基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

栗丹  李振坚  毛萍  严秀锋  淳泽  马欣荣 《园艺学报》2012,39(8):1539-1550

 以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。  相似文献   

小耳花猪蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

吴晓斌  张志宏  谢东 《广东畜牧兽医科技》2012,37(5):37-39

以分离自小耳花猪消化道内的蛔虫为研究对象,提取虫体的DNA片断,然后用引物对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增。结果显示,目的片段ITS总长为1441 bp,2个不同样品之间的I TS序列没有差异。通过BLAST检索,与相关蛔虫I TS序列进行比较,发现与拜林蛔线虫(Bayl i sascari s t ransfuga)、猪蛔虫(Ascari s suum)和人蛔虫(Ascari s l umbri coi des)的ITS序列相似性分别为88%、98%和86%,与其他蛔虫的相似性均小于90%。  相似文献   

黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定     

李雯雯  李树清  张子群  李健  陈志飞  王艳  黄维义 《中国预防兽医学报》2012,34(2):104-107

本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。  相似文献   

藤椒锈病病原菌研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

郑磊  朱天辉 《四川林业科技》2012,33(6)

藤椒（Zanthoxflum schinifolium）是我国花椒栽培中的一个优良品种,但锈病造成其严重危害。为了明确该病的病原,运用形态学和分子生物学对不同藤椒产区的病原茵进行鉴定,首次将该病原菌鉴定为花椒鞘锈菌（Coleosporium zanthoxyli Diet．etSyd．）,其GenBank序列ID为JQ219672。  相似文献   

一个云芝菌株的分离及栽培条件优化     

夏志兰  马鑫旺  熊昱静  刘飞  谢玲 《食用菌学报》2022,(1):48-54

对采自湖南省长沙橘子洲头柳树腐木上的野生云芝(Trametes versicolor)进行组织分离和鉴定,并优化分离菌株的栽培条件.利用60％杜仲木屑、20％棉籽壳、17％麦麸、1％蔗糖、1％碳酸钙、1％石膏栽培云芝分离菌株,在螺旋状开袋方式下,生物学效率达84.62％,获得的云芝中多糖含量5.9％,水溶性浸出物含量2...  相似文献   

斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA的克隆及进化分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

胡鹏辉 《动物检疫》2013,(12):62-65

研究从斑马体内分离的蛔虫的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5．8SrDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构斑马蛔虫与其它蛔虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增斑马蛔虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM．TEasy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示所获得的斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA序列总长为892bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS,1、5．8S及ITS．2序列。证实从斑马体内分离的蛔虫为马副蛔虫,从而为斑马蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。  相似文献   

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别     

张蕾  邱道寿  蔡时可  邓瑞云  罗焕明  刘晓津 《安徽农业科学》2013,(7):2872-2874,2888

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。  相似文献   

基于ORF Finder方法的植物ITS片段结构特点分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

司源  郭亦琦  孔航辉 《华北农学报》2005,20(5):54-56

非编码区ITS（The Internal Transcribed Spacer）片段是目前分子系统学研究中应用最广的分子标记之一。运用生物信息学ORF finder技术,以单子叶网状叶脉植物的ITS片断为例进行分析,探讨了ITS内编码区5．8S和非编码区ITSI和ITS2的基本位置。并通过分析单子叶网状叶脉植物和菝葜科部分种类的ITS序列特点,研究了该片段在科、属、种间存在的关系和变异特点。  相似文献   

再植枸杞根际真菌群落对长期连作的响应研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

马少兰  马彩霞  徐鹏鑫  郑国琦  纳小凡 《土壤学报》2019,56(6):1493-1503

受枸杞自身种植特点和道地产区土地资源限制,连作障碍已成为制约宁夏枸杞产业可持续发展的主要因素之一,导致严重的经济损失和生态问题。前期研究表明,连作能够显著影响再植枸杞根际土壤细菌的群落结构和多样性,但就连作对真菌群落结构和功能的影响目前仍不清楚。本文利用实时荧光定量PCR和高通量测序技术,研究连作对再植枸杞根际真菌群落丰度及多样性的影响。实时荧光定量PCR分析表明,与对照样地相比,连作显著促进再植枸杞根际及非根际土壤中细菌和真菌的丰度。但连作对真菌的促进作用明显高于细菌,导致细菌/真菌比例失衡,使再植枸杞根际及非根际土壤微生物环境偏向于真菌型。对测序结果的分析发现,所测定样地中枸杞根际及非根际土壤中的优势真菌门分别为子囊菌门、担子菌门、接合菌门、壶菌门及球囊菌门,其中连作地再植枸杞根际子囊菌门的相对丰度较对照样地显著降低,而接合菌门的相对丰度则显著增加(P0.05)。FUNGuild真菌功能预测也证实连作显著抑制再植枸杞根际土壤丛枝菌根真菌的相对丰度(P0.05)。基于距离的冗余分析(db-RDA)结果表明,土壤pH、电导率、硝态氮和有效磷含量是影响枸杞根际土壤真菌群落变化的主要因子(P0.05),而土壤硝态氮和有效磷含量则是解释非根际土壤真菌群落变化的主要因子(P0.05)。这些结果说明长期施用化肥可能是改变连作地再植枸杞根际土壤真菌群落结构及枸杞-真菌互作关系的主要因素之一。这一研究结果为理解枸杞连作障碍的形成机制提供理论基础。  相似文献   

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析     

钟礼义  应正河  刘新锐  陈体强 《广东农业科学》2022,49(2):9-15

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...  相似文献