羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性     

杨艳婷  侯向阳  魏臻武  乔志宏  常春  任卫波  武自念 《草业学报》2018,27(10):147-157

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。  相似文献   

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析     

张扬  姚文成  卞友庆  王兆山  王维  徐琪  常国斌  陈国宏 《中国畜牧杂志》2018,(4)

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。  相似文献   

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性   总被引：2，自引：0，他引：2  

王婷  吴登俊 《中国畜牧杂志》2018,(4)

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。  相似文献   

狼山鸡保种群不同世代MHC BF基因遗传多样性研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

屠云洁  束婧婷  苏一军  章明  姬改革  刘一帆  巨晓军  邹剑敏 《中国畜牧杂志》2018,(5)

通过Illumina平台Miseq重测序方法分析不同世代(G0、G5、G10、G12、G14、G15、G17)的MHC BF1和BF2基因座位多态性,揭示狼山鸡不同世代间MHC BF基因遗传多样性,为更好地监测保种效果提供科学的决策依据。在狼山鸡7个世代中分别鉴定出MHC BF1、BF2基因59和34个SNPs。狼山鸡MHC BF1基因观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)在G10、G12、G14保持稳定,Ho在不同世代变化情况为G17G15G14、G12、G10G5G0,He和PIC在不同世代变化情况为G17、G15G14、G12、G10G5G0,MHC BF2基因的Ho在G10、G14、G15保持稳定,其他世代变化情况为G17、G12G15、G14、G10G0、G5;He和PIC在G12、G14、G15和G17保持稳定,在其他世代变化情况为G17、G15、G14、G12G10G5、G0。从本研究结果看,狼山鸡不同世代MHC BF1和BF2遗传多样性变化规律不太一致,但总体规律符合波动选择(时空变换的选择)假说,随着时间的推移MHC BF基因遗传多样性变得更为丰富,在某些连续几个世代群体遗传多样性基本保持稳定,这可能与MHC BF基因功能有关。  相似文献   

山羊先天免疫基因BCL10克隆、组织表达及真核载体构建分析     

俄木曲者  熊朝瑞  范景胜  陈朝康  张锡文  聂忠源  孙艳  刘世均  杨合琴 《中国畜牧杂志》2018,(5)

本研究旨在探索作为先天免疫相关分子的BCL10蛋白对山羊的免疫调控。实验采用RT-PCR、3'RACE和5'RACE克隆方法,以NCBI中山羊BCL10预测基因序列为模板,克隆初生羔羊脾脏组织BCL10基因cDNA序列,并进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术检测羔羊BCL10基因各免疫相关组织转录表达谱;鉴定p EGFP-N1-BCL10重组质粒在细胞的真核表达效果。结果表明:克隆得到BCL10基因cDNA全长1 023 bp,其中CDS为693 bp,编码230个氨基酸;生物信息学分析结果发现山羊BCL10蛋白是一种N端存在CARD结构域、非分泌、非膜结合的胞内蛋白,氨基酸序列与水牛、绵羊的亲缘关系最为接近;颌下腺中BCL10基因表达量显著高于肺脏、肝脏、脾脏、肾脏及血液(P0.05),胸腺中BCL10基因表达量显著高于血液(P0.05),血液表达最少;成功构建了BCL10基因完整CDS序列的p EGFP-N1-BCL10重组载体,并在HEK293T真核细胞正常表达。本研究首次克隆出羊BCL10基因cDNA全长序列,检测了基因表达分布情况,构建了重组载体,为进一步探索山羊BCL10基因功能及蛋白免疫机制提供理论基础。  相似文献   

三江源区高寒草原土壤湿度变化特征及与气候因子的关系   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭连云 《草业科学》2018,35(1):46-53

利用青海省三江源区兴海县牧业气象站1999-2016年高寒草原土壤湿度、牧草生育期资料,分析了高寒草原土壤湿度的年、季变化特征以及牧草生长季不同生育期土壤湿度的变化特征及与气候因子的关系。结果表明:高寒草原0-10、10-20、20-30、30-40和40-50 cm土壤湿度均随年际延长呈增加趋势,春季除40-50 cm土层外,其他各层土壤湿度均随年际延长呈显著增加趋势(P<0.05)。高寒草原牧草生长季的土壤相对湿度随年际延长呈显著上升趋势(P<0.05),且与生长季降水量之间呈极显著正相关关系(P<0.01)。随着气候变化,牧草抽穗、开花、成熟和枯黄期的土壤相对湿度随年际延长呈显著增加趋势(P<0.05)。牧草抽穗期、枯黄和全生育期的土壤湿度与气温呈显著负相关关系(P<0.05)。高寒草原牧草生长季土壤湿度的增加有利于草地植被生长。  相似文献   

基于冗余分析的高寒草原土壤与草地退化关系   总被引：2，自引：0，他引：2  

魏卫东  刘育红  马辉  李积兰 《草业科学》2018,(3):472-481

在高寒草原退化草地设置研究样地,观测植物群落特征、采集土壤样品、分析土壤物理化学性质,依据数量生态学基本原理,探讨高寒草原退化草地与土壤因子间关系。结果表明:不同退化程度样地沿冗余分析排序图第一排序轴分布,第一排序轴反映草地退化程度的变化;草地植物群落中与第一排序轴负相关且按相关程度大小排序的指标为盖度>地上生物量>地下生物量;第一、第二排序轴能够解释97.1%的土壤因子与草地退化关系;土壤沙砾、p H与第一排序轴正相关,土壤有机碳、土壤含水量、容重、全氮、有效氮与第一排序轴负相关;第一排序轴及所有排序轴所反映的土壤因子均与草地退化之间呈极显著相关关系(P<0.01);不同土壤因子与草地退化之间相关程度不同,土壤有机碳(r=-0.890)、土壤含水量(r=-0.864)、容重(r=-0.847)、全氮(r=-0.836)、有效氮(r=-0.821)等与高寒草原退化相关程度更高且相关关系极显著(P<0.01)。利用退化草地群落特征和土壤因子数据矩阵进行冗余分析能够较好地综合反映土壤因子与草地退化之间的关系及相关程度,土壤有机碳、土壤含水量、容重、全氮、有效氮是反映高寒草原退化的重要土壤指标。  相似文献   

青藏高原垂穗披碱草种质资源遗传多样性的SSR分析     

彭语洛  周青平  陈仕勇  陈有军  李亚萍  田莉华 《草业科学》2018,(5):1080-1089

采用SSR分子标记技术,对采自青藏高原的30份野生垂穗披碱草(Elymus nutans)种质进行遗传多样性分析。结果表明,1)筛选出的16对引物共获得了116个等位基因位点,92个多态性位点,多态性位点率(PPB)为79.75%,多态性信息(PIC)含量为0.063~0.325,平均值为0.188,材料间遗传相似系数(GS)介于0.692~0.976,平均值为0.828。2)聚类分析表明,在遗传相似系数0.804处,30份供试材料可聚为四大类,单独聚为一类的09-214表现出与其他材料较远的亲缘关系,主成分分析结果与UPGMA结果基本一致。群体遗传结构分析显示,大部分材料的遗传背景较为单一,群体划分的结果与聚类分析的结果部分保持一致。研究显示,供试种质材料间存在较大的差异,部分材料表现出相对独立的特性,遗传多样性较丰富,可为垂穗披碱草的保护利用、新品种的选育及优良基因的挖掘提供参考依据。  相似文献   

紫花苜蓿细胞质雄性不育恢复基因的初步定位   总被引：1，自引：0，他引：1  

张世超  王英哲  金艳  陈晶晶  王莹  徐博 《草业科学》2018,35(5):1067-1071

以紫花苜蓿(Medicago sativa)不育系MS-GN-1A为母本,恢复系MS178为父本组合构建BSA分离群体,获得的F1代均表现为雄性可育,在大田种植了221株F2代群体单株,盛花期将花粉颗粒染色后,显微镜下观察统计出,不育的F2代株数为57,可育F2代株数164,并没有观察到半不育植株。将所有植株划分为可育和不育两组,并构建可育和不育DNA混池,混池DNA从可育和不育植株组DNA中各随机抽取20个样品,以此对恢复基因定位。随机挑选160对已知的四倍体苜蓿SSR引物扩增基因池DNA,获得2个具有多态性的分子标记,分别是Mt2c12、AW166,初步定位Rf基因在类群Composite5上。将类群Composite5上的所有引物进行合成,进一步进行引物筛选,最终获得4个具有多态性的标记BI68、Mt2c12、BG267和AW776153,遗传距离分别为19.0、20.9、44.6和72.1cM。  相似文献   

棘孢木霉葡聚糖酶基因Glu1的克隆及原核表达     

刁桂萍  杨帅  遇文婧 《草业科学》2018,35(7):1685-1694

从棘孢木霉(Trichoderma asperellum)ACCC30536中克隆获得一个葡聚糖酶基因Glu1,其cDNA全长984bp,编码327个氨基酸。该葡聚糖酶属于Glyco-hydro-12家族,推测为β-1,4-葡聚糖酶,与深绿木霉IMI 206040的Glycohydro-12家族蛋白(XP_013940397.1)有91%相似性,且亲缘关系较近。运用qRT-PCR技术检测9种诱导条件下棘孢木霉Glu1基因的表达水平,结果表明,Glu1基因能参与棘孢木霉对山新杨(Populus davidiana×P.alba var.pyramidlis)或杨树病原菌的识别。构建原核表达载体并获得重组蛋白rGlu1。酶活特性分析结果表明,该酶最适pH为4.5,最适温度为45℃,且酶活性随诱导时间延长逐渐升高,在5h达到稳定。  相似文献