利用16S rDNA基因序列进行害竹飞虱(半翅目:飞虱科)的分子鉴定          下载免费PDF全文

侯晓晖  陈祥盛 《林业科学研究》2013,26(1):65-69

采用DNA测序技术测定了中国飞虱科5属10种15个地理种群的线粒体16S rDNA基因长约480 bp片段的序列,分析了其序列组成及变异特征.所获序列中,A+T约占77.5％,其中,190个核苷酸位点发生了变异(约占39.6％).利用MEGA 4.0软件计算遗传距离,外群与内群的遗传距离平均值(0.317)最高,内群各属间和各属内遗传距离平均值(分别为0.209和0.132)次之,而种内不同地理种群间的遗传距离平均值(0.013)最低.构建了10种飞虱科昆虫的MP和NJ分子系统树,结果显示:各属飞虱基本上形成单系群;各种飞虱各自不同地理种群均聚为一支,构成一单系群,可以很好的区分不同种类的飞虱.上述结果与形态学研究结果非常吻合.  相似文献   

罗非鱼无乳链球菌鉴定及基于cfb和16S rRNA基因同源性分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

可小丽卢迈新  李庆勇霍欢欢高风英  朱华平 《中国农学通报》2013,29(20):52-62

为进一步阐明不同宿主不同地区无乳链球菌之间的关系,本研究从细菌形态学、生理生化、16S rRNA和cfb基因等方面,鉴定了2009—2011年广东、海南等地区的25株罗非鱼链球菌病原。同时结合全球不同宿主来源的84株链球菌16S rRNA 基因序列,利用 Modeltest 3.7、MEGA 3.0、MrBayes 3.0 b4进行综合系统发育分析。结果表明：2009—2011年罗非鱼链球菌病原均为无乳链球菌且它们在进化上聚为一个支系,说明2009—2011年广东、海南等地区罗非鱼无乳链球菌病原具有相同的起源。此外,罗非鱼无乳链球菌与法国人源、美国人源、牛源以及日本猪源等无乳链球菌均以高支持率(100)聚在一个支系,说明全球不同宿主来源的无乳链球菌亦具有相同的进化起源,同时也证明了中国罗非鱼无乳链球菌的潜在人畜共患性,这是国内首次对不同宿主无乳链球菌进行系统发育研究。  相似文献   

A study on bacteria associated with the intestinal tract of farmed yellow seahorse,Hippocampus kuda (Bleeker, 1852): characterization and extracellular enzymes     

Tanu  Deepti D Deobagkar  Rakhee Khandeparker  Rayadurga A Sreepada  Sushant V Sanaye  Hrishikesh B Pawar 《Aquaculture Research》2012,43(3):386-394

The microenvironment of bacteria associated with the gastrointestinal tract of an animal influences the host in many ways, including the metabolism of several nutrients. Isolation, molecular characterization and enzymatic activities of culturable bacteria associated with the gastrointestinal tract of hatchery‐reared oceanic yellow seahorse, Hippocampus kuda, were investigated in the present study. 16S rRNA sequencing of bacterial isolates yielded 10 different bacterial genera belonging to two major groups: proteobacteria (62.9%) and firmicutes (37.03%). The predominant microbial flora belonged to the genera Vibrio spp., Enterovibrio sp. and Bacillus spp. Burkholderia cenocepacia, hitherto unreported from the gastrointestinal tract of marine fish, was retrieved from the seahorse gut, albeit in small numbers. Enzymatic studies indicated that the bacterial isolates possess the ability to degrade lipids, cellulose, xylan, starch and proteins. Lipase activity was exhibited by a majority of the isolates (70.4%), indicating that the bacterial flora associated with the intestinal tract of seahorses is capable of digesting foods rich in lipids. The possible implications for the role of these bacteria in the digestion and physiological processes are discussed. To our knowledge, this is the first time that the characterization and enzymatic activities of bacteria associated with the intestinal tract of farmed seahorses have been reported.  相似文献   

毛竹(Phyllostachys edulis)PheGT8和PheGT16基因的克隆与表达分析     

高红艳  刘俊  宋笑龙  孔波  李雪平 《分子植物育种》2020,(9):2842-2851

三螺旋转录因子在植物响应非生物胁迫过程中具有潜在的作用。本研究通过对毛竹(Phyllostachys edulis)中2个三螺旋转录因子基因进行生物信息学分析,并对其在不同胁迫条件下的表达水平进行研究,初步解析毛竹三螺旋转录因子基因的功能。本研究克隆得到2个毛竹三螺旋转录因子基因PheGT8和PheGT16,发现这两个基因在低温、干旱、盐胁迫以及脱落酸(abscisic acid,ABA)、吲哚-3-乙酸(indole-3-acetic acid,IAA)、水杨酸(salicylic acid,SA)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理时,表达均呈现了不同程度的上调或下调,表明这两个基因参与了毛竹应对非生物胁迫的应答过程,具有潜在的调控作用。  相似文献   

金莲花绿变植原体的分子鉴定     

王蓉  陈炳蔚  李勇  刘琨  王天佑  丁万隆 《植物保护》2020,46(3):152-156

本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)片段和rp基因(1 240 bp)片段。序列分析发现,获得的16S rDNA和rp基因片段与洋葱黄化植原体Onion yellows phytoplasma(GenBank登录号:AP006628)的相似度最高,分别为99.9%和99.3%,确定金莲花绿变病的病原为植原体,暂命名为金莲花绿变植原体Trollius chinensis virescence phytoplasma。对金莲花绿变植原体的16S rDNA进行虚拟RFLP分析,发现其酶切图谱与16SrⅠ-B亚组的洋葱黄化植原体的参照图谱完全一致,相似系数1.00。16S rDNA和rp基因的系统发育进化树显示,金莲花绿变植原体与16SrⅠ-B亚组的植原体聚为一支,属于植原体16S rⅠ-B亚组。  相似文献   

山羊单增李斯特杆菌病的诊断与防治     

唐慕德  温宇婷  吴青青  阿依江&#  阿比提  伍钢  KASSIM ALI BAKAR  邓秋纯  刘犇  郑文亚 《中国畜牧兽医》2018,45(10):2951-2959

赣西某养殖场山羊出现转圈运动等神经症状、单侧眼睛失明和呼吸困难，导致近20只山羊死亡。为确定病原菌并进行有效的防治，对送检的3只病死羊进行病理剖检，并采集肝脏、脾脏和脑组织进行病原菌的纯化培养、LB二次增菌选择性分离培养、革兰氏染色、生化试验和16S rRNA测序分析；为确定病原菌致病力，进行小鼠和家兔的动物回归试验；选用头孢唑啉、头孢曲松钠、青霉素、万古霉素等30种抗菌药进行病原菌的体外抑菌试验。结果显示，从两只病羊的脑组织中分离得到两株革兰氏阳性细菌，生化试验、16S rRNA序列测定、动物回归试验确认分离菌为单增李斯特杆菌，二者高度同源（100.0%），与多株李氏杆菌同源性均高达99%以上，且对小鼠和家兔均有较强的致病力。该分离菌对头孢唑啉、哌拉西林、羧苄西林、四环素、多西环素、麦迪霉素、红霉素、万古霉素和氯霉素高度敏感，但对第2、3代头孢菌素类抗生素、苯唑西林、复方新诺明等抗菌药耐药。该养殖场应参考药敏试验结果采取综合防治措施，从而保障山羊及其肉制品的食品安全。  相似文献   

The intestinal microbiome of an Indo-Pacific humpback dolphin (Sousa chinensis) stranded near the Pearl River Estuary,China     

Xiaoling WAN  Jia LI  Zhaolong CHENG  Mengxue AO  Renmao TIAN  Richard William MCLAUGHLIN  Jinsong ZHENG  Ding WANG 《Integrative zoology》2021,16(3):287-299

The mammalian intestinal microbiome is critical for host health and disease resistance. However, the cetacean intestinal microbiota remains relatively unexplored. By using high-throughput 16S rRNA gene sequencing, we analyzed intestinal bacterial samples from an Indo-pacific humpback dolphin (Sousa chinensis) stranded near the Pearl River Estuary in China. The samples included 3 anatomical regions (foregut, midgut, and rectum) and 2 anatomical locations (content and mucus). Our analyses revealed that the dolphin intestinal bacteria contained 139 operational taxonomic units (OTUs), dominated at the phyla level by Firmicutes (47.05% in the content; 94.77% in the mucus), followed by Bacteroidetes (23.63% in the content; 1.58% in the mucus) and Gammaproteobacteria (14.82% in the content; 2.05% in the mucus). The intestinal bacteria had a small core community (15 OTUs, accounting for 99.74% of the reads), some of which could be potentially pathogenic to both human and dolphins. As an alternative to sampling the dolphin intestinal bacteria, fecal sampling could be used. Additionally, function potentials such as, xenobiotics biodegradation, beta-lactam resistance, and human disease-related pathways, were detected in the dolphin intestinal bacteria. These findings provide the first baseline knowledge of the intestinal microbiome of the Indo-Pacific humpback dolphin, which may offer new insights into cetacean conservation by using microbial surveillance.  相似文献   

BtR05的鉴定及其对朱砂叶螨的毒力测定     

赵晓燕  李纪顺  周红姿  张新建  王贻莲  魏艳丽  杨合同 《福建农林大学学报(自然科学版)》2011,40(4):341-345

对山东省应用微生物重点实验室分离保存的苏云金芽孢杆菌BtR05进行了16S rDNA序列分析,结合菌落形态、生理生化特征研究,将其鉴定为苏云金芽孢杆菌属.通过与已知的苏云金芽孢杆菌29个亚种间的生理生化特征进行比较,鉴定BtR05为苏云金芽孢杆菌达姆斯特亚种(Bacillus thuringiensis subsp.d...  相似文献   

内蒙古荒漠生物结皮细菌的分离、鉴定     

刘柯澜  冯福应 《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》2011,32(3):203-206

采用PGY - BG11生物结皮细菌培养基,运用传统培养方法从内蒙古浑善达克沙地、毛乌素沙地的生物结皮中分别分离到21株和12株细菌.采用16Sr - DNA测序分析方法进行菌种鉴定,得出两地的优势菌均为链霉菌属,并根据RDP在线程序Classifier浑善达克沙地、毛乌素沙地生物结皮可培养细菌归类.与采用分子生物学方...  相似文献   

一株弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及致病性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

石征宇  易弋  黄德生  罗福广  黄杰  鲁晶娣  黎娅 《中国畜牧兽医》2018,45(2):479-485

为确定导致罗非鱼患病的原因，本试验对濒临死亡的罗非鱼进行无菌解剖，从心脏部位分离得到1株细菌，通过形态学观察、生理生化鉴定和16S rDNA分析，确定菌株为弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）。药敏试验结果显示，该菌株具有很强的多重耐药性，测试的20种药物中，该菌株对恩诺沙星、青霉素等13种药物具有完全耐药性，仅对头孢曲松、头孢他啶、头孢拉定、哌拉西林、舒巴坦5种药物敏感。人工感染试验结果显示，该菌对草鱼、黄颡鱼、罗非鱼、禾花鲤具有较强的致病性。本试验结果阐明了罗非鱼患病的原因，同时在养殖过程中可指导养殖户合理用药。  相似文献