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石斛属植物DNA条形码序列的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。为筛选出适合于石斛属的DNA条形码序列,本文首先应用Mega 4.0软件分析了石斛属的ITS、matK、trnH-psbA、rbcL序列的特征,然后运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的种内和种间变异性,运用Taxon DNA软件评估这4个序列的barcoding gap。分析结果表明:ITS序列不仅种内变异和种间变异最大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的石斛,可考虑作为石斛属DNA barcoding鉴定候选序列之一;matK、trnH-psbA和rbcL序列都不适合于石斛属DNA barcoding鉴定。在所分析的4个候选序列中,没有任何一个单一序列能完全鉴别出不同种类的石斛属植物。建议采用不同序列组合进行石斛属DNA barcoding鉴定。 相似文献
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对9个青藏高原植被区的仲彬草属(StYP基因组组成)植物及2个拟鹅观草属(St基因组)物种和2个冰草属(P基因组)植物共13个类群的叶绿体rbcL序列进行遗传和基因谱系分析,探讨青藏高原仲彬草属植物的系统关系及其物种形成的母本供体来源。结果表明:①Kengyilia stenachyra、Kengyilia kokonorica、Kengyilia hirsuta、Kengyilia rigidula和Kengyilia grandiglumis的种间关系较近;②Kengyilia stenachyra和Kengyilia geminata在rbcL序列上发生了一定程度的分化;③拟鹅观草属和冰草属植物均可能作为母本供体参与青藏高原植被区不同仲彬草属植物的物种形成。 相似文献
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大豆rbcL基因克隆、序列分析及原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1488bp,包括1449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源性为85.37%～95.31%,氨基酸的同源性为90.87%～96.47%。将该基因与表达载体pET-30a（+）连接,转化大肠杆菌Rosseta感受态细胞,PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,阳性菌液IPTG诱导后经10%SDS-PAGE分析,结果显示：诱导表达出分子量约为60kD的特异融合蛋白。 相似文献
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白菜型冬油菜RuBisCo蛋白亚基基因rbcL和rbcS的克隆及其在干旱胁迫下的表达 总被引：1，自引：0，他引：1
应用双向电泳结合液相色谱-质谱联用(LC-MS)分析, 筛选得到干旱胁迫下白菜型冬油菜与光合作用相关差异蛋白质RuBisCo小亚基。根据已发表白菜型油菜(Brassica rapa) RuBisCo亚基rbcL和rbcS保守序列设计引物, 采用RT-PCR扩增陇油7号的cDNA, 获得rbcL和rbcS基因开放阅读框, 长度分别为1095 bp和549 bp, 编码364和181个氨基酸的蛋白质。生物信息学分析结果显示, rbcL与大白菜(Brassica rapa subsp. chinensis)的蛋白质同源性达到99%以上, 其保守序列属于RuBisCo Large超家族, 该蛋白质理论相对分子量及等电点分别为40.29 kDa和6.70, 不稳定指数(instability index, II>40为不稳定蛋白质)为41.67, 属于不稳定蛋白; 脂融指数(aliphatic index)为83.63, 平均亲水性值(grand average of hydropathicity)为-0.232, 属于亲水性蛋白质; 二级结构包括38.74% α-螺旋(alpha helix)、10.99%延伸链(extended strand)及50.27%自由卷曲(random coil); 三级结构具有5个不同的活性口袋。rbcS与甘蓝(Brassica oleracea)蛋白质同源性达到99%, 其保守序列具有rbcS超家族和RuBisCo Small Like超家族, 理论相对分子量为20.32 kDa, 理论等电点为8.23, 不稳定指数为33.66, 属于稳定蛋白质; 脂融指数为74.86, 平均亲水性值为-0.142, 属于亲水性蛋白质; 二级结构包括16.02% α-螺旋、28.73%的延伸链及55.25%自由卷曲; 三级结构具有4个不同的活性口袋。实时荧光定量和半定量分析显示, 干旱胁迫下, 白菜型冬油菜叶片rbcL和rbcS基因表达量下调是光合作用下降的原因。并且, 冬油菜叶片Pn下降与RuBPCase表达抑制和活性降低有关, 非气孔限制是Pn下降的主要因素。 相似文献
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对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆出全长rbcL基因的7种绿藻比较具有较高同源性,核苷酸序列和蛋白质序列同源性分别达到了82.07%～85.78%和88.00%～94.11%,其中与蛋白核小球藻蛋白质序列同源性最高,为94.11%。在此基础上,使用生物信息学软件对缘管浒苔rbcL氨基酸序列与其它植物或藻类进行了多序列比对,并且进一步应用在线软件程序进行了蛋白质的二级结构分析和三级结构预测。 相似文献
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金粉蕨属的系统位置长期以来一直存有争议。对金粉蕨属、珠蕨属、粉背蕨属、薄鳞蕨属、碎米蕨属和黑心蕨属10种植物的叶绿体基因rbcL序列进行测定,以鳞始蕨科的2个成员为外类群构建它们的系统关系。简约性分析结果表明:①碎米蕨类植物是一个单系类群,并得到bootstrap100%的支持。该类群不仅包括中国蕨科的大部分属,还包括裸子蕨科中的部分成员;②珠蕨属、Llavea和凤丫蕨属形成一个分支,并得到很高的boot strap支持;③金粉蕨属严格位于凤尾蕨群这一分支,该属与凤尾蕨属的关系近缘。从分子系统学的角度来看,金粉蕨属既不属于中国蕨科,也不属于珠蕨科,而应归入凤尾蕨科。 相似文献
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为选育优质石斛品种和开发利用高效药用石斛资源,利用形态学分类法和DNA条形码技术对采集到的石斛样品进行鉴定,并对样品ITS2序列二级结构进行分析。结果表明:样品形态与石斛属植物特征相似。以ITS2序列构建系统发育树,样品GX07与Dendrobium loddigesii,YN08与Dendrobium officinale位于同一位置,其二级结构也基本一致,螺旋区和茎环等结构均无明显区别。基于rbcL序列构建的系统发育树没有达到很好的分辨效果,石斛属种间遗传距离最大为0.028。表明ITS2比rbcL更适合石斛属种间物种鉴定,并且其二级结构具有一定的辅助作用。 相似文献
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广东部分岛屿紫菜物种研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解广东沿海紫菜物种自然资源现状及物种间的亲缘关系,于2012年冬季对广东3个岛屿进行调查,并对采集样品进行形态、细胞学以及基于rbcL和nrSSU序列的系统学研究。结果显示,12月平屿岛优势种有坛紫菜（Porphyrahaitanensis）、长紫菜（Pdentata）和皱紫菜（P．crispata）;外伶仃岛、下川岛为皱紫菜和多枝紫菜（Pramosissima）;3个岛屿的紫菜属于暖温性的刺缘组紫菜,染色体均为n=5,其中多枝紫菜染色体为首次观察报道。系统学结果显示,平屿岛皱紫菜与坛紫菜亲缘关系最近,与多枝紫菜之间的关系最远;外伶仃岛、下川岛皱紫菜与平屿岛皱紫菜的相似度远低于与多枝紫菜种间的系数。研究扩增了皱紫菜的nrSSU序列和多枝紫菜的rbcL、nrSSU序列,为紫菜的系统学研究提供了基础资料。 相似文献