广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

吴显实  罗廷荣  廖素环  刘芳  陆芹章  黄伟坚  温荣辉  秦爱珍  余克伦 《中国兽医学报》2005,25(2):125-128

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。  相似文献   

血清1、2、4、5型鸭疫里默氏杆菌的RAPD   总被引：2，自引：0，他引：2  

汪铭书  程安春  李淑梅  陈孝跃 《中国兽医学报》2005,25(3):255-258

以37℃摇震培养舜口烛缸厌氧培养，从12种培养基中选择出鸭疫里默氏杆茼的最优培养基和培养条件。以血清1、2、4、5型的鸭疫里默氏杆菌代表株A1、A2、A3、A4为研究对象，培养增殖后分别提取基因组DNA，利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术，对其基因组进行了DNA分析。从20条随机引物中筛选出8条随机引物，这8条引物对4种血清型的鸭疫里默氏杆菌的扩增图谱有较好的多态性，可作为分子标记鉴别4种不同血清型的鸭疫里默氏杆菌，同时还筛选出能在4个血清型的鸭疫里默氏杆菌代表株均出现相同的特征条带，而对照茼大肠杆菌、沙门氏茼无该条带的随机引物，从而为鸭疫里默氏杆菌病的分子诊断打下了一定基础。  相似文献   

山羊胎期肺发育的形态学研究     

郑月茂  徐永平  卿素珠  蒲鹏  张涌 《畜牧兽医学报》2005,36(2):158-165

对3～22周龄山羊胎儿肺进行了肉眼、光镜和透射电镜观察，结果表明：1．7～22周龄山羊胎儿肺的外部形态与胎龄无关，肺的外部形态以左二右四叶者为多见．肺的叶间裂和右肺副裂常不完整，以浆膜、肺组织或混合性组织(肺组织及浆膜)融合；2．山羊胎儿肺的发育分为5个时期：胚胎期(3～5周)肺芽分支形成主支气管，主支气管长度不断增长并萌芽出叶支气管，均衬以假复层柱状上皮。腺状期(6～12周)以支气管树发育为主，小支气管衬以假复层和／或单层柱状上皮；终蕾呈腺状，上皮细胞由假复层柱状逐渐变为单层柱状，胞核向细胞顶端移行；终蕾上皮细胞游离面可见短小的微绒毛；线粒体、粗面内质网及核糖体随着胎龄增加而逐渐增多，它们均位于细胞顶部。小管期(13～14周)以呼吸部发育为主，原始肺泡开始形成，呼吸性细支气管衬以未分化的立方上皮；终蕾腺状结构逐渐消失，终蕾上皮细胞由高矮不等的单层柱状上皮逐渐演变为立方形的原始肺泡上皮；细胞游离面可见较多的微绒毛，胞质内线粒体、粗面内质网及核糖体较发达。囊状期(第15周)呼吸部发育显著，肺内细支气管及其末端呈现出“充气”状态；部分原始肺泡上皮细胞分化为扁平的肺泡Ⅰ型细胞和立方形的肺泡Ⅱ型细胞；Ⅱ型细胞内出现嗜锇小体。肺泡期(16～22周)以肺泡的形成和分化为主，更多的肺泡上皮分化为扁平的肺泡Ⅰ型细胞和立方形的肺泡Ⅱ型细胞。此期，毛细血管内皮与部分肺泡上皮贴近，可将肺泡上皮细胞区分为3种：Ⅰ型细胞，呈矮柱状或椭圆形，胞质中有较明显的核糖体、扩张内质网及变性线粒体；形成了由Ⅰ型细胞一基膜一内皮细胞组成的气血屏障。Ⅱ型细胞，胞质内含丰富的嗜锇板层小体和核糖体，内质网扩张呈大小不一的泡状，多泡体出现，线粒体膨大变性，细胞游离面可见少数微绒毛。Ⅲ型细胞，为未分化细胞，呈立方形，胞体较小，胞核相对较大，呈圆或椭圆形，胞质少，呈带状．电子密度低，细胞器少。  相似文献   

猪圆环病毒基因组结构与功能研究进展     

《畜牧与兽医》2016,(3):151-154

猪圆环病毒(PCV)是单链环状DNA病毒,有PCV1和PCV2两种血清型,其中PCV2严重危害着世界养猪业。PCV2因其严重的危害性和精简而高效的基因组结构引起众多国内外专家学者的广泛研究,本文参考NCBI上公布的PCV2序列绘制了PCV2基因组结构图谱,就相关基因的结构和功能进行综述,并就与病毒复制、病毒免疫原性、病毒致病力等功能相关的基因进行了归纳和总结,以期能为PCV2分子生物学和新型疫苗的研究提供参考。  相似文献   

前沿科技     

《新疆农垦科技》2015,(1):5

我国科学家完成大黄鱼全基因组测序由浙江海洋学院领衔,与上海交通大学、复旦大学等机构联合破译了大黄鱼全基因组测序,构建了大黄鱼基因组图谱,并成功解析其先天免疫系统基因组特征。大黄鱼全基因组测序是我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱,也是世界上第一个石首科鱼类基因组图谱,标志着我国大黄鱼研究进入组学时代。大黄鱼免疫基因信息的充分解析,有助于发现与抗病力相  相似文献   

杜梨叶绿体基因组密码子偏好性分析     

辛雅萱  董章宏  瞿绍宏  刘成  叶鹏  辛培尧 《河北农业大学学报》2020,43(6):51-59

  相似文献   

朱鹮全基因组序列图谱绘制完成     

赵侠 《陕西林业》2011,(3):46-46

日前，西安交通大学和华大基因联合召开新闻发布会，宣布“朱鹮全基因组序列图谱绘制完成”。这是继家鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后，世界上完成的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱，其对于挽救和保护朱鹦和注释生命现象具有重要科学价值和战略意义。  相似文献   

加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析     

刘慧芳  张莉娟  李宁求 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2020,48(3):30-38

【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。  相似文献   

林麝肺源ST1249型铜绿假单胞菌的分离鉴定及其全基因组序列分析     

伍茜  杨威  赵位 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2020,48(10):9-17

【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。【结果】分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。【结论】从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。  相似文献   

短丝木犀SSR-PCR反应体系优化及基于DNA混合池的引物快速筛选     

钱慧蓉  陈林  杨国栋  潘婷婷  王贤荣 《分子植物育种》2019,17(2):525-530

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