牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析     

颜芳楠  马志杰  徐宇辉  李瑞哲  谢秀梅 《中国畜牧杂志》2023,(6):172-178

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...  相似文献   

永登七山羊全基因组选择信号检测分析     

栗登攀  马克岩  韩金涛  白雅琴  李讨讨  马友记 《畜牧兽医学报》2023,(11):4577-4588

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1 658 596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、...  相似文献   

基于全基因组填充重测序关联分析鉴别影响苏山猪初生体尺与乳头数性状的遗传位点     

张昌政  李德森  黄敏  方晓敏  赵为民  任守文  董焕声  任军  周李生 《畜牧兽医学报》2023,54(1):88-102

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。  相似文献   

河北省猪星状病毒4型全基因组测定及遗传进化分析     

王晶  陈少杰  张帅  刘莹  赵云环  王传文  李妍  左玉柱  范京惠 《中国兽医学报》2023,(1):10-15

为了解河北省流行的猪星状病毒(PAstV)遗传特性和重组现象,设计了7对特异性扩增引物,利用RT-PCR方法进行全基因组序列扩增;应用DNAStar软件和MEGA 7.0软件对扩增得到的序列进行拼接和核苷酸同源性分析,并建立基于全基因组和ORF2基因的系统进化树;利用生物学分析软件对全基因组序列结构特点和重组现象进行分析。结果显示,成功扩增得到1株PAstV4 HB-SJZ全基因组序列;全基因组遗传分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性显著高于其他基因型毒株,为74.2%～81.0%,与匈牙利4型毒株WBAstV-1同源性最高(81.0%);基于ORF2基因分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性为64.8%～68.9%,与日本毒株PoAstV-VIRES-GX03-C3遗传关系最近(68.9%);重组分析显示,HB-SJZ株的ORF1基因与JPN Bu5 2014株和JPN Mol2-3 2015株存在重组现象。这一研究提示河北省流行的PAstV4是同物种重组毒株,为该病的流行病学调查提供科学依据,也为该病的防控提供理论基础。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）BJ—4株全基因组序列测定与分析   总被引：24，自引：1，他引：24  

杨汉春  黄芳芳  郭鑫  高云  李华  陈声 《农业生物技术学报》2001,9(3):212-218

在国内首次完成了猪繁殖与呼吸综合征病毒分离毒株的全基因组序列测定。用RT－PCR方法分段扩增出PRRSV北京地区分离株BJ－4株的21条cDNA片段，分别克隆于pGEM-T-easy质粒载体并进行测序，按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSV BJ－4株全基因组cDNA序列。测序结果表明PRRSV BJ－4株基因组全长15504b，包含8个开放阅读框，5′端有190nt先导序列；3′端有256ntUTR，其中包括95ntPoly(A)尾。PRRSV BJ－4株与美洲型毒株VR－2332和Nebreska的核苷酸同源率分别为99．5％和98．4％，而与欧洲型代表株LV株的核苷酸同源率为62．5％，与另一国内分离株CH－1a株编码构蛋白基因的核苷酸同源率为93．3％。  相似文献   

激活标签法及其在番茄功能基因组的应用     

苏彩霞李君明  霍秀文 《华北农学报》2007,22(B08):172-176

激活标签法是近年来新发展起来的一种研究基因功能有价值的补充方法。该文综述了激活标签法的研究进展及其在番茄功能基因组研究中的应用。  相似文献   

籼稻品种Kasalath BAC克隆的终端序列分析和染色体制图     

谢国禄 《作物育种信息》2005,(8):11

为了调查水稻种（Oryza sativa）内的表型多样性和进化关系，我们对衍生于籼稻品种Kasalath的BAC（细菌性人工染色体）克隆进行了大范围的终端排序和染色体in silico制图（根据序列同源性进行制图）。从47194个BAC克隆中总共获得了78427个高质量的BAC-终端序列（BES）；这些终端序列表现出总共具有37．8Mb基因组序列的482bp的平均阅读长度。排除含有重复序列的这些BES并使用粳稻品种日本晴的高质量基因组序列作为参照标准后，把这些具有成对BES的12170个克隆绘制到了12条染色体上。这些克隆由4．50个重叠群组成，  相似文献   

为分析异源多倍体“固定杂种优势”建立的甘蓝型油菜人工合成系     

邱敦莲 《作物育种信息》2006,(6):17-17

异源多倍体广泛地分布在植物王国中，它们的成功生长可以用不同基因组上的部分同源基因的正向互作来解释，这与杂合二倍体基因型中引起杂种优势的一个基因的不同等位基因间的正向互作相似。异源多倍体纯合基因型中也会发生这种互作，因此被称为“固定杂种优势”。据我们所知，目前尚无实验数据来支持这种假说。  相似文献   

黄瓜DNA提取及优化SSR反应体系的建立   总被引：3，自引：0，他引：3  

王桂玲  秦智伟  周秀艳  赵咫云 《分子植物育种》2007,5(Z1):196-200

本文简化了黄瓜DNA提取程序并探讨了黄瓜SSR反应程序及体系.反应体系25 μL:10×buffer 2.5 μL,2.5 mmol/L MgCl2 2.0 μL,2 mmol/L dNTP 2.5 μL,gDNA模板(10 ng/μL)2 μL,forward primer(10 pmol/μL)0.5 μL,reverse primer(10 pmol/μL)0.5 μL,ddH2O 14 μL,Taq DNA聚合酶(1 U/μL)1 μL.反应程序:95℃预变性5 min,94℃变性30 sec,49℃退火1 min,72℃延伸90 sec,循环次数35,72℃延伸5 min.  相似文献   

我国水稻基因组测序研究又有突破     

《种子世界》2002,(3):41-41

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