鸭痘病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立     

曹慧慧  孙文超  郑敏  韦显凯  苏姣秀  梁晟  郑列丰  李军  刘棋 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2560-2566

为建立检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,本试验克隆了鸭痘病毒P4b基因,构建重组质粒pMD-DPV-P4b,并将其作为标准阳性模板。参照GenBank收录的禽痘病毒P4b基因设计合成1对特异性引物及与该引物相匹配的特异探针。以定量的10倍系列稀释的质粒pMD-DPV-P4b为标准品,通过对反应条件进行优化,建立了一种检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,该方法与禽流感病毒、鸭黄病毒、鸭肝炎病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒和小鹅瘟病毒等其他水禽病毒,以及山羊痘病毒和鸡痘病毒等其他痘病毒均无交叉反应,特异性好。该方法最低检测限为1.29×10²拷贝/μL,比普通PCR检测方法高100倍。组内和组间变异系数均小于2%。结果表明,本试验所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适用于鸭痘病毒的检测。  相似文献   

番茄细菌性叶斑病菌超分支滚环扩增快速检测技术   总被引：1，自引：0，他引：1  

王念武  王婷  沈建国  胡方平 《植物保护》2014,40(2):90-94

根据番茄细菌性叶斑病菌(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的一段特异蛋白基因序列,按照锁式探针的设计原理设计探针和扩增引物,优化系列反应条件,建立了特异性的Pst超分支滚环扩增技术。试验结果表明：该检测技术能够从供试的10种不同的病原菌中特异性地检测出番茄细菌性叶斑病菌,DNA检测的最低浓度为500 fg/μL,检测灵敏度高于常规PCR。  相似文献   

甘薯褪绿矮化病毒西非株系实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用     

王丽  王振东  乔奇  秦艳红  张德胜  田雨婷  王爽  张立军  张振臣 《植物病理学报》2014,44(5):461-468

 依据GenBank中登录的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(WA)的核苷酸序列,分别设计两对特异性引物和一条TaqMan探针。以SPCSV-WA外壳蛋白(cp)基因的重组质粒为阳性标准质粒绘制标准曲线,通过优化反应体系和反应条件,建立了SPCSV-WA的实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明,该方法只能检测到目的病毒,标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.239和1,扩增效率为103.568%。最低可检测到约3.31 copies/μL的阳性质粒,灵敏度比常规PCR高1 000倍。本研究建立的SPCSV实时荧光定量PCR方法可用于田间样品的检测,为SPCSV的早期预警和流行学研究提供了技术手段。  相似文献   

兰花褐斑病菌实时荧光PCR检测   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁翠珍  赵文军  寸东义  陈红运  朱水芳 《植物病理学报》2010,40(3):235-241

兰花褐斑病菌(Acidovorax avenaesubsp.cattleyae)是兰花上一种重要进境检疫性有害生物,可通过植株和种子远距离传播,其传染性强,对兰花危害性大。根据核糖体ITS序列设计了TaqMan-MGB探针并建立了实时荧光PCR检测方法。该方法能够特异性检测兰花褐斑病菌,所有供试的目标菌株检测结果均为阳性,而其它28个对照菌株(含同属内其它种及avenae种下其它亚种)均为阴性。利用该方法从发病兰花植株总DNA中检测到该病菌。本方法灵敏度高,检测极限达9×10-9μg DNA,操作方便快速,结果可靠,适合于口岸兰花的进出境检疫及兰花种苗健康质量控制。  相似文献   

玫瑰黄链霉菌Men-myco-93-63 nsdA_(mgh)基因的验证     

沈凤英  吴伟刚  冀红柳  李亚宁  刘大群 《河南农业科学》2010,(3)

玫瑰黄链霉菌(Streptomyces roseoflavus)Men-myco-93-63是分离自马铃薯疮痂病自然衰退土壤中的一株拮抗菌。该菌株及其发酵液对棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae)等多种重要的植物病原真菌都具有较强的抑制作用。nsdA(negative regulator of Streptomyces differentiation)基因是从天蓝色链霉菌中发现的与抗生素合成相关的负调控基因。根据天蓝色链霉菌A3(2)的序列设计引物,PCR扩增出Men-myco-93-63nsdAmgh基因,经斑点杂交法验证,nsdAmgh确实在该生防菌中存在。该基因的发现有助于进一步了解该生防菌产生抗生素调节的分子机制,也为抗生素高产菌株的获得提供了新的靶标。  相似文献   

Taqman-MGB探针在毒麦鉴定上的应用     

吴申懋  邓志瑞  陈沁  傅怡宁  薛华杰  印丽萍 《植物检疫》2016,(1):40-43

本研究对毒麦及其近似种的ITS2序列进行扩增测序,根据序列比对得到的多态性位点设计特异性引物及Taqman-MGB探针,建立Real-time PCR检测毒麦的方法;同时对该方法的特异性、灵敏度、重复性进行评估。结果表明:该方法检测灵敏度能达到5×10-3 ng/μL,对其他黑麦草属样品检测结果均为阴性。本研究为毒麦样品的快速、准确检测奠定了基础。  相似文献   

TaqMan探针实时荧光PCR快速检测苹果牛眼果腐病菌方法的建立     

林惠娇  王卫芳  易建平  胡学难  何日荣  蒋湘 《植物检疫》2016,(2):55-62

苹果牛眼果腐病菌(Neofabraea malicorticis、N.perennans、N.alba和N.kienholzii)是我国检疫性植物病原真菌,为建立该病菌的实时荧光PCR检测法,根据病菌及其近缘种的翻译延伸因子(EF-1α)的保守序列设计了特异性探针,分别以苹果牛眼果腐病菌菌株和本研究构建的EF-1α重组质粒DNA为阳性标准品检验探针的特异性和灵敏度。结果显示探针MAL-P、PER-P、ALB-P和KIE-P分别对N.malicorticis、N.perennans、N.alba和N.kienholzii表现特异性阳性扩增,而与近缘种及其他常见的果腐病菌无交叉反应,单重探针和4种探针混合液的灵敏度分别达1 fg/μL和10 fg/μL DNA。总计从美国、智利、新西兰、法国进境截获的29批可疑病果的分离物中检测到PCR阳性荧光信号,包括20批N.perennans、8批N.alba和1批N.kienholzii。该方法在6 h内即可完成整个检测流程,其特异性强、灵敏度高,适用于实际样品中苹果牛眼果腐病菌的快速检测。  相似文献   

尾巨桉液流密度动态及其影响因子分析     

任世奇  邓紫宇  郭东强  卢翠香  项东云  肖文发 《福建林学院学报》2016,(1):1-7

采用热扩散树干液流仪监测树干液流,自动气象站同步监测环境因子,研究尾巨桉不同季节液流密度日变化、液流密度日均值和月均值的季节变化及其主导环境影响因子。结果表明,尾巨桉单木液流密度日变化呈现昼高夜低的典型单峰变化规律;不同季节液流密度日变化差异较大,主要表现在液流密度启动并迅速增加时刻、液流密度峰值及到达时刻、白天液流持续时间和液流密度降低并保持微弱时刻;液流密度的季节动态总体表现为春季和夏季最大,秋季其次,冬季最小。光合有效辐射和水汽压亏缺是影响尾巨桉液流密度的主导因子,但研究地区土壤含水率不是限制液流密度的主要因子。以光合有效辐射和水汽压亏缺为自变量拟合的线性回归方程可用于估算尾巨桉液流密度瞬时值,为估算液流通量奠定基础。  相似文献   

尾巨桉树干液流动态及其影响因子分析1）     

王志超  杜阿朋 《东北林业大学学报》2016,(5):24-28

为了正确认识桉树的耗水规律,利用热扩散探针法对2～3年生尾巨桉树干液流进行连续监测,分析其动态特征,并利用自动气象站同步测定林分气象条件,分析各气象因子与液流的关系。结果表明：2～3年生尾巨桉树干液流白天变化幅度较大,呈单峰曲线,占全天液流量的85％以上,变化特征与4年生尾巨桉相似,日平均树干液流密度为5．06 mL· h－1· cm－2较4～6年生尾巨桉日平均液流密度大,夜间液流曲线平坦且较弱,夜晚平均树干液流密度为1．79 mL· h－1· cm－2是4年生的3．8倍。不同月份间晴天的树干液流特征存在较大差异。不同天气条件下,晴天的液流启动时间最早（7：00）,达到峰值所需时间最短（4．5 h）,且液流峰值最大（18．47 mL· h－1· cm－2）,持续时间最长,日液流量也最大;其次是阴天,最后为雨天。2～3年生尾巨桉树干液流密度与大气温度、风速、太阳辐射、光合有效辐射以及水汽压亏缺呈极显著正相关（P＜0．01）,与空气湿度呈极显著负相关（P＜0．01）,相关系数分别为0．468、0．127、0．903、0．909、0．778、－0．626,这与4年生尾巨桉影响因子略有不同;日耗水量与大气温度、太阳辐射、光合有效辐射和水汽压亏缺呈极显著正相关（P＜0．01）,与空气湿度呈显著负相关（P＜0．05）,相关系数分别为0．489、0．489、0．523、0．408、－0．184。  相似文献   

利用SLAF-seq技术开发新寡核苷酸探针鉴定小麦背景中的黑麦染色体     

《四川农业大学学报》2016,(4):402-405

【目的】通过荧光原位杂交(FISH)技术能有效地检测小麦背景中的黑麦染色体,进一步发现利用寡核苷酸探针和非变性FISH(ND-FISH)技术可以提高黑麦染色体的检测效率。【方法】通过借助SLAF-seq(specific length amplified fragment sequencing)和生物信息学方法开发寡核苷酸探针。【结果】开发了3种新的寡核苷酸探针Oligo-2874、Oligo-5296和Oligo-9965,它们可用于ND-FISH分析。通过与小麦背景中的黑麦染色体端部和亚端部特异杂交,从而达到识别黑麦染色体的目的。【结论】这些寡核苷酸探针可以用于快速高效地鉴定小麦背景中的黑麦染色体,丰富了小麦-黑麦杂交后代FISH分析的探针源。研究结果也表明SLAF-seq技术可以用来开发小麦近缘种属特异的重复序列FISH分析探针。  相似文献