4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析   总被引：15，自引：2，他引：15       下载免费PDF全文

江世贵  刘红艳  苏天凤  龚世园 《中国水产科学》2003,10(3):184-188

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。  相似文献   

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

孙希福  高天翔  窦存银  汤哲斌  刘军 《南方水产》2009,5(5):24-31

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。  相似文献   

大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究     

胡建华  祖国掌  荣朝振  孙守旗  孙棠丽 《水产科学》2011,30(9):551-554

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。  相似文献   

江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析          下载免费PDF全文

李大命  唐晟凯  刘燕山  谷先坤  刘小维  殷稼雯  张彤晴  潘建林 《渔业科学进展》2020,41(5):52-60

太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性(Hd)为0.682±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高(Hd: 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027),太湖群体的遗传多样性最低(Hd: 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示,太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%),遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。  相似文献   

鳙bmi1b基因单核苷酸多态性及其与生长和体型性状的关联性     

高一凡  俞小牧  桂建芳  童金苟 《中国水产科学》2022,29(4):503-514

bmi1b 基因作为转录抑制因子, 在维持多种干细胞的自我更新和增殖活性方面起重要作用。本研究对鳙 (Hypophthalmichthys nobilis) bmi1b 基因进行了单核苷酸多态性发掘及其与生长和体型性状的关联性分析。鳙 bmi1b 全长 5800 bp, 包含 9 个外显子、8 个内含子, 其氨基酸序列在进化上较为保守。bmi1b 在鳙下丘脑和肝脏中的表达量较高, 胚胎发育阶段从未受精卵至囊胚期都有极高的表达, 原肠期后表达量显著降低, 具有母源基因的表达特征。采用 PCR 扩增产物直接测序的方法, 在鳙 bmi1b 3′ UTR 获得 2 个 SNPs g.5224 T＞A 和 g.5550 C＞T。利用来源于 1 个鳙混合群体的 169 尾鱼进行 SNP 基因分型及其与生长和体型性状的相关性分析, 结果表明: g.5224 T＞A 与体重和头高呈显著相关(P＜0.05), 与体高和头长呈极显著相关(P＜0.01); g.5550 C＞T 与体重和体型性状的相关性未达到显著水平。2 个 SNP 位点等位基因间的组合分析显示, 双倍型 D2 (AT CC)为优势基因型组合, 其体重和体型性状的平均值显著高于其他双倍型。这些结果为进一步研究鱼类 bmi1b 基因的功能提供了参考; 同时鳙 bmi1b 基因 SNP 标记在生长和体型性状的分子育种研究中也具有良好的应用潜力。  相似文献   

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化   总被引：4，自引：1，他引：4       下载免费PDF全文

马春艳  赵峰  孟彦羽  施兆鸿  庄平  赵云龙 《渔业科学进展》2009,30(5):20-26

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。  相似文献   

尼罗罗非鱼Foxp1a/b的cDNA克隆及表达模式研究     

魏静  于林田  周林燕  张小萍  王德寿 《水产学报》2015,39(12):1763-1772

为探讨低等脊椎动物Foxp1与免疫细胞活化及机体雌激素水平的相关性,本研究首次分离克隆了尼罗罗非鱼 (Oreochromis niloticus) Foxp1的开放阅读框序列,并通过real-time PCR对其mRNA表达水平进行检测。结果显示,尼罗罗非鱼具有两种不同基因编码的Foxp1分子,分别命名为OnFoxp1a与OnFoxp1b;OnFoxp1a为1710 bp,由15个外显子编码569个氨基酸,OnFoxp1b为2040 bp,由16个外显子编码679个氨基酸;OnFoxp1a/b均含有Foxp亚家族的特征性结构,即锌指结构、亮氨酸拉链样结构和叉状螺旋结构;与OnFoxp1a相比,OnFoxp1b与高等脊椎动物Foxp1具有更近的亲缘关系。Real-time PCR检测结果显示,OnFoxp1a/b几乎在所有组织中均有表达,OnFoxp1a在精巢中有高水平表达, OnFoxp1b在心脏中有高水平表达,同时OnFoxp1b在免疫相关组织如鳃、脾脏、肾脏、肠等均有中等水平表达;淋巴细胞多克隆刺激剂PHA、PMA、LPS刺激尼罗罗非鱼外周血单个核细胞（PBMC）,结果显示,50 μg/mL PHA和50 ng/mL PMA分别刺激6、12、24 h均显著增强OnFoxp1b的表达 (p＜0.05),20 μg/mL LPS刺激后,OnFoxp1b的表达出现先降低后升高的趋势 (p＜0.05);而OnFoxp1a的表达除50 μg/mL PHA 刺激24 h后有所升高,其余均无显著变化;雌激素处理6月龄雄性尼罗罗非鱼48 h,OnFoxp1a/b在肠、肾脏中的表达显著上调 (p＜0.05),而脾脏中无显著变化 (p>0.05)。综上所述,低等脊椎动物硬骨鱼类两种不同基因编码的Foxp1a/b均为哺乳动物Foxp1的同源分子,但其序列、结构特征、表达模式迥异,提示其功能发生歧化;同时两者的表达与淋巴细胞活化及机体雌激素水平密切相关。  相似文献   

锌、硼对新植蔗产量和品质及一些生理指标的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

覃永爱  陆国盈  韩世健 《广西蔗糖》2005,(1):14-16,19

在甘蔗分蘖前期施用锌肥(48kg／hm^2)、硼肥(45kg／hm^2)、锌 硼肥(40．5kg／hm^2 24．5kg／hm^2)，结果表明，锌肥处理较对照增产1．17％，硼肥处理与对照相当，锌 硼处理较对照增产6．05％；锌处理的平均甘蔗蔗糖分都比对照高0．56％(绝对值)，硼处理的平均甘蔗蔗糖分比对照高0．07％(绝对值)，锌 硼处理的平均甘蔗蔗糖分高0．39％(绝对值)。甘蔗施用锌、锌 硼肥对茎径影响不明显，硼肥处理茎径比对照低，各处理的茎数都比对照略高；茎长以锌 硼处理最高；锌、锌 硼处理叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素的含量比对照高，而硼处理的叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素的含量比对照低；各处理都提高了硝酸还原酶活性。  相似文献   

白粒小麦品种(系)穗发芽抗性机制分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

苗西磊  王德森  夏兰芹  张运宏  王忠伟  何中虎  陈新民 《麦类作物学报》2011,31(4):741-746

为了解小麦穗发芽抗性机制,应用与抗穗发芽有关的功能标记 Vp1B3、 Vp1b2和 Dorm1并结合整穗发芽、籽粒发芽、籽粒+芒、籽粒+穗轴、籽粒+颖壳和籽粒+芒+穗轴+颖壳共6种发芽试验处理,分析了11个小麦品种（系）的穗发芽抗性机制。结果表明,红粒抗穗发芽对照京9428和京冬8号的抗性受粒色、Vp1Bc、颖壳或颖壳抑制物控制;9个白粒品种(系)穗发芽抗性均不同程度的受芒和颖壳或它们的抑制物控制;强抗穗发芽品系CA0431的抗性与 Vp1B3、 Dorm1和粒色无关,而与其他遗传因素有关;强抗穗发芽品系山东046432属于由Vp1Bc和Dorm1控制的基因型;中抗穗发芽品种矮抗58的抗性与穗轴有关;Vp1Bb基因对CA95502的穗发芽作用有待进一步证实;芒和颖壳或它们的抑制物对白粒中感穗发芽品系CA9640、CA0459、CA0493和白粒高感穗发芽品系山东928802和CA0306的穗发芽均有一定的抑制作用,但 Vp1Bb基因型与山东928802和Vp1Bc基因型与CA0306的穗发芽并无相关。  相似文献   

60Co-γ射线对9种庭院月季扦插苗的辐射效应研究     

齐文全  江振威  王亚琴  杨彪  刘斌  何燕红  高红胜 《核农学报》2020,34(4):681-690

为探讨⁶⁰Co-γ射线对不同庭院月季品种扦插苗的辐射诱变效应,以粉扇、金凤凰、梅朗口红、紫袍玉带、安吉拉、粉色达芬奇、你的眼睛、香槟和九重香9个庭院月季品种的扦插苗为研究对象,⁶⁰Co-γ射线为辐照源,设置不同剂量(0、25、45、60、80 Gy)进行辐射处理,测定了死亡率、萌芽率、变异率和主要的形态指标。结果表明,随着辐射剂量增加,月季扦插苗平均死亡率逐渐增加,从33.61%(0 Gy)上升至79.71%(80 Gy);植株生长受到显著抑制,植株变异率呈先升高后降低的趋势,辐射剂量为45 Gy时,植株变异率达到最高,占总体变异率(4.20‰)的64.70%。此外,不同品种月季对⁶⁰Co-γ射线辐射的敏感性不同,半致死辐射剂量也存在差异,其有效值介于26~55 Gy之间。综合⁶⁰Co-γ射线对月季扦插苗死亡率、生长势和变异率的影响,推荐庭院月季扦插苗的最适辐射剂量为45 Gy,这为月季辐射育种提供了理论基础。  相似文献