线粒体COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用     

梁宏伟  孟彦  罗相忠  李忠  邹桂伟 《中国水产科学》2018,25(4):772-782

为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。  相似文献   

中国对虾生物量评估的环境DNA检测技术 的建立及优化   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

李苗  单秀娟  王伟继  吕丁  戴芳群  丁小松  吴欢欢 《渔业科学进展》2019,40(1):12-19

近年来,环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速,在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而,很少有研究专门评价e DNA技术操作流程中不同的eDNA富集方法与提取方法对研究结果的影响,从而针对具体研究对象建立一套最佳的eDNA技术操作流程。此外,由于物种间生活习性的差异,不同物种释放到环境中的DNA量及DNA片段大小不同,因而,针对不同研究对象需采用不同的eDNA富集与提取方法。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,采用滤膜法富集eDNA,结合血液与组织DNA提取试剂盒提取e DNA。选取直径为47 mm的玻璃纤维膜、硝酸纤维膜、聚碳酸酯膜、尼龙膜共4种材质的滤膜,每种滤膜根据其孔径大小设置0.45、0.8、1.2、5μm共4个梯度,取样水量设置500 ml、1 L、2 L共3个梯度。结果显示,滤膜材质、滤膜孔径大小及取样水体体积均对中国对虾的定性与定量分析具有一定的影响,其中,0.45μm的玻璃纤维滤膜过滤2 L水样能够检测到的DNA拷贝数最多,并依据此建立了一套中国对虾e DNA技术的操作流程,提高了中国对虾的检出率,为后续中国对虾的分布监测及生物量评估提供了基础。  相似文献   

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

荣朝振  祖国掌  胡建华  孙守旗  孙棠丽 《南方水产》2011,7(5):55-62

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。  相似文献   

DNA芯片技术及其应用     

吴昀卓 《畜禽业》2005,(11):20-21

本文介绍了DNA芯片技术的基本过程,主要包括DNA芯片的制备、样品的制备及与探针的杂交、杂交结果的检测与读出。还介绍了其应用前景及目前存在的一些问题。  相似文献   

刺参响应灿烂弧菌侵染的基因组DNA甲基化水平和转录组差异及其关联分析          下载免费PDF全文

李欣容  廖梅杰  李彬  荣小军  畅孟阳  王印庚  于永翔  张正  范瑞用  刘清兵 《渔业科学进展》2022,43(3):176-185

为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。  相似文献   

无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗的制备及免疫效果评价     

王蓓  李桂欢  鲁义善  汤菊芬  吴灶和  简纪常 《水产学报》2014,38(11):1926-1936

为了研究无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗对罗非鱼链球菌病的免疫保护作用,本研究通过PCR和重叠延伸拼接技术(SOEing)获得融合基因Sip-GAPDH,连接至真核表达载体pcDNA3.1(+)制备DNA疫苗,通过背鳍肌肉注射方式免疫吉富罗非鱼,免疫后第7、28天取样,采用PCR及RT-PCR方法检测pcDNA-Sip-GAPDH在各个组织(包括肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏)中的表达情况。采用ELISA、Real-time PCR法和体外攻毒法分别分析各实验组不同时间血清抗体效价、免疫基因(IgM、IL-1β和CD8)表达变化规律和相对保护率,研究该嵌合性疫苗对吉富罗非鱼的保护效果。结果显示,实验组在免疫接种第7和第28天时,注射点周围的肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏均能检测到嵌合性质粒,实验组罗非鱼血清抗体效价均高于对照组并于21 d时达到峰值(1∶4 096);qPCR数据表明,实验组鱼体胸腺、头肾和脾脏的IgM、IL-1β和CD8基因的mRNA表达量均出现了上调,并且在胸腺、头肾和脾脏中的表达量分别在免疫后第12和第48 h达到峰值;免疫后42 d进行人工攻毒后计算免疫保护率为93.3%。以上研究结果表明,本研究构建的无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗在罗非鱼链球菌病防治中具有潜在的应用价值。  相似文献   

Inheritance mode of microsatellite DNA markers and their use for kinship estimation in kuruma prawn Penaeus japonicus   总被引：8，自引：0，他引：8  

TAKUMA  SUGAYA  MINORU  IKEDA  HIDESHI  MORI  NOBUHIKO  TANIGUCHI 《Fisheries Science》2002,68(2):299-305

The allelic inheritance mode of microsatellite DNA markers was examined using seven copulated wild females and their offspring. Five microsatellite loci, CSPJ002 *, CSPJ010 *, CSPJ012 *, CSPJ014 *, and CSPJ015 *, were used in the study. At almost all family/locus combinations, one sire was determined and distributions of genotypes in offspring were consistent with the Mendelian segregation ratio. Distributions of genotypes were consistent with the ratio after assuming a null allele at some loci. Consequently, the alleles of CSPJ002 * and CSPJ012 * were inherited following the Mendelian inheritance mode in every family; however, the null allele was expected in CSPJ010 *, CSPJ014 *, and CSPJ015 * in some families. Thus, these loci should be used carefully in population genetic analysis, but siblings could be detected in the dendrograms based on unweighted pair-group method using arithmetic averages (UPMGA).  相似文献   

尼罗非鲫和奥利亚非鲫线粒体DNA遗传差异的研究   总被引：7，自引：0，他引：7       下载免费PDF全文

曹萤 《水产学报》1997,21(4)

以酶切MitochondrialDNA（mtDNA）技术检测了尼罗非鲫和奥利亚非鲫的mtDNA。测得两种鱼线粒体基因组的大小都约为16．83kb。在使用的6种酶中，只有PvuⅡ在所检测的15尾尼罗非鲫mtDNA上产生了多态片段，3尾鱼的mtDNA产生了4个片段，12尾鱼的mtDNA产生3个片段。而6种酶在所有15尾奥利亚非鲫中均未检到多态片段。比较两种鱼的mtDNA酶切片段，仅PvuⅡ的酶切结果有所不同，尼罗非鲫mtDNA上有3个或4个PvuⅡ位点，但奥利亚非鲫mtDNA上有5个位点，因此，PvuⅡ的酶切位点可作为鉴别它们的分子遗传标记。  相似文献   

RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性   总被引：11，自引：2，他引：11       下载免费PDF全文

华丹 《水产学报》2003,27(6):540-544

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。  相似文献   

罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建     

宋红梅  白俊杰  叶星  全英春  李胜杰 《水产学报》2009,33(3):357-363

采用微卫星DNA指纹图谱技术对奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼进行品种鉴定和遗传多样性分析。从103对罗非鱼微卫星引物中筛选出82对多态性高、带型清晰稳定的引物,用这 82对引物检测3种罗非鱼的遗传结构,共检测到605个等位基因,平均等位基因数7.37个,数据经Popgen32计算和EXCEL工具作图,构建3种罗非鱼的DNA指纹数据库,并绘制了DNA指纹图谱模式图。结果显示,奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.179 6、0.530 1和0.312 2,平均期望杂合度分别为0.203 2、0.678 6和0.291 3,平均多态信息含量分别为0.075 4、0.608 3和0.152 8,由此可见,尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低。同时筛选得到16对具特异性条带的核心引物组合可将3种罗非鱼完全区分,每个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出独有的条带,从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来,将16对特异引物的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹,可以方便地应用于罗非鱼及其杂交种的鉴定研究。为解决罗非鱼品种混杂遗传渐渗问题和保护罗非鱼种质资源提供技术支撑。  相似文献