构建染色体连锁图谱的遗传标记——微卫星     

徐宁迎 《浙江畜牧兽医》1998,23(2):10-11

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烟草丛顶病毒完整基因组上微卫星分布     

杨纪青  袁磊  陈洪萍 《湖北农业科学》2011,50(3):603-605

为了提取并展示NCBI数据库中烟草丛顶病毒完整基因组(NC-004366.1)上微卫星分布特性,采用MATLAB软件和最优完全子图算法自编了计算机程序进行.结果表明,烟草丛顶病毒完整基因组上n-碱基组(n＝1-6)最大的重复出现次数随n增加而按指数函数减少.  相似文献   

微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊中的遗传多样性研究     

王玉琴  李元晓  高俊  张娜娜  张小辉  白俊艳 《黑龙江畜牧兽医》2011,(19)

为了研究太行黑山羊品种的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对其进行研究。结果表明:微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊上呈现多态性。BM6404基因座有6个等位基因,其片段大小在125～147 bp之间;BM6404基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.725,4.169,0.760。TGLA53基因座有7个等位基因,其片段大小在121～147 bp之间;TGLA53基因座的PIC、Ne、He分别为0.795,5.5280,.819。说明微卫星位点BM6404和TGLA53在太行黑山羊上均为高度多态位点。  相似文献   

基于D-loop序列和SSR的从江田鱼与6个鲤群体的遗传分析     

《贵州农业科学》2021,49(12)

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五指山猪近交家系Ⅰ系F₁₉～F₂₁群体微卫星位点等位基因遗传变化     

程文科  阮楠  牟玉莲  李奎  冯书堂 《农业生物技术学报》2012,20(8):867-873

探索五指山猪近交系Ⅰ系F19～F21等位基因的遗传学规律。本研究以五指山小型猪(Susscrofa)近交系Ⅰ系53个个体为研究对象,利用14对多态性微卫星位点,通过估算其基因杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和等位基因数(N)等参数,检测近交系Ⅰ系微卫星纯合度及等位基因遗传变化。具有多态性的14个微卫星基因座上共检测到28个等位基因,其中F19、F20和F21群体检测分别到28、26和24个等位基因,平均每个位点分别仅有2.00、1.86和1.70个等位基因;3个世代总群体平均PIC为0.24,H为0.31,均低于F18代;其中有5个基因座在第19代已经达到完全纯合。Sw1377在第21代也全部纯合。但少数基因一直表现出高度杂合状态,如Sw902、S0036和Sw874。推测这些基因可能与五指山小型猪维持其某种性状相关。本研究结果为大型动物近交系培育提供了依据。  相似文献   

甘肃境内6个牦牛群体微卫星标记遗传多样性及遗传结构分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

成述儒  王欣荣  曾玉峰 《农业生物技术学报》2012,20(12):1424-1432

为了研究甘肃境内牦牛(Bos grunniens)群体的遗传多样性和遗传结构,促进甘肃境内牦牛群体遗传资源的合理利用和保护,研究采用微卫星标记技术检测了甘肃境内6个牦牛群体(240头个体)15个微卫星座位的等位基因。结果共检测到了146个等位基因,其中在玛曲牦牛群体检测到的等位基因数最多(106个),天祝白牦牛群体最少(74个)。期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)的分析结果表明,6个牦牛群体中来自于合作市的3个牦牛群体的遗传多样性较丰富,而天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和Nei氏标准遗传距离(DS)的分析结果以及DA和DS遗传距离构建的NJ系统树的分析结构均表明,玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛群体具有较近的亲缘关系,说明这3个群体可能具有相同的原始祖先。天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传距离较近,另为一类,可能来源于相同的原始祖先。主成分分析和遗传结构推导分析的结果与系统树的分类结果一致,研究将甘肃境内的6个牦牛群体分为两个类群,分类结果与其地理分布具有一致性。  相似文献   

鸭微卫星标记的筛选及其遗传多样性分析     

黄守婷  叶炎  何桂娟  杨建敏  张金耀  雷祖建  肖天放 《广西农业生物科学》2014,(5):986-991

采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。  相似文献   

江苏8个克氏原螯虾群体遗传多样性微卫星分析     

邢智珺  姜虎成  陆伟  钱照君  于宏伟  李家乐 《上海海洋大学学报》2014,23(5):656-662

利用8个微卫星标记分析了江苏省8个地区(大浦、平望、漆塘、官滩、西顺河、太平、固城、洋河滩)克氏原螯虾的遗传多样性。研究表明:8个群体全部64个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。8个群体中大浦群体遗传多样性水平最高,平望群体遗传多样性水平最低。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析表明,8个群体遗传分化指数为0.126,存在中等程度的分化(0.05FST0.15)。基于遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,8个群体可分为4组:平望群体、漆塘群体和大浦群体聚为一组,太平群体、西顺河群体与官滩群体聚为一组,而固城群体、洋河滩群体分别自成一组。  相似文献   

麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

蔡欣  泽让东科  赵芳芳 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2014,42(5):29-32

【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。  相似文献   

陕北枣品种群遗传结构的SSR分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

殷晓  张春梅  李新岗 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2014,42(6):152-160,167

【目的】在分子水平上研究陕北枣品种群遗传结构,揭示品种群分化与品种间的亲缘关系。【方法】选取陕北4个区域(县)8个枣品种群的54份种质叶片为材料,采用7对SSR引物,研究品种群的遗传结构。【结果】基于4个地理区域的枣种质平均观测杂合度(Ho,0.909)大于平均期望杂合度(He,0.634),平均Shannon’s信息指数(I)为1.141,固定系数与近交系数均为负值;佳县品种的有效等位基因数(Ne)、He和I均最小,延川最大;狗头枣品种群的Ne、He和I均最小。供试枣品种地理区域内变异(97%)和品种群内变异(91%)分别大于地理区域间(3%)和品种群间(9%)的分化;且品种群内变异(91%)小于地理区域内变异(97%)。品种群遗传分化系数(0.136)大于地理区域(0.042),而品种群平均基因流(1.584)小于地理区域(5.653)。在遗传距离为0.13处,地理区域UPGMA聚为2个类群:清涧-米脂-佳县类群和延川类群;在遗传距离0.99处,品种群UPGMA聚为2个类群:团枣-木枣类群和狗头枣类群。NJ聚类分析将54份枣种质分为2类,延川、清涧和米脂团枣聚在一起,佳县所有枣种质均聚在第Ⅰ类,且各品种群亲缘关系很近;狗头枣品种群与其他品种群亲缘关系较远。【结论】陕北枣属中度杂合,遗传多样性丰富,变异程度较高,近交程度很低。供试枣品种交流频繁,地理区域间遗传分化低,品种群间分化程度高;枣品种遗传关系与地理区域无明显关系,与品种群密切相关。  相似文献