转录因子ZmMYC7与拟南芥JAZ家族基因的互作研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

曹宏哲  李薇  庞茜  刘鹏飞  白华  张康  邢继红  董金皋 《河北农业大学学报》2019,42(6)

  相似文献   

苹果LIM基因家族生物信息学及表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

袁高鹏  韩晓蕾  卞书迅  张利义  田义  张彩霞  丛佩华 《中国农业科学》2019,52(23):4322-4332

【目的】在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号。苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA 7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性。【结果】共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01。亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布。启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件。蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域。根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组。染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀。花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异。【结论】苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性。  相似文献   

光周期途径成花关键基因CONSTANS的进化机制   总被引：1，自引：1，他引：0  

帅敏敏  张启香  黄有军 《浙江农林大学学报》2019,36(1):7-13

CONSTANS（CO）是植物响应光周期调节的重要基因和监测日照长度的重要元件,可将光信号和生物钟信号转变为开花信号,激活下游基因（FT）的表达,从而诱导植物开花。选取14个已被测序的物种,采用生物信息学手段,从外显子-内含子结构、基因重复、基因差异表达等方面开展CO基因家族研究。结果表明:14个物种共鉴定到159个CO家族成员,CO基因常以多拷贝的形式存在,多数含2~4个外显子,在进化过程中表现出多样性。CO家族重复基因的扩张与基因组重复相关。CO在水稻Oryza sativa根、旗叶、花和种子中均有表达,花芽到花的转变过程中OsCO3的表达量上升,而OsCO7下降,说明水稻CO家族成员之间存在功能差异。  相似文献   

水稻镉积累相关基因家族研究进展     

袁雪  马海燕  马亚飞  陆龙千 《安徽农业科学》2019,47(16)

重金属镉会给人体健康带来很大的危害,降低水稻籽粒中的重金属镉含量成为了很多学者研究的内容。通过对水稻镉积累相关基因家族的概述及近些年的研究进展进行分析,希望能从中得到新的研究思路与方向。  相似文献   

番茄SlWDR204基因正调控植物干旱胁迫     

张琳  李欢欢  于淑坤  黄曼  苗敏 《安徽农业科学》2019,47(1)

为了进一步研究Sl WDR204的功能,克隆了番茄的Sl WDR204基因,通过亚细胞定位为研究其功能提供线索,并通过农杆菌介导法,利用RNAi技术获得Sl WDR204基因下调的转基因植株。干旱胁迫试验表明,转基因番茄对干旱胁迫更加敏感,说明Sl WDR204基因正向调控植物对干旱的响应,这一发现为分子育种提供了新的靶标基因,并为阐明植物抗旱的分子机理奠定了基础。  相似文献   

陆地棉PUP家族基因的鉴定及表达分析     

陈云  赵博雅  刘颖  王铭瑶  孟婷 《山西农业科学》2023,(9):983-995

为了有助于开展陆地棉PUP家族基因的生物学功能研究,也为后续陆地棉PUP基因在抗逆中功能的研究提供候选基因,利用生物信息学从陆地棉中鉴定PUP基因,并对PUP基因结构、保守结构域、顺式作用元件以及在胁迫条件下的表达等进行分析。结果表明,从陆地棉（TM-1）中共鉴定出31个PUP基因,依据进化分析结果,将这些基因分为3个亚支。染色体定位及基因复制事件分析结果表明,31个GhPUP家族基因分布在19条染色体上,且所有的PUP基因都由基因复制事件产生,复制类型为片段重复;基因结构的分析结果显示,陆地棉PUP基因大多数只有1个内含子,少数有2个或3个内含子,也有少数基因没有内含子;保守结构域分析表明,不同亚支上的PUP蛋白既有共同性也有特异性。顺式作用元件分析结果显示,GhPUPs基因启动子区域共有18个元件,这些元件分属于激素应答、胁迫/物理应答以及植物生长发育相关元件3类。同时,结合进化分析和转录组数据,筛选出了参与陆地棉胁迫应答的PUP基因。  相似文献   

苎麻kinesin基因家族全基因组鉴定与表达分析     

于娜  陈晓蓉  石亚亮  牛娟  陈静  钟意成  陈建华  孟超敏  栾明宝 《中国麻业》2022,(1):13-26

驱动蛋白(Kinesin)家族是一类蛋白质超家族,属于分子马达蛋白中非常重要的一种,参与细胞分裂、生长和形态发生等植物生长发育过程.文章通过生物信息学方法,从苎麻全基因组中鉴定得到57个kinesin基因家族成员,依据苎麻基因注释的结果将其命名,所有kinesin蛋白均含有KISc结构域.苎麻kinesin蛋白的分子量...  相似文献   

植物碱基错配修复系统中Muts蛋白家族研究进展     

丰安徽  王伍梅  李桂娇  郭龙彪  张效忠  崔永涛 《中国稻米》2017,(5):5-11

DNA错配修复(mismatch repair,MMR)是DNA损伤修复的一个重要途径,主要用于细胞中DNA合成和遗传重组时发生损伤过程中出现的单个或少数碱基的缺失、插入以及错配的修复,它对维持基因组稳定性和DNA复制保真度至关重要。原核生物和真核生物中都有非常保守的MMR系统。在人体DNA修复系统的研究中,发现癌症的发生与Muts蛋白家族功能缺陷密切相关。类似的在拟南芥和水稻中功能缺陷的Muts蛋白家族(同源蛋白Muts homolog,MSH)会产生增变基因表型,这将为植物的基因功能分析和育种利用奠定基础。基于此,本文综述了近年来有关植物DNA错配修复及相关基因功能的研究进展,特别是植物MMR功能缺陷导致基因突变和微卫星不稳定造成的性状畸形进行了描述,对Muts蛋白家族各个亚基功能做了分类说明,并对植物中如何利用MSH产生的增变基因突变和如何利用突变育种研究进行了展望。  相似文献   

玉米HD-ZIP I亚家族基因鉴定及表达分析     

梁思维  姜昊梁  翟立红  万小荣  李小琴  蒋锋  孙伟 《作物学报》2020,46(4):532-543

转录因子是植物响应逆境胁迫的重要调节因子,在其整个生长发育过程中发挥着重要的作用。HD-ZIP家族蛋白是植物中特有的一大类转录因子,包含4个亚家族(HD-ZIP I^IV),其中HD-ZIP I亚家族成员主要参与干旱、渗透压等极端环境和ABA及乙烯等激素处理的响应过程。本文采用隐马可夫模型(HMM)在玉米参考基因组中鉴定到17个HD-ZIP I亚家族成员,这些基因不均匀分布于玉米6条染色体上,与水稻的亲缘关系要近于拟南芥。玉米HDZIP I亚家族基因在玉米7种组织中表现出多种表达模式,具有明显的组织表达特异性。另外, HD-ZIP I亚家族基因对高盐、淹水及冷害等不同的逆境胁迫处理呈现出不同的响应模式及响应程度差异。5种不同激素处理后,玉米HD-ZIP I亚家族基因也表现出复杂的响应模式。这些结果为进一步解析玉米HD-ZIP I亚家族基因的生物学功能和作用机理提供了一定的参考价值。  相似文献   

牛角地黄汤对金葡菌外毒素分泌的影响及调控作用     

张亚飞  栗云鹏  穆祥  孙英健 《北京农学院学报》2018,33(1):64-68

牛角地黄汤是用于清热解毒、凉血化瘀的基础方剂,由水牛角、地黄、赤芍、丹皮等主要成分组成。【目的】本研究旨在探讨牛角地黄汤对金黄色葡萄球菌外毒素分泌的影响。【方法】将亚抑菌剂量的牛角地黄汤水煎液与金黄色葡萄球菌共同培养,用Western blotting检测培养液上清中外毒素蛋白的表达,用RT-q-PCR法检测细菌相关基因mRNA表达水平。【结果】牛角地黄汤水煎液在40.0mg/mL以上剂量对金黄色葡萄球菌的增殖有明显抑制作用。亚抑菌剂量的牛角地黄汤水煎液能抑制金葡菌毒素蛋白HLα、SEA、SPA的转录和蛋白分泌。同时抑制金葡菌agr系统和SarA调控系统相关基因的表达。【结论】牛角地黄汤在亚抑菌剂量下能抑制金葡菌毒力因子的转录和蛋白表达。其作用机制可能与牛角地黄汤剂抑制金葡菌agr二元调控系统及SarA蛋白家族中毒素相关的调控子转录表达有关。  相似文献