基于mtDNA COI的假眼小绿叶蝉系统发育研究     

付建玉  李乐  袁志军  唐美君  肖强 《茶叶科学》2014,34(6):601-608

克隆测定了12个茶树假眼小绿叶蝉Empoasca vitis（Göthe）种群84个样本和5个叶蝉近缘种外群62个虫体的线粒体DNA COI基因序列片段,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系。发现我国茶树假眼小绿叶蝉种群间的遗传距离为0.5%~1.2%,远小于昆虫物种2%的界限,未呈现明显遗传分化,ML分子系统树也显示其种群个体呈平行分布。假眼小绿叶蝉与几种外群叶蝉的遗传距离在14.8%~24.5%之间,依次为葡萄小绿叶蝉<葡萄二星叶蝉<桃一点斑叶蝉,说明它与葡萄小绿叶蝉亲缘关系最近,与系统进化树的聚类结果一致。本研究首次通过mtCOI基因序列分析,揭示了假眼小绿叶蝉遗传结构及它与近缘种叶蝉的系统进化关系,为解释它在茶园的起源及适应机制提供了基础。  相似文献   

徐州北郊鱼塘水体细菌多样性研究及致病菌分析     

徐秀丽  殷婷婷  温洪宇  孙怡  高霞莉 《水产养殖》2016,(1):19-23

鱼塘的健康养殖受到多种因素的制约,如鱼的种类以及鱼塘的面积大小等,同时,鱼塘水体中的细菌对鱼类存活更是带来重大影响。本文对徐州北郊鲫鱼鱼塘水体中细菌多样性及致病菌对鲫鱼存活状况的影响进行了研究,为补充完善我国鱼塘养殖环境中微生物的物种资源及鱼塘健康养殖提供了重要参考依据,旨在进一步实现鱼塘的科学管理。水样采集于夏季6月份,为鱼病频发季节,气温与水温相对较高,鱼塘中细菌数量多。研究主要是通过对鲫鱼鱼塘水体中细菌的总DNA进行提取,经过PCR扩增并依据16S rRNA基因序列构建系统发育树,进行分子发育学研究,最后获得水体中细菌物种的组成。它们分别为崛越氏芽孢杆菌(Bacillus horikoshii)、Aeromonas punctata、Bacillus thaonhiensis、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、弗氏志贺菌(Shigella flexneri)、印度芽孢杆菌(Bacillus indicus)、Fictibacillus phosphorivorans、Enterobacter soli、Bacillus aryabhattai。经检测其中Aeromonas punctata、弗氏志贺菌(Shigella flexneri)及溶血性葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)为致病菌。  相似文献   

1株军曹鱼病原弧菌的鉴定及其系统发育树分析   总被引：13，自引：0，他引：13  

郭明元  刘广锋  冯娟 《中国水产科学》2006,13(5):823-828

从养殖的患病军曹鱼身上分离出1株病原菌JT2，革兰氏阴性，短杆状，有极生鞭毛，能运动，菌落半透明。经回归感染实验，证明该菌为军曹鱼病原菌。进行了常规生理生化实验，并用API-ID32E系统鉴定该菌。再经Biolog-GN细菌鉴定系统鉴定，结果JT2与鲨鱼弧菌（Vibrio carchariae）相似度最高。为了进一步确定该菌的分类学地位，测定了其16SrDNA序列，分析了相关细菌的同源性，构建其系统发育树。结果表明，该菌株与V．carchariae的亲缘关系最近。综合上述几种方法的鉴定结果，最后鉴定该株菌为鲨鱼弧菌V．carchariae。  相似文献   

发病鲆鲽类分离菌株的16S rRNA基因测序分析          下载免费PDF全文

兰欣  李杰  李贵阳  肖鹏  莫照兰 《渔业科学进展》2020,41(3):142-150

细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999~2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V.alginolyticus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、鳗弧菌(V.anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A.salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E.tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。  相似文献   

基于线粒体基因组COI和12S rRNA序列的魁蚶中国群体分类学地位研究          下载免费PDF全文

李瑶瑶  刘云国  刘晓玲  刘凌霄  马超 《渔业科学进展》2018,39(5):73-80

东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COI和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COI和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。  相似文献   

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

孙希福  高天翔  窦存银  汤哲斌  刘军 《南方水产》2009,5(5):24-31

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。  相似文献   

大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究     

胡建华  祖国掌  荣朝振  孙守旗  孙棠丽 《水产科学》2011,30(9):551-554

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。  相似文献   

太湖银鱼及其系统发育研究进展     

戈志强 《现代渔业信息》2010,25(6):6-10

银鱼是银鱼科鱼类的总称,主要分布在东南亚海域及一些内陆水域。银鱼由于个体较小,形态结构研究存在一定的困难,因此对银鱼的系统发育研究一直存在许多分歧。本文根据近年来学者对银鱼的系统研究和在同工酶、分子生物学上的研究成就,对银鱼科种类的分类、太湖银鱼的种类进行了探讨。  相似文献   

竹荚鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析     

苏天凤  江世贵 《南方水产》2011,7(1):18-25

采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹煲鱼（Trachurus japonicus）线粒体DNA控制区基因全序列,并结合从GenBank中下载的8种竹笑鱼属相应序列,对竹煲鱼属控制区序列进行了结构分析,识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB—F、CSB—E和CSB—D,以及保守序列区的保守序列CSBl、CSB2和CSB3。以鳜（Sinipercachuatsi）作为外群,使用邻接法和最大简约法构建了9种竹荚鱼属的系统发育树。竹笑鱼属鱼类为单系类群,蓝竹煲鱼（rpicturatus）、智利竹笑鱼（zmurphyi）、太平洋竹笑鱼（zsymmetricus）、南非竹荚鱼（rcapensis）和竹荚鱼（rtrachurus）构成一支,地中海竹笑鱼（zmediterraneus）、青背竹笑鱼（zdeclivis）、日本竹荚鱼（rjaponicus）和新西兰竹荚鱼（rnovaezelandiae）为另一支;日本竹笑鱼未单独成一支,而是聚人青背竹笑鱼和新西兰竹笑鱼之间,初步猜测日本竹笑鱼和新西兰竹荚鱼为同种异名。  相似文献   

基于16S rRNA序列探讨我国海鳝科鱼类分子系统进化关系     

陈铭  范蔓桦  谢瑞琳  陈玉佩  李清清  李江涛  黄燕华  林蠡  梁日深 《水产学报》2022,46(2):183-195

为从分子水平分析海鳝科鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,实验通过PCR扩增获得我国海鳝科9个属26种鱼类16S r RNA序列片段,结合GenBank下载的其他海鳝科鱼类的序列进行分析。结果显示,进化树上,海鳝科主要形成裸海鳝亚科与海鳝亚科两个分支,裸海鳝亚科包括尾鳝属与鞭尾鳝属,海鳝亚科包括裸胸鳝属、裸海鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属等8个属,与形态分类结果一致。裸海鳝亚科分支中,尾鳝属与鞭尾鳝属形成平行的姐妹分支;海鳝亚科分支中,斑马裸海鳝单独形成一支,位于该分支基部,其他种类聚为另一支。分支I中裸胸鳝属、勾吻鳝属、蛇鳝属、海鳝属等属均无法形成单系,揭示这些种属可能是多系起源,与近期的分子水平研究观点相似。研究结果支持将斑马裸海鳝归为裸海鳝属,为单型属物种;虎斑鞭尾鳝归为鞭尾鳝属,与尾鳝属平行进化;拟蛇鳝从长海鳝属分离出来,归为拟蛇鳝属等分类观点。豹纹勾吻鳝与海鳝属关系十分接近,但其形态上还具有多个勾吻鳝属的基本特征,至于是否归为海鳝属,还需后续更多的分子与形态学研究加以验证。  相似文献