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Microsatellite marker （or Simple Sequence Repeate, SSR） is a marker technology based on DNA molecular length poly morphism. It is also one of the most commonly used molecular markers. Traditional SSR marker development methods are relatively time-consuming and mostly relying on the known genome sequence information while recently developed methods of SSR marker based on RAPD, ISSR-PCR SSR, the use of hybrid options, sequence tag SSR library access and screening EST-SSR have been widely used. This paper gave an overview of the methods mentioned above for the development of SSR markers. 相似文献
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小麦EST-SSR标记的开发和染色体定位及其在追踪黑麦染色体中的应用 总被引：7，自引：1，他引：6
根据小麦盐胁迫诱导和茎秆组织相关EST序列开发了81对EST-SSR引物, 其中67、46、18和61对分别在小麦、黑麦、簇毛麦和大麦基因组中稳定扩增, 在不同小麦和大麦品种间具有多态性的引物分别有22和23对。利用小麦缺体-四体系共定位了43对引物的81个位点, 其中A、B和D染色体组上分别有29、30和22个位点, 涉及除4B、3D和6D外的18条染色体。此外30对引物在黑麦基因组中具有特异扩增, 其中8对分别在黑麦1R、4R、5R和R7染色体上具有特异扩增, 7对在多条黑麦染色体具有相同扩增。这些新标记可有效用于小麦及其近缘物种的遗传作图与比较遗传研究。 相似文献
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辣椒EST-SSR标记的开发 总被引：9，自引：0，他引：9
对4000条辣椒EST序列进行筛选,获得了119条含有SSR的EST,共设计出35对EST—SSR引物,占所有EST序列的0．87％。在所有的SSR—ESTs中,二核苷酸重复含量最高,其次是三核苷酸重复。GA和AGA分别是二,三核苷酸重复中含量最高的重复基元。以不育系（cytoplasmic male sterility,CMS）,保持系基因组DNA为模板,对EST—SSR引物进行筛选,首次获得Pe21、Pe26和Pe27等3对特异引物,并扩增出特异片段分别为CMSPe2160、CMSPe260、CMS Pe27300. EST—SSR标记作为功能基因的一部分,可以直接揭示或反映相关基因功能,特异标记基因的一部分序列,它的应用将对进一步研究辣椒胞质雄性不育分子机理带来一定的促进作用。 相似文献
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以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性 总被引：19，自引：0，他引：19
利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数Hi=2.572)较中部(Hi=2.117)和北部地区 (Hi=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。 相似文献
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为挖掘与木麻黄（Casuarina equisetifolia）青枯病抗性（bacterial wilt resistance，BWR）相关的分子标记及其有效等位变异，加速抗病品种的选育进程，以53 份木麻黄种质为自然群体材料，利用223 个木麻黄EST-SSR 标记对抗、感池进行标记分型与筛选，选择Structure 2.3.4 软件进行群体结构分析，SPAGeDi1-5a 软件计算亲缘关系系数，TASSEL 软件的混合线性模型（MLM）进行标记与抗病性状的关联分析。利用抗、感基因池筛选出用于关联分析且不偏离哈- 温平衡的标记47 个；群体结构分析
将木麻黄种质分为2 个组群；关联分析发现CASeSSR253、CASeSSR022、CASeSSR359、CASeSSR241、CASeSSR242、CASeSSR263、CASeSSR056、CASeSSR052、CASeSSR176、CASeSSR258 等10 个ESTSSR标记位点与木麻黄青枯病抗性显著相关（P < 0.05），对青枯病抗性的解释率在 12.6%~60.1% 之间；
CASeSSR359-386 bp、CASeSSR359-370 bp、CASeSSR052-237 bp 及CASeSSR052-255 bp 等4 个优异等位变异具有较高的增效表型效应（> 20.0），CASeSSR253-202 bp、CASeSSR022-190 bp、CASeSSR022-196bp 等位点具有较大的等位变异减效表型效应（> 30.0）。 相似文献
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利用EST-SSR标记评价羽扇豆属(Lupinus L.)遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
Hong-Yan ZHANG Tao YANG Rong LIU Fang JIN Li-Ke ZHANG Hai-Tian YU Jin-Guo HU Feng YANG Dong WANG Yu-Hua HE Xu-Xiao ZONG 《作物学报》2020,46(3):330-340
利用基于窄叶羽扇豆转录组开发并筛选出的95对多态性EST-SSR标记,对羽扇豆属的22个种133份资源进行全基因组扫描,初步探究羽扇豆属下种间的进化关系,分析来源于"旧世界"羽扇豆种间的遗传多样性,为羽扇豆优异资源的挖掘和创新利用提供理论依据。结果表明,用95对SSR标记共检测出1318个等位变异,每对标记平均检测出3～37个等位变异,平均为13.87个;多态性信息量(PIC)变化范围0.39～0.91,平均为0.75;基因多样性变化范围0.41～0.92,平均为0.78。基于邻接法(NJ)的系统发育初步探究了羽扇豆种间的进化关系,22个羽扇豆种分别来源于"旧世界"和"新世界",与之前研究结果相对一致。聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果均表明,来源于"旧世界"的7个羽扇豆种被划分为4个组群,各组群所包含的参试资源没有种间交叉重叠。 相似文献
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为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。 相似文献
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基于EST-SSR及SRAP标记构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱 总被引：1，自引：0，他引：1
苦荬菜是优良的一年生菊科青饲牧草,为构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,筛选出24对EST-SSR引物、32对SRAP引物组合构建指纹图谱。24对EST-SSR多态性引物对收集的14份苦荬菜品种(系)共扩增出270个清晰条带,多态性条带223个, PIC均值0.834,基因多样性指数变幅为0.2464~0.4288,Shannon指数变幅为0.3597~0.6148,可区分品种3~14个;32对SRAP引物检测到多态性条带367个,PIC均值0.826,基因多样性指数变幅为0.2006~0.3898,Shannon指数为0.3167~0.5716,可区分品种2~12个。7个引物在9个品种(系)上能扩增出特征谱带,综合各项遗传多样性指标筛选出IpSSR102、IpSSR80、IpSSR91、Me10+Em5、Me9+Em17,共5个核心引物的40个多态性条带构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱,每个品种(系)都有一个特异分子身份指纹编码。 相似文献
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The purpose of this study was to accelerate the application of molecular markers in genetic breeding and other aspects of Black quail to develop EST-SSR markers for Black quail.100 Black quail were randomly chosen and blood samples were collected to develop EST-SSR new markers and determined the genetic polymorphism using bioinformatics.The results showed that there were 6 EST-SSR markers in the Black quail, the number of observed alleles in EST-SSR was 2 to 6.The average PIC of 6 EST-SSR markers in the Back quail was 0.4962 and the average He was 0.5759.Markers P1 and P2 were highly polymorphic markers among 6 EST-SSR and the rest EST-SSR markers were moderately polymorphic markers.These developed markers could be used for genetic diversity analysis of Black quail and the EST-SSR markers had some relationship with the carbohydrate metabolism, synthesis of melanin in Black quail, but the mechanism needed the further analysis. 相似文献
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【目的】开发适于黑莓Rubus spp.的EST-SSR引物,用于品种和种质的遗传多样性评价分析。【方法】基于前期获得的黑莓转录组数据,分析得到黑莓EST-SSR分子标记,筛查符合要求的SSR序列,设计合成127对较理想的EST-SSR引物进行扩增和多态性引物筛选,利用多态性好的引物用于18个引种黑莓栽培品种的遗传多样性分析。【结果】在127对引物中有125对可扩增出条带,有特异条带且大小符合预期的引物共有50对,50对引物中有45对具多态性的引物,占引物总数的36%,多数引物扩增的位点数为2~5。使用45对引物检测18个黑莓供试品种基因组DNA的多态性,共检测到191个等位基因变异,平均每个位点有4.24个等位基因,位点多态性信息含量为0.427~0.893,平均值为0.692。多态性最好的引物为Rh121,检测到8个等位基因,其次是Rh114和Rh118,均检测到7个等位基因。18份材料的遗传相似系数为0.49~0.88,表明品种间具有较丰富的遗传差异。利用UPGMA聚类,将18份种质分为3个类群,其中四倍体和多倍体黑莓品种明显归为不同类型,四倍体黑莓分为2类,相似育种产地的品种多聚在一起,推测与其品种遗传种质成分具一定相似性有关。【结论】EST-SSR标记可应用于黑莓品种种质遗传多样性分析,目前引种黑莓种质的遗传基础相对较窄。 相似文献