畜禽泛基因组研究进展     

李珂  王宇龙  李栋  史新娥  杨公社  于太永 《畜牧兽医学报》2023,(9):3595-3604

泛基因组是近些年来基因组研究领域出现的一个新名词，相较于单个线性参考基因组具有明显优势，能够有效解决参考基因组涵盖遗传信息有限的问题。随着测序技术的发展和对基因组的深入研究，泛基因组学相关研究也得到快速发展。本文综述了泛基因组学的发展历程、构建策略及其在畜禽上的研究现状，并对未来的应用趋势进行了展望，以期为畜禽泛基因组的深入研究提供参考。  相似文献   

草鱼全基因组序列图谱绘制完成     

《江西饲料》2015,(3):45

<正>中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员,合作完成了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)基因组序列草图的绘制,相关研究成果在5月4日的《自然·遗传学》杂志上在线发表(The draft genome of the grass carp(Ctenopharyngodon idellus)provides genomic insight into its evolution and vegetarian diet adaptation)。该研究采用鸟枪法测序策略,分别对一尾雌  相似文献   

基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析     

马俊丰  李小宇  张春雨  周雪平  王永志 《植物保护》2020,46(4):40-47

本研究以马铃薯Y病毒(PVY)全基因组为基础,分析吉林、黑龙江和内蒙古3省(区)PVY群体遗传多样性和群体分化,并评估突变、重组、选择等遗传力所起的作用。根据已报道的PVY全基因序列保守区设计4对引物,采用片段重叠法对来自内蒙古和吉林的24个PVY分离物全基因序列进行测定,并联合NCBI中已登录的9个黑龙江分离物全基因组序列进行遗传多样性参数评估、群体分化检验和分子变异等分析。结果显示,我国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,其中内蒙古和黑龙江PVY群体遗传多样性高于吉林群体,并且3个群体之间呈现一定程度的遗传分化。分子变异分析发现在PVY基因组中存在1 786个变异位点,表明我国北方3省(区)PVY群体变异程度较高,并且这种高变异度有85.54%来自各个马铃薯种植区内PVY个体的遗传变异。重组分析和系统发育分析发现,我国北方3省(区)PVY群体中重组株系占比高达90.3%,并具有明显的株系多样性,表明PVY重组株系已成为我国北方3省(区)马铃薯种植区的流行株系。选择压力分析显示,使用FEL和IFEL法分别检测出501个和315个净化压力选择位点,这表明3省(区)PVY群体受净化选择压力为主。以上结果表明,中国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,突变、重组和自然选择都对遗传多样性和群体分化存在一定影响。  相似文献   

用于克隆及分子标记分析的甘蔗高质量基因组DNA提取方法     

刘俊仙  熊发前  刘菁  罗丽  丘立杭  刘丽敏  吴建明  刘红坚  刘欣  卢曼曼  何毅波  李松 《分子植物育种》2019,17(2):545-552

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上饶早梨全基因组重测序和转录组的关联分析     

尹明华  吴平华  刘邦旺  胡光明  王钦  张红蕾 《分子植物育种》2019,17(11):3490-3496

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马铃薯生育抗病关键基因被发现     

周铮 《北京农业》2011,(25)

中国农科院日前在北京宣布．由14个国家29个单位的97名研究人员组成的“马铃薯基因组测序国际协作组”，继2009年完成“马铃薯全基因组序列图”后。经过近两年工作，马铃薯基因组研究又获得重大成果。  相似文献   

基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性     

赵真坚  王书杰  陈栋  姬祥  申琦  余杨  崔晟頔  王俊戈  陈子旸  唐国庆 《畜牧兽医学报》2023,(6):2297-2307

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...  相似文献   

大白、长白和杜洛克猪多品种多性状一步法基因组选择准确性分析     

张锡飞  张兴  闫之春  龚华忠  牛安然  杨雨婷  杜晓冬  荆晓燕  丁偌楠 《中国畜牧杂志》2023,(8):152-159

种猪企业在实际育种中会面临单个品种（例如杜洛克）数据量稀少的情况，利用其他品种数据量的优势，将品种作为固定效应可以提升育种值估计准确率。此外，多性状一步法可以利用性状间的遗传联系提升育种值计算的准确率，也被企业视作重要的育种方法。本研究以大白、长白和杜洛克猪为研究对象，分析多性状一步法（ssGBLUP）与单性状一步法育种值预测的准确率，以及多品种联合计算与单品种独立计算育种值预测的准确率。研究包括3个品种、5个生长性状和3个繁殖性状以及超过8 000头的芯片数据，利用BLUPF90+软件计算育种值以及标准误差（SE）。结果表明，对于生长性状和繁殖性状，多性状在ssGBLUP、GBLUP和BLUP方法上的育种值准确率均优于单性状3%～15%；当参考群数量<500头时，多品种联合计算能获得比单品种独立计算更高的育种值准确率。表明在实际育种中，单品种数据量小于500头时，可以采用多品种联合计算育种值，随着数据量增大到1 000头时，应该切换回单品种独立计算；在算法和算力满足的情况下，多性状在育种值准确性上优于单性状。  相似文献   

辣椒全基因组TCP转录因子家族生物信息学分析     

冯羽娥 《种子科技》2017,(8):152-154

利用生物信息学方法对辣椒TCP转录因子家族成员、基因分类、基因结构、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了预测和分析。结果表明,辣椒TCP基因家族包含30个成员,Ca TCP蛋白含有95~550个氨基酸,等电点为6.30~10.91。进化树分析将其分为11个不同的亚族。辣椒TCP家族进化树以及基因结构的进一步分析,显示辣椒TCP家族可分为两大类,即Class I类和Class II类,而Class II类可分为两个不同的亚类,即CIN和CYC/TB1亚类。位于同一亚家族的大多数TCP基因具有相似的内含子和外显子结构。此外,染色体定位分析表明,辣椒TCP基因不均衡的分布于辣椒的10条染色体上,其中3号染色体上最多,有7个。  相似文献   

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘     

黄千千  张宇  倪俊卿  王贵江  罗文学  骆菲  刘廷玉  李赛  周磊  杜恒  张军辉  刘剑锋 《中国畜牧杂志》2023,(6):95-100

深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。  相似文献