猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株全基因组克隆及特性分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

宋振辉  郭万柱  殷华平 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2007,33(2):143-149

    参考Genebank上收录的PUR46-MAD株(NC-002306)、TS株(DQ201447)和Purdue-115株(Z34093)核苷酸序列,设计并合成16对引物,应用RT-PCR技术成功地分16个片段扩增了猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)SC-Y株全长基因组序列,将这16个基因片段克隆,并测定其核苷酸序列.应用生物软件BioEdit对各测序结果进行序列拼接,确认SC-Y株基因组全长cDNA 28590 bp(GenBank收录号DQ443743),共包含7个开放阅读框.基因组5'端非编码区长315 nt,3'端非编码区长277 nt.与Miller M60株、Miller M6株和TS株相比,SC-Y株S基因缺失6个碱基.通过构建结构蛋白基因(S、sM、M和N)系统进化树,结果表明,SC-Y株可能与美国Purdue株来源于共同的祖先病毒.密码子偏爱性分析结果认为猪传染性胃肠炎病毒对以T和A结尾的密码子表现轻微的偏爱性,病毒基因表达选择酵母等真核系统可能更为合适.  相似文献   

菊属植物SCoT分子标记技术在遗传多样性分析中的应用     

李丕睿  蒋甲福  陈素梅  管志勇  廖园  房伟民  陈发棣 《园艺学报》2013,40(10):2015-2025

 采用正交设计方法,对Mg²⁺、dNTPs和引物浓度、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量等5个因素进行筛选,得到适于菊属植物的SCoT标记PCR反应体系,25 μL体系中含有：Mg²⁺ 1.2 mmol · L^-1、dNTPs 0.15 mmol · L^-1、引物0.8 μmol · L^-1、TaqDNA聚合酶1 U、模板DNA 50 ng。优化的最适退火温度为49.4 ℃。改进电泳方法,采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染法染色。运用不同倍性菊属材料基因组DNA对优化的SCoT-PCR反应体系进行验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明确立的菊属植物SCoT分子标记技术体系稳定可靠。利用该体系及筛选出的12个SCoT引物,对18份菊花近缘种属材料的遗传多样性及亲缘关系进行分析,共检测到209个位点,其中多态性位点数189个,多态性比率为90.43%。应用NTSYS-pc2.1软件,计算菊花近缘种属材料之间的相似性系数并采用不加权成对算术平均法（UPGMA）进行聚类分析,结果18份菊花近缘种属材料的遗传相似性系数范围为0.4516 ~ 0.7035,平均遗传相似性系数为0.58。聚类分析显示在相似系数0.530处可以将18份材料分成Ⅰ、Ⅱ两个大组,Ⅱ组包括芙蓉菊和绢毛蒿,其余16份材料属于Ⅰ组。Ⅰ组在相似系数0.615水平又分为6个亚组。结果表明SCoT分子标记体系适用于菊属及其近缘属种遗传多样性及亲缘关系的研究。  相似文献   

拟南芥POT基因密码子使用特性分析     

汪福源  唐宁  杨平 《湖北农业科学》2013,52(4)

运用CodonW程序对拟南芥(Arabidopsis thaliana)POT基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子进行分析.结果表明,拟南芥POT基因密码子适应指数(CAI)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)、密码子偏爱指数(CBI)均呈显著正相关(P＜0.05),与最优密码子使用频率(FOP)呈极显著正相关(P＜0.01).有效密码子数(ENC)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)呈显著正相关(P＜0.05),与GC3s呈极显著正相关(P＜0.01),与同义密码子第三位碱基含量(T3s)呈极显著负相关(P＜0.01).拟南芥POT基因密码子使用相对概率(RSCU)＞1的密码子多以碱基A或T结尾.  相似文献   

兰科植物FNR基因的密码子偏好性分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

李蓉  谢析颖  王雪晶  苏立遥  林玉玲  郭容芳  陈裕坤  赖钟雄  徐涵 《热带作物学报》2018,39(6):1137-1145

为揭示兰科植物FNR基因的特性和密码子偏好性，采用DNAMAN、CodonW和SPSS软件及 EMBOSS、SWISS-MODEL在线网站对17种兰科植物的FNR基因序列、氨基酸序列、同源区域及蛋白质三维结构进行分析。结果表明：兰科植物FNR基因普遍具有在A/T(U)与G/C之间较弱的密码子偏好性；密码子的末位在A和T(U)之间存在显著的T(U)偏好性，在C和G之间存在显著的C偏好性；NADP结合域比非结合域有较小的密码子偏好性；基于CDS和氨基酸聚类结果比基于RSCU聚类更接近于植物的进化分类；自然选择的作用是导致兰科植物FNR基因的密码子使用偏好性的主要成因。  相似文献   

茶树抗寒调控转录因子 ICE1 密码子偏性分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

时慧  王玉  杨路成  丁兆堂 《园艺学报》2012,39(7):1341-1344

 运用CHIPS、CUSP 和CodonW 软件程序分析自主克隆的茶树（Camellia sinensis）ICE1（GenBank 登录号JX029153）的密码子的偏性，并与茶树基因组及萝卜等7 种植物的ICE1 密码子偏性进行比较。结果表明，茶树ICE1 偏好于以A/T 结尾的密码子；与茶树基因组密码子偏性相比，发现只有6 种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1 的碱基组成在单子叶植株大麦与7 种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中，基于基因CDS 序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系，而基于密码子偏性参数相对密码子使用度（RSCU）的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3 种外源受体密码子使用频率比较发现，与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25 个，与酵母基因组差值较大的有15 个，与拟南芥基因组差值较大的有10 个，这预示着ICE1 在拟南芥中的表达效率最高，若要在其他外源受体中进行高效表达，尚需对其密码子进行优化。  相似文献   

玉米同义密码子使用偏性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

于金海 《黑龙江农业科学》2010,(7):1-4

利用玉米B73全基因组53 764个基因的表达序列数据,使用多重变量分析软件CodonW对影响密码子用法的因素进行分析。结果表明:在59种同义密码子中有27种为玉米最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(FOP)与基因的G+C含量(GC),尤其是第3位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(相关系数分别为r=0.780 7、0.822 3、0.731 4和0.986 3),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.681 5)。表明基因GC含量直接影响玉米密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。27个最优密码子的首次确定将对玉米转基因具有重要指导意义。  相似文献   

目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用   总被引：5，自引：0，他引：5  

熊发前  蒋菁  钟瑞春  韩柱强  贺梁琼  李忠  庄伟建  唐荣华 《作物学报》2010,36(12):2055-2061

花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。  相似文献   

一种基于卷积码模型的遗传序列分析方法     

刘晓  田逢春  李素芳 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2010,38(4):207-214

【目的】研究通信纠错编码理论在生物学领域研究中的应用。【方法】基于纠错编码理论,将卷积码模型分析方法用于遗传序列的分析,结合密码子简并性以及碱基关联短程为主的特性,对卷积码模型的生成矩阵、编码长度和约束长度等参数进行讨论。对2种原核生物(Escherichia colistr.K-12 substr.MG1655和Staphylococcus epidermidisATCC 12228)与2种真核生物(Arabidopsis thaliana chromosome 4和Oryza sativa(japonica cultivar-group)chromosome 10)DNA序列翻译起始及终止的特征进行分析,并通过对不同卷积码模型的比较,确定合适的分析模型。【结果】在适当的分析模型下,分析结果在开放阅读框(ORF)起始端和终止端附近,显示出与起始密码子和终止密码子位置紧密关联的明显码距变化,而不适当的分析模型则使分析结果与生物意义的对应关系下降;分析方法对2种原核生物和2种真核生物具有较好的统一性。【结论】通信纠错编码模型与蕴含纠错机制的生物序列编码特性可以较好地结合,这对将纠错编码理论与生物学研究相结合具有一定的指导意义。  相似文献   

拟南芥和水稻转录因子WRKY同义密码子的偏好性分析     

刘汉梅  何瑞  张怀渝  黄玉碧 《四川农业大学学报》2010,28(1):20-27

WRKY是植物特有的转录因子家族,主要参与植物的各种防卫反应,调节植物生长发育等。本文运用多元统计分析和相关分析等方法,对拟南芥和水稻WRKY基因的密码子用法进行了分析,发现两个物种WRKY基因的碱基组成不同,水稻基因在密码子第1、2和3位的GC含量均高于拟南芥,第3位差异最大。但两个物种的WRKY基因存在共同的进化趋势,即基因的GC3s逐步增大。对应分析结果显示,拟南芥WRKY基因的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响,水稻主要受碱基组成和基因表达水平两个因素的影响。最后确定了拟南芥和水稻WRKY基因家族的最优密码子,分别为11个和27个。研究结果为深入开展WRKY基因的进化、表达调控和提高该基因家族新成员预测的准确性等具有重要指导意义。  相似文献   

利用密码子优化提高Bt cry1Ah基因在转基因玉米(Zea mays L.)中的表达     

李圣彦  郎志宏  朱莉  李秀影  张杰  何康来  黄大昉 《中国农业科技导报》2011,13(6):20-26

Bt cry1Ah基因是本实验室从苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)菌株BT8中克隆的一种新型杀虫蛋白基因。在前期工作中已根据植物密码子偏好性对cry1Ah基因进行过一次优化。根据玉米密码子偏好性对cry1Ah基因进行第二次优化,并将两次优化的cry1Ah基因分别构建了pAhmG和pmAhb植物表达载体,利用农杆菌介导法转化玉米自交系综31,分别得到10株和9株阳性转基因玉米植株。通过ELISA、Western blot检测及生物活性检测,比较不同优化的基因在玉米中的蛋白表达量及抗虫情况。初步结果表明外源基因在玉米植株中可以稳定表达并可以遗传。二次优化基因比一次优化基因在玉米中的蛋白表达量更高,抗虫性更好。表明密码子优化有利于提高外源基因的表达。  相似文献