玉米脱水素基因家族的鉴定与分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

赵阳  王玉  蔡慧林  程备久  马庆 《安徽农业大学学报》2015,42(5):657-665

脱水素(dehydrin,DHN)属于LEA蛋白第二家族成员,是一种植物中广泛存在的亲水性蛋白,在干旱、低温和高盐等非生物胁迫的环境中起到重要作用。通过生物信息学方法对玉米全基因组DHN家族成员进行了鉴定,并进一步对其系统发育、基因结构、染色体定位和基因复制以及表达模式进行了系统分析。结果显示,在玉米DHN基因家族中共有5个家族成员,多物种系统发育进化树分析、基因结构以及基序分析都表明DHN家族成员在进化上具有高度的保守性。基因复制和物种间微共线性分析表明,在5个玉米DHN基因中存在着1对片段复制基因(ZmDHN1-ZmDHN2),玉米、高粱和水稻3个物种间存在2对直系同源基因(ZmDHN2-Sb04g032250.1,ZmDHN2-Os02g44870.1)。通过转录组表达数据分析表明,玉米DHN家族基因在不同发育时期具有不同的组织表达模式;同时,诱导表达模式分析表明ZmDHN基因的表达受到盐和干旱胁迫的显著诱导。该研究结果将为进一步鉴定玉米DHN家族重要的基因成员并对其开展功能分析奠定基础。  相似文献   

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

章明  贾晓旭  陆俊贤  唐修君  樊艳凤  高玉时 《安徽农业大学学报》2016,43(5):690-693

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。  相似文献   

湖羊起源及系统地位的研究   总被引：14，自引：0，他引：14  

耿荣庆  常洪  杨章平 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2002,30(3):21-24

应用中心产区典型群简单随机抽样法 ,检测控制血液酶和其他蛋白质变异的 14个结构基因座上31个等位基因的频率 ,并引用国内外 2 2个绵羊群体 11个座位的研究资料 ,以探讨湖羊的起源及系统地位。研究表明 ,湖羊与蒙古利亚的绵羊群体亲缘关系相对较近 ,两者可能在更早的世代具有共同的起源。这个结果与已知的历史事实吻合。  相似文献   

银耳α–微管蛋白基因的克隆及序列分析     

董吉元  杨双熙  陈叶叶  刘娟  马爱民 《园艺学报》2011,38(5):921-929

 根据GenBank上已发表的其他真菌α–微管蛋白基因序列中的保守区域设计简并引物,扩增出银耳α–微管蛋白基因的cDNA部分序列。分别利用SEFA-PCR方法和RACE技术,克隆了银耳α–微管蛋白基因的DNA和cDNA全长序列。银耳α–微管蛋白基因DNA全长1 962 bp,含有9个内含子,cDNA全长1 347 bp,编码448个氨基酸。生物信息学分析结果表明：银耳α–微管蛋白基因的cDNA序列与新型隐球酵母有80%相似性,编码的蛋白质属于Tubulin_FtsZ超家族中的α–微管蛋白亚家族,氨基酸序列中存在保守的GTP结合区域GGGTGSG,系统发育树显示银耳与新型隐球酵母距离最近。  相似文献   

梨属叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI特征及其在系统发育研究中的应用价值     

胡春云  郑小艳  滕元文 《园艺学报》2011,38(12):2261-2272

 对梨属19个种共26个供试样本及两个苹果属外类群样本的叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI进行了序列分析。排列后的序列长度分别为927 bp和944 bp。两个区域组合后共有36个核苷酸替换（substitution）和11个插入/缺失（indel）。将所有indel处理为一次变异事件并编码为替换,用于简约法系统树和NeighborNet系统发育网络（phylogenetic networks）的构建。研究结果表明：indel为系统发育分析提供了可靠的信息;相比trnL-trnF,accD-psaI因进化速率较快,更适合应用于种及种以下分类水平的梨属植物系统关系研究;NeighborNet系统发育网络表明系统树上部分较低的分支支持率由冲突的信息引起,其余则由信息位点不足引起。此外结果还揭示了可疑种间杂交种的母系祖先。  相似文献   

杨树溃疡病病原——葡萄座腔菌科真菌间关系的系统学初探     

程燕林  吕全  梁军  张星耀 《中国森林病虫》2011,30(6)

利用ITS rDNA序列对我国杨树溃疡病的葡萄座腔菌科病原真菌进行系统发育学分析,共得到4种葡萄座腔菌科病原真菌:Botryosphaeria dothidea,Neofusicoccum parvum,Diplodia seriata和D.mutila。它们与相应的无性型或有性型一一对应。其中,D.seriata在我国是第一次报道为杨树的病原。研究了试验菌株与国内外已报道菌株间的系统发育学关系,分析了它们与环境间的联系。结果表明B.dothidea具有高度的种内遗传多样性。这些结果对葡萄座腔菌科真菌在全球的分布作了必要的补充,也为杨树溃疡病的研究和防治提供进一步的理论基础。  相似文献   

猪源隐孢子虫卵囊的分离及基因型鉴定     

陈甫  黄克和 《中国兽医学报》2011,31(2)

应用RT-PCR方法对南京、上海和合肥猪源隐孢子虫卵囊SSU rRNA部分序列进行扩增,产物测序后提交GenBank,收录号为DQ855266、DQ855267;用BLAST和DNAStar软件与GenBank参考序列进行比较,分析其同源性,绘制系统发育进化树,结合卵囊形态学观察和对小鼠、大鼠、兔、山羊和鸡的传染性试验确定隐孢子虫种类或基因型。结果表明,3地区猪源隐孢子虫分离株与微小隐孢子虫(C.parvum)同源性达94%~100%,与C.parvummouse型有99.8%~100%的同源性,并处于进化树的同一分支。因此,3地区猪源隐孢子虫是C.parvummouse型,提示猪和鼠之间存在交叉传播的可能。  相似文献   

牛支原体肺炎流行RT-PCR方法的初步诊断   总被引：1，自引：0，他引：1  

张永强  张维  王清华  吴研功  赵云玲  赵永刚  王志亮 《中国动物检疫》2011,28(6):48-49,55

设计5对引物,对山东某一牛交易市场采集的64份鼻腔棉拭子样品进行了病原学检测。对所有样品进行差异脲原体、牛支原体、牛生殖道支原体、牛眼支原体和牛传染性胸膜肺炎(CBPP)PCR病原学检测,PCR产物连接T载体测序。PCR结果显示,牛支原体阳性样品7份,牛生殖道支原体、牛眼支原体和牛丝状支原体全部为阴性;测序结果显示,所测样品核酸序列与牛支原体和无乳支原体核酸序列都具有很高的同源性。对核酸序列进行遗传进化树分析表明,相对于无乳支原体而言,所测核酸序列与牛支原体物种具有更近的遗传距离。  相似文献   

2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究     

任海松  张秀美  胡北侠  许传田  杨少华  朱雯迎  李建亮  崔言顺 《中国预防兽医学报》2011,33(10)

为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.  相似文献   

苜蓿新品系Dy-2006亲缘关系的SSR分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

李景欣  鲁平  赵娜  崔国文 《中国草地学报》2011,33(2)

应用SSR分子标记对苜蓿新品系Dy-2006等6个苜蓿品种(品系)亲缘关系进行了分析.8对SSR引物共扩增出128个位点,106个位点显多态性,多态位点比率82.81%;不同苜蓿品种(品系)SSR多态性百分率存在一定差异,在32.81%～45.31%之间.遗传相似度(F)和遗传距离(D)的变化分别范围在0.9062～0.9689和0.0326～0.0762.聚类分析结果显示,新品系Dy-2006与龙牧801亲缘关系相对较近,与阿尔冈金亲缘关系较远,并与其它供试品种存在一定差异,为一个相对独立的品系.  相似文献