基于EST-SSR和种子特征的苇状羊茅遗传分析     

王子玥  刘凌云  刘曼  常智慧 《草业科学》2022,39(1):66-74

苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合种子表型特征,对它们的种质资源遗传多样性进行了综合评价与分析。结果表明:14对EST-SSR引物共扩增出140条带,多态条带总数为133条,多态带百分率95%;聚类结果具有一定的地域性趋势,但是不明显。当遗传距离在0.54时其聚类结果与种子特征的K均值聚类结果相似;欧洲群体的种子厚度和千粒重的变异系数最大,分别为25.02%和23.35%,其千粒重显著低于亚洲、北美洲群体(P<0.05)。多角度遗传分析表明36份材料具有高度异质性。本研究对苇状羊茅遗传资源的科学评价、核心种质创新和新品种选育具有重要意义。  相似文献   

基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发     

程海亮  陆才瑞  邹长松  余道乾  姜鹏飞  杨文翠  张友平  王巧连  宋国立 《棉花学报》2015,27(1):1-8

棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记,在12895条1 kb以上的Unigene中共搜索到1546个SSR位点,发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99 kb。得到的EST-SSR中,二碱基和三碱基重复是主要的重复类型,分别占30.85%和48.97%,AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型。对长度≥20 bp的SSR共设计合成了56对引物,在这10个材料中进行检测,能扩增出清晰条带的有38对,占67.86%,其中呈多态性的有9对,占23.68%,并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析。本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性,并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础。  相似文献   

EST-SSR标记在蔬菜作物中的开发和应用进展   总被引：2，自引：0，他引：2  

吴海滨  罗少波  罗剑宁  龚浩  何晓莉 《中国蔬菜》2012,1(8):5-10

EST-SSR标记是根据表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）序列而开发的新型分子标记,与传统的基因组SSR相比具有开发费用相对较低、快捷获取基因表达信息、物种间通用性好等突出优点,尤其适用于未完成基因组测序的作物。本文对近年来蔬菜作物中EST-SSR标记的开发和应用进展进行了简述与展望,以期推动EST-SSR标记在蔬菜作物中的进一步应用。  相似文献   

木本植物中EST-SSR的通用性及其多态性研究     

许玉兰  康向阳  张瑞丽  王大玮  何承忠  段安安 《西南林业大学学报》2012,(4):94-99

基于表达序列标签(EST)的SSR标记因开发简便、快捷等特点,已在植物研究中得到广泛应用。简要列举木本植物中EST-SSR的可利用性和通用性,重点综述EST-SSR的多态性及其在木本植物遗传多样性评价方面的应用,期望为今后的相关研究提供参考。  相似文献   

基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记   总被引：1，自引：0，他引：1  

戚维聪  程计华  黄邦全  李坦  林峰 《江苏农业学报》2014,(5)

利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。  相似文献   

大白菜表达序列标签SSR标记分析*   总被引：18，自引：2，他引：18  

葛佳  谢华  崔崇士  洪剑明  马荣才 《农业生物技术学报》2005,13(4):423-428

对大白菜（Brassica campestris L．ssppekinensis）13007个EST序列进行拼接共得到7714个片段重叠群（contig），其中10．4％（890个）非冗余EST含有SSR标记（EST-SSR），标记间平均间隔距离为3．9kb，单、双和三核苷酸重复序列大约各占1／3左右。CDS所包含的三核苷酸重复序列最多，而且AAG／CTT重复序列的含量最高。通过同源性比较分析，获得功能已知的SSR-ESTs774个，共计含有846个SSR，其中50．2％位于5＇-UTR，31．4％位于3＇-UTR，18．4％位于CDS。实验选取123个SSR座位设计引物，利用芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus，TuMV）的高抗和高感大白菜F6代自交系材料各2份，分析EST-SSR标记多态性。结果表明，其中37个标记可进行有效扩增，但是没有表现出多态性，23个标记（18．7％）至少在1份材料中具有多态性。对这些EST-SSR标记在大白菜和其它芸薹属植物的系统发育关系分析、遗传作图和基因定位的应用进行了讨论。  相似文献   

Genomic-SSR 和EST-SSR在柱花草种间的遗传差异     

丁西朋  罗小燕  邵辰光 《广东农业科学》2015,42(14):105-113

为了探讨genomic-SSR与EST-SSR标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种SSR标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较.结果表明:EST-SSR标记相比genomic-SSR在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是4.6和0.610,genomic-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是5.6和0.702.聚类结果表明,genomic-SSR和EST-SSR均能有效鉴别所有供试柱花草种质.  相似文献   

大豆EST-SSR多态性与EST源序列的关系分析     

韩英鹏  李修平  常玮  赵雪  刘永鑫  李海燕 《作物杂志》2011,(3):75-79

对200个大豆EST-SSR标记及其能够产生多态性的大豆EST-SSR标记的EST来源进行统计分析,结果表明:来自大豆3′EST的EST-SSR标记产生多态的可能性高于来自大豆5′EST的EST-SSR标记,来自大豆Single序列和来自大豆Contig序列的3′EST产生多态性EST-SSR的比率均高于5′EST和其他来源EST;来自大豆Contig序列的EST-SSR产生多态性的比例明显高于来源于Sin-gle序列的EST-SSR。利用来源于大豆Contig序列3′EST的EST-SSR标记ses71、ses74和ses176验证了这个结论。  相似文献   

与辣椒抗根结线虫基因Me1紧密连锁的EST-SSR标记开发     

张宇  张晓芬  陈斌  耿三省  李焕秀 《核农学报》2011,25(5):933-938

以含抗根结线虫病基因Me1的PM217与感线虫品种茄门,及其F1、F2作为试验材料,采用南方根结线虫（Meloidogyne spp.）人工接种鉴定,根据鉴定结果,利用分离群体分组分析法（bulked segregantanalysis,BSA）建立抗感池,共筛选到3对（118、141及211）多态性EST-SSR引物...  相似文献   

番茄EST-SSR标记PCR反应体系的优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

韩明利  侯丽霞  崔娜  王施慧  于志海  郭彩杰 《北方园艺》2011,(16):142-144

应用L16 (44)正交实验优化番茄EST-SSR标记PCR反应体系.结果表明:20 μL体系中各反应物最适浓度为:DNA模板45 ng/20μL,引物0.75 μmol/L,Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTPs0.4 mmol/L,Taq DNA酶0.5 U/20μL,且Mg2+对该标记反应体系影响最大.利用5对EST-SSR引物及P1、P2基因组DNA验证优化体系的可靠性,为该标记在番茄基因组分子标记辅助育种提供了试验依据.  相似文献