石斛属植物DNA条形码序列的筛选   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄海  李劲松  符岸军  严海 《热带作物学报》2010,31(10):1769-1777

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。为筛选出适合于石斛属的DNA条形码序列,本文首先应用Mega 4.0软件分析了石斛属的ITS、matK、trnH-psbA、rbcL序列的特征,然后运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的种内和种间变异性,运用Taxon DNA软件评估这4个序列的barcoding gap。分析结果表明:ITS序列不仅种内变异和种间变异最大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的石斛,可考虑作为石斛属DNA barcoding鉴定候选序列之一;matK、trnH-psbA和rbcL序列都不适合于石斛属DNA barcoding鉴定。在所分析的4个候选序列中,没有任何一个单一序列能完全鉴别出不同种类的石斛属植物。建议采用不同序列组合进行石斛属DNA barcoding鉴定。  相似文献   

基于matK基因的几种苔藓植物的亲缘关系分析     

张安世  司清亮  张为民  陈娟 《河南农业科学》2012,41(1):110-112

以钝鳞紫背苔(Plagiochasma appendiculation)为外类群(outgroup),利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对8种苔藓植物的matK基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:8种苔藓植物的matK序列长度为638bp～650bp,排序后总长度为664bp,其中变异位点357个,信息位点180个。遗传距离为0.058～0.557,平均遗传距离为0.287。利用NJ法建立的系统树显示,8种苔藓植物分为3组,其中2种丛藓科的聚为一组,3种青藓科的聚为一组,3种灰藓科的聚为另一组。序列分析结果与形态学结果一致,表明matK基因序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。  相似文献   

基于matK序列的几种重要大戟科植物系统发育初步研究     

王海燕  刘石生  文明富  卢诚  赵平娟  王文泉 《热带作物学报》2011,32(4):715-719

以海垦2号为试材,克隆橡胶树叶绿体matK基因,并结合GenBank中公布的大戟科24个代表物种matK基因序列,采用MEGA4软件,构建大戟科几种重要植物的系统发育进化树.结果显示,24个大戟科物种总体聚为两大分支,叶下珠亚科单独聚为一支,其它3个亚科聚为另一支.巴豆亚科的4个物种并没有首先聚在一起,而是巴豆和麻疯树...  相似文献   

四川江安大白李与重庆开州地方李的亲缘关系比较试验     

寇琳羚  熊伟  于杰  周贤文  胡万芬 《中国果业信息》2020,49(2)

长江上中游地区是世界李的原产地,李品种资源丰富,传统主栽品种为江安大白李;为了快速甄别重庆地方李与江安大白李之间的亲缘关系,加快重庆地方良种李新品种培育,该文采用DNA条形码技术,运用分子鉴定方法,从分子水平对重庆开州区选择的开州晚熟李与江安大白李进行matK、rbcL、ITS序列测定和比对,构建物种NJ进化树,快速鉴定两者之间的亲缘关系,指导地方李新品种培育。通过对开州晚熟李和江安大白李叶片样品的matK、rbcL、ITS序列测定,发现两种地方李的3种序列中,ITS、rbcL序列NJ进化树均表现为梳子状,差异不明显,两者之间达不到区分“种”的程度;matK序列NJ进化树之间有明显的差异。研究表明,开州晚熟李与江安大白李亲缘关系较近,属同种植物,但两者存在品种间遗传差异,通过进一步的培育有望育成新品种。  相似文献   

胡椒属植物DNA条形码初步研究     

郝朝运  邬华松  范睿  杨建峰  吴刚  马腾飞  秦晓威 《热带作物学报》2013,34(5):870-874

为筛选胡椒属DNA条形码最佳片段，研究了ITS、rbcL、psbJ-petA和matK基因片段的有效使用性、种内种间变异和barcoding gap，并评估了序列鉴定效率。结果显示：ITS和matK的barcoding gap图相对较好，matK物种水平鉴定成功率高，ITS种间变异较大，而其他2个候选序列不能进行有效鉴定。为此，推荐matK和ITS作为胡椒属植物潜在的DNA条形码序列，并依此探索建立该属的DNA条形码鉴定方法。  相似文献   

基于ITS和matK序列探讨新疆野苹果与中国苹果的系统演化关系   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱元娣  曹敏格  许正  王昆  张文 《园艺学报》2014,41(2):227-239

 以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malus sieversii（Ledeb.）Roem.]、9份中国苹果品种（Malus × domestica subsp. chinensis Li.）、1份森林苹果（M. sylvestris Miller）种质为试材,进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA internal transcribed spacers,ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyrus communis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver. 4.0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换/颠换比率、序列间成对距离,以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明,采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589 ~ 594 bp,含有148个简约信息位点,转换/颠换比率（R）为1.029;MatK序列长度为1 451 ~ 1 461 bp,没有复制子Ⅱ序列,含有16个简约信息位点,转换/颠换为1.442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内,新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MatK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内,但自展支持率低。由此说明,中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。  相似文献   

基于20种桉树叶绿体matK基因序列的系统发育分析     

刘果  ;谢耀坚  ;张党权  ;罗建中  ;曾艳飞 《桉树科技》2014,(3):1-9

随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多。本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件构建的系统发育树树与学术界承认和使用的Hill＆Johnson形态分类学状态有一定的差异,可能与下载的序列数据不够全面、覆盖的信息量不能代表该种基因组序列有关。通过对MP法、ML法、NJ法、UPGMA法和Bayes法等5种方法构建系统发育树、序列信息位点分析和形态学分类状态的比较,UPGMA法构建的系统发育树与序列的信息位点分析结果较为一致,MP法构建的系统发育树较为可信,但进一步的信息确认还需后续的研究证实。  相似文献   

matK序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

胡伟毅  邵套喜 《杂草科学》2013,(4):13-16

以matK序列作为DNA条形码,对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究,采用DNeasyOPlantMiniKit试剂盒进行总DNA的提取,应用通用引物对其matK基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的marK序列,利用MEGA5．1软件对这7种苍耳属植物的matK序列进行比对和分析并构建系统树,结果显示：matK序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。  相似文献   

稗属植物DNA条形码研究     

袁国徽  田志慧  李涛  钱振官  沈国辉 《中国农学通报》2021,37(15):106-111

为评估DNA条形码在稗属植物鉴定中的有效性,选取核DNA条形码序列ITS和ETS及叶绿体DNA条形码序列psbA、trnL-F和matK作为候选序列进行了分析。本研究对无芒稗、稗、长芒稗和细叶旱稗4种稗属植物的不同DNA条形码序列进行了扩增、测序,并分析了不同候选条形码序列的特征。结果显示,matK序列变异位点占比最高(3.6%),ETS序列最低(1.7%);psbA序列种间变异最大,matK序列种内变异最大;邻接树分析显示,条形码序列ITS、ETS、psbA、trnL-F和matK均可以区分出长芒稗,支持率均大于80%;此外,ITS序列将无芒稗和稗聚于同一支,可以区分出细叶旱稗。因此,建议ITS作为鉴别稗属植物潜在的DNA条形码序列。  相似文献