星标记多重PCR体系的建立与应用     

胡明月  赵中利  刘正喜  闫守庆  马惠海 《现代农业科技》2020,(24)

微卫星标记由于具有在基因组中分布广、多态性高及共显性等特点,因而在群体遗传多样性分析中广泛应用。本实验针对绵羊19个微卫星标记位点构建了8个多重PCR扩增体系,其中包括3个三重,5个两重PCR扩增体系。采用建立的多重PCR扩增体系对32只小尾寒羊的多态性进行了检测,结果表明19个微卫星标记的等位基因数在5～17之间,期望杂合度、观测杂合度和多态信息含量分别位于0.423～0.885、0.344～0.875和0.392～0.859之间。本实验所建立的多重PCR扩增体系将为绵羊遗传多样性、亲子鉴定和个别识别提供技术基础。  相似文献   

基于微卫星标记的青弋江水系光唇鱼群体遗传变异     

胡玉婷  段国庆  周华兴  凌俊  潘庭双  江河 《安徽农业大学学报》2020,47(3):356

为探讨长江支流青弋江水系光唇鱼的群体遗传变异,基于微卫星标记分析其5个采样点共105个样品的遗传多样性与遗传结构。光唇鱼5个群体均有较高的遗传多样性,其平均等位基因数(Na)为5.250～8.375、平均有效等位基因数(Ne)为3.580～4.415;平均观测杂合度(Ho)为0.618～0.677、平均期望杂合度(He)为0.669～0.774;平均多态信息含量(PIC)为0.629～0.699、平均Shannon多样性指数(I)为1.359～1.566。群体间Nei’s遗传距离(0.116～0.322)较小,群体遗传分化指数(FST)和分子方差分析(AMOVA)结果一致表明群体间无显著遗传分化。基于群体间Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,秧溪河和浦溪河群体、麻川河和泾县群体分别聚为一支,最后与旌德群体聚在一起。这是由于群体间遗传距离与其栖息地之间距离远近显著相关。  相似文献   

华东4个鹌鹑群体微卫星标记的遗传多样性检测     

戴国俊  王金玉  谢恺舟  李宁川  何远清 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2006,27(1):29-33

在DNA水平上检测了华东地区4个亲源关系不同的鹌鹑群体的3个微卫星座位遗传变异,每一位点均检测到4~5个等位基因,各位点的基因多态比例接近100%。为检测这一地区鹌鹑遗传多态性水平,估计了每个位点的基因杂合度和各群体的基因平均杂合度。结果表明:基因平均杂合度为(0.462 7±0.03)~(0.634 5±0.05),4个群体的平均值按由小到大排列分别为0.462 7、0.514 6、0.554 9和0.634 5,平均有效等位基因数为(1.868 8±0.12)~(2.798 1±0.43),平均多态信息含量为0.376 7~0.571 3,累积辨别力达到95.76%;聚类分析表明,华东地区鹌鹑群体间存在高水平的遗传变异,微卫星标记检测鹌鹑群体间的遗传多样性非常合适。  相似文献   

鸡微卫星DNA标记与屠宰性状的关系     

高玉时  王克华  陈国宏  屠云洁  陈宽维  童海兵  卢克伦 《江苏农业学报》2006,22(3):258-264

利用25个微卫星标记,对以隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本建立的F2群体500只鸡进行遗传检测,并测定各个体的活重、屠体重、屠体率、胸肌率、腿肌率和腹脂率,采用方差分析法对微卫星DNA标记与屠宰性状进行相关性分析。研究结果表明,各位点平均等位基因数为5,平均杂合度为0.701 2,平均多态信息含量为0.646 8。方差分析结果显示:MCW 0095、ABR0322、ADL289、MCW 4、ADL166、MCW 104和MCW 67对活重、屠体重有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MCW 104对屠体率有极显著影响(P<0.01);ABR0322、ADL166和MCW 67对胸肌率差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01);MCW 0223和ADL166对腿肌率有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);ADL136和MCW 67对腹脂率有显著影响(P<0.05)。其他标记对性状的影响未达到显著水平。  相似文献   

长江宜宾江段圆口铜鱼遗传多样性的微卫星分析     

徐树英  张燕  汪登强  李志华  陈大庆 《淡水渔业》2007,37(3):76-79

选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。  相似文献   

黄鳍鲷基因组微卫星的分离   总被引：3，自引：0，他引：3  

夏军红  朱彩艳  苏天凤  江世贵 《中国水产科学》2007,14(2):321-325

采用磁珠富集法构建黄鳍鲷(Acanthopagrus latus Houttuyn)基因组微卫星富集文库。共挑选60个克隆进行测序,分析发现58个克隆分别含(GA)n或(CA)n两碱基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得41个具有特异微卫星序列的阳性克隆。其中,23个克隆含有(GA)n或(CT)n两碱基重复序列,17个克隆含有(GT)n或(CA)n重复序列,另1个含有以上两种重复类型。获得的微卫星序列中,单一型及间断型序列各有20条,另有1条属于复合型序列。序列长度为117~512 bp,平均259 bp。微卫星核心序列两碱基重复5到38次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了3对能够在黄鳍鲷基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展黄鳍鲷分子育种及资源评价分析提供基础资料。  相似文献   

FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记   总被引：7，自引：0，他引：7  

匡刚桥  刘臻  鲁双庆  刘红玉  张建社  唐建洲 《中国水产科学》2007,14(4):608-614

通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序,60个(60%)含有微卫星序列(GenBank Accession Number:DQ789247~DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物,并合成21对引物进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明:FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建,并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。  相似文献   

吉富品系尼罗罗非鱼选育过程中遗传变异的微卫星分析   总被引：3，自引：1，他引：2  

颉晓勇  李思发  蔡完其 《水产学报》2007,31(3):385-390

采用微卫星标记技术对选育新品种新吉富罗非鱼（F8－9）群体、基础群体（F0）、以及选育中群体（F6－7）在选育过程中出现的遗传变异进行观察与分析。19个微卫星位点扩增后的等位基因数为3～11个,随引物不同而异,合计得到115个等位基因,大小在70～270 bp之间。五群体平均基因多样性指数分别为,F0：(0.3083±0.1834)、F6：(0.2982±0.1889)、F7：(0.2923±0.1898)、F8：(0.2572±0.1923)、F9：(0.2743±0.1597),表明随着选育的进展,群体呈现出纯化趋势。AMOVA分析表明,在总遗传变异中,93.24%来自选育群体内,仅6.67%来自选育群体间。群体间的校正偏差后相似性系数在 F0与F6、F7之间分别为0.943 5和0.942 2,相对较高;而在F0与F8、F9之间分别为0.933 2和0.930 3, 相对较低。遗传距离在F0与F6、F7之间分别为0.058 1和0.059 5,相对较小;而在F0与F8、F9之间分别为0.069 1和0.072 2,相对较大。配对比较Fst值在F0与F6、F7之间分别为0.037 68和0.064 37,平均 值为0.051 03;而在F0与F8、F9之间分别为0.060 93和0.075 87,平均值为0.068 40,有所提高。这些指标的分析结果表明,经9年9代选育,已在罗非鱼世代间造成程度虽小但却可监测到的遗传分化;同选育群体F6－7相比,\"新吉富罗非鱼\"（F8－9）在遗传上更为稳定。图1表4  相似文献   

青石斑鱼微卫星DNA 标记的筛选及群体遗传多样性分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

刘丽  刘楚吾  郭昱嵩  董秋芬  徐田军 《中国水产科学》2008,15(1):22-29

以中国南海海域青石斑鱼（Epinephelus awoara）为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物（CA）15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect（完美型）共39个（占40．6％）,imperfect（非完美型）30个（占31．3％）,compound perfect（混合完美型）7个（占7．3％）,compound imperfect（混合非完美型）20个（占20．8％）。同时发现（CA／GT）。序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA,有26对引物能扩增出目的片段,选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示,13个位点共检测到48个等位基因,平均观测杂合度（Ho）为0．5982,平均期望杂合度（He）为0．5080,平均多态信息含量（PIC）为0．4722,平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）为0．1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富,但在某种程度上受到了人为的干扰。  相似文献