文冠果转录组SSR特征分析及EST-SSR标记开发     

刘玉林  李伟  董树斌 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2017,45(3):89-95

【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(2~6bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态性信息含量(PIC)等。【结果】从文冠果unigenes中筛选出6 707个SSR位点,其平均发生频率为12.93%,平均分布距离5.38kb,平均长度17.30bp,其中2、3核苷酸重复单元的发生频率分别为6.24%和4.93%。设计的60对标记中有47对能扩增出与目的片段长短相符的产物,其中14对多态性较高,共扩增到52个等位基因,HO和HE分别为0~0.813和0.353~0.762,PIC为0.283~0.701。【结论】文冠果转录组SSR重复单元以2、3核苷酸重复为主;新开发的14个EST-SSR标记可作为文冠果种质资源多样性分析的标记资源。  相似文献   

铁皮石斛EST-SSR分子标记的开发     

付涛  胡仲义  何月秋  李文  林立 《核农学报》2017,31(4)

为了开发铁皮石斛EST-SSR分子标记,利用SSRIT软件对铁皮石斛近缘物种-金钗石斛的15 383条EST序列进行SSR位点查找,利用Primer 5和Oligo 7软件进行引物设计和评价,之后经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行初步筛选,并通过聚丙烯酰氨凝胶电泳对所筛选的引物进行有效性检测。结果表明,SSRIT软件共查找到370条SSR位点序列,共有379个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为2.46%。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占41.42%、26.91%和27.44%,其中二核苷酸重复中AG/CT(20.84%)和GA/TC(18.73%)最丰富;三核苷酸重复中TCT/AGA(4.22%)和GA/TC(3.96%)最丰富;而六核苷酸重复基元较多。EST-SSR平均长度为24 bp,平均每8.5条EST序列包含1个SSR位点。设计的106对EST-SSR引物中有50对能扩增出理想的PCR产物,引物有效扩增率为47.17%,其中有43对能够扩增出多态性条带,占可扩增引物的86%。本研究开发的43对引物为铁皮石斛遗传多样性分析、种质鉴定、遗传图谱构建和功能基因研究等提供了重要的参考价值。  相似文献   

小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图   总被引：5，自引：1，他引：4  

潘海涛  汪俊君  王盈盈  齐照良  李斯深 《中国农业科学》2010,43(3):452-461

【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。  相似文献   

茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性研究（摘要）   总被引：1，自引：0，他引：1  

程小毛  陈自兰  王华 《农业科学与技术》2011,12(2):198-200,216

[目的]研究茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性。[方法]选用来源于茶树EST序列的7对EST-SSRs引物,对山茶科植物的19个种进行了扩增。[结果]7对EST-SSRs引物中有5对引物能对19个供试品种进行有效扩增,通用性比率为71.43%;扩增率最高的为云南山茶凤山茶、华东山茶彩霞和云南山茶菊瓣,最低的为川滇莲蕊茶和大花杨桐;有效扩增的5对引物对中有4对引物在供试材料中表现出丰富且差异明显的多态性。[结论]从茶树基因组上开发的SSR引物在山茶科植物不同种属植物间有较高的通用性,可用于山茶科植物比较基因组研究和分析标记研究。  相似文献   

利用EST-SSR标记鉴定大白菜杂交种纯度的研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

张庶  周新成  李利斌  刘立锋  李化银  宋梅芳  高建伟  高玲 《天津农业科学》2010,16(6):1-4

利用EST-SSR分子标记技术,选用自主开发的3对EST-SSR引物,对13个大白菜品种的总DNA进行了PCR扩增。结果表明:EST-SSR标记可以体现品种内的一致性、亲本间以及品种间的多态性,具有共显性、稳定性和可重复性的特点;EST-SSR标记可以快速、准确地鉴别大白菜品种的真实性和杂交种纯度,为大白菜种子质量的高效检测提供科学依据。  相似文献   

Optimization of PCR System in EST-SSR Analysis of Phytophthora infestans     

WANG Jianan  LU Wenhe  JIN Guanghui  BAI Yamei  LI Wenxia  HAN Yingpeng 《东北农业大学学报(英文版)》2010,17(1):20-26

Late blight caused by the oomycete Phytophthora infestans Montagne de Bary is a devastating disease on potato production. A total of six parameters affecting the PCR system in P. infestans were investigated based on the template DNA of the isolate HH06-23 and EST-SSR primer pair Pi08N. The results showed that the optimal annealing temperature was 63℃, and the optimum PCR system of EST-SSR was 25 ng template DNA, 0.5 mmol·L-1 dNTPs, 2 μL 10×Buffer (Mg 2+ free), 1.75 mmol·L-1 MgCl 2 , 15 pmol primer, and 1.2 U Taq DNA polymerase in total 20 μL reaction system. The PCR program was initial denaturation at 94℃ for 2 min, followed by 35 cycles of 94℃ for 30 s, 63℃ for 30 s, and 72℃ for 30 s, then a final extension step was 72℃ for 7 min, and held at 4℃. In addition, using the optimal PCR system, a total of 20 isolates of P. infestans were used for testing the stability and polymorphism of the PCR amplification. The clarity and abundant polymorphism indicated that this system was stable and suitable for researching the genetic diversity of P. infestans population.  相似文献   

利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构     

吴晓梅  姚明哲  马春雷  王新超  陈亮 《茶叶科学》2010,30(3):195-202

基于26个EST-SSR标记研究了31份适制绿茶和37份适制乌龙茶品种的遗传多样性差异,结果表明两类品种在23个EST-SSR位点上的等位变异数目相等,另3个位点各存在一个等位位点的差异。乌龙茶品种遗传多样性指数（H）、多态性信息含量（PIC）和平均遗传距离(GD)均略高于绿茶品种。基于数学模型的聚类分析将供试品种分为两个亚类群,亚群A中67.9%的品种为乌龙茶适制品种;亚群B中71.0%的供试绿茶品种聚类其中。基于Nei’s遗传距离的聚类分析将供试品种分为3个类群,其中类群Ⅰ和Ⅱ中以乌龙茶品种为主,分别占聚类品种数的69.6%和66.7%;而类群Ⅲ中61.3%的供试绿茶品种聚类其中。多数品种按适制类型聚类,说明绿茶和乌龙茶品种间的遗传结构存在差异。但也有部分品种在不同的群体结构中呈穿插分布,推测与其适制类型划分的恰当性、地理来源和遗传背景有关。  相似文献   

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

余继忠  黄海涛  姚明哲  杨亚军 《茶叶科学》2010,30(3):184-190

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。  相似文献   

Rose (Rosa hybrida L.) EST-derived microsatellite markers and their transferability to strawberry (Fragaria spp.)     

Young Hoon Park  Seong Gyu Ahn  Young Mi Choi  Hye Jeong Oh  Dong Chun Ahn  Jin Gi Kim  Jum Soon Kang  Young Whan Choi  Byoung Ryong Jeong 《Scientia Horticulturae》2010

The ‘Genome database for Rosaceae (GDR)’ provides a large collection of expressed sequence tags (ESTs) harboring simple sequence repeats (SSRs) from several Rosaceae genera, including Rosa (rose). Primer pairs flanking SSR were designed for 312 unique Rosa ESTs based on GDR database. Eight rose (Rosa hybrida L.) genotypes were tested for PCR amplification, and 287 (92%) of the primer pairs generated allele-specific PCR bands that were readily scored. From 183 (63.7%) primer pairs that evidenced polymorphic alleles among the eight rose cultivars, 20 pairs evidencing EST sequence homology to known gene functions and high levels of polymorphism were selected and utilized for DNA fingerprinting and genetic diversity assessments of 47 rose hybrids. A total of 202 polymorphic bands were scored and generated unique fingerprints for each rose hybrid. The Nei–Li genetic similarity coefficients among 1081 pair-wise comparisons of 47 cultivars exhibited a broad range of genetic variations from 0.30 (‘Grand King’ and ‘Carnival’) to 0.99 (‘First Red’ and ‘Red Champ’). UPGMA cluster analysis divided 47 hybrids into five major groups and two sub-groups. The cross-species transferability of 273 EST-SSR primer pairs was evaluated using four genotypes of the strawberry, a genus member of the Rosaceae family. PCRs on the DNA samples of strawberry were successful for 165 primer pairs; among these, 123 pairs amplified 243 polymorphic bands. As surrogates of the marker transfer, the phenetic relationship among the four strawberry genotypes was evaluated. Genetic similarity coefficients varied from 0.78 (‘Maehyang’ and ‘Janghyee’) to 0.64 (‘Janghyee’ and ‘Pragana’). The results of cluster analysis showed that the three octaploid strawberry cultivars were quite similar, whereas the diploid ‘Pragana’ was related distantly at the genomic DNA level. The EST-SSR markers developed in the present study can be efficiently utilized for genetic diversity studies in Rosaceae.  相似文献   

甘蓝EST-SSR标记的开发与应用   总被引：15，自引：3，他引：12  

陈琛  庄木  李康宁  刘玉梅  杨丽梅  张扬勇  程斐  孙培田  方智远 《园艺学报》2010,37(2):221-228

从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。  相似文献