广东省主要红树林植物DNA条形码评价     

武锋  裴男才  廖宝文  管伟  姜仲茂  李玫 《东北林业大学学报》2020,(4):42-49

为评估DNA条形码对鉴定红树林植物的通用性和有效性,在广东红树林分布区域共计采集红树林植物16科22属23种,共144个样品,并进行DNA条形码测序。结果表明:选择的rbcL、matK和trnH-psbA 3个DNA片段的PCR扩增成功率分别为100%、80.29%±8.49%、99.38%±1.25%。测序成果率最高为rbcL 100%,trnH-psbA次之94.57%±5.06%,matK最低75.04%±6.26%。表明rbcL和trnH-psbA片段在红树林群落中都具有较好的通用性。应用BLAST和NJ Tree两种方法计算红树植物的物种识别率。BLAST结果表明,单片段中trnH-psbA的物种识别率最高,为84.48%±12.09%,rbcL次之,matK最低。NJ Tree分析显示单片段中rbcL的物种识别率最高,为66.65%±17.35%;trnH-psbA片段次之,matK片段最低。两张分析方法都显示多个片段组合使用时,rbcL或trnH-psbA是提高物种平均识别率的主要片段。利用单片段rbcL即可获得平均节点支持率最高的红树植物系统发育树,且能准确区分不同树种。trnH-psbA片段可以识别rbcL片段不能识别的物种,可以作为补充片段。综合比较,推荐rbcL、trnH-psbA作为红树林植物DNA条形码片段。  相似文献   

入侵性食叶害虫椰子织蛾的单倍型多样性分析     

李优佳  杨帆  吕宝乾  何荣晓  蔡波 《华南农业大学学报》2020,41(4):76-81

【目的】分析危害棕榈科Palmae植物的一种重要入侵食叶害虫椰子织蛾Opisina arenosella单倍型在原产地和入侵地的分布特点,揭示椰子织蛾入侵我国的虫源信息。【方法】利用线粒体COI基因分析16个地理种群共计172个样本,比较椰子织蛾印度种群和入侵地(中国、马来西亚和泰国)种群的遗传关系。【结果】片段长度为625 bp的172条序列共鉴定出12个单倍型,包含15个变异位点,构成2个明显的单倍型分支,其中一个分支由11个单倍型(IN1～IN11)组成,均来自印度种群,单倍型IN1是6个印度种群的共享单倍型,IN2～IN11为独享单倍型;另一个分支为单倍型HAP,由来自中国、马来西亚和泰国的种群共享;HAP与11个来自印度的单倍型IN1～IN11均存在4个变异位点。【结论】入侵地区的椰子织蛾种群来自同一基因型或者具有相同的入侵源;椰子织蛾种群入侵后受环境选择压力,在新栖息地产生新的突变或杂交。  相似文献   

基于SNP标记的爆裂玉米农家品种遗传多样性     

曾艳华  谢和霞  江禹奉  周锦国  谢小东  周海宇  谭贤杰  覃兰秋  程伟东 《作物杂志》2020,36(5):65-91

为了评价广西爆裂玉米农家品种的遗传多样性,利用56K SNP芯片技术对中国广西45个爆裂玉米农家品种、中国2个爆裂玉米杂交种和6个南美爆裂玉米种质进行全基因组扫描,获得多态性标记14 338个,基因分型为6 种类型。其中A/G类型最多,为5 805个;A/T类型最少,为149个。1号染色体的多态性SNP位点最多,为2 302个;10号染色体最少,为848个。45个农家品种间平均遗传相似系数为0.62,变幅为0.41~0.99,总体遗传相似度高。聚类分析将参试品种划分为三大类群,相同来源的农家品种大多聚在一起;主成分分析显示大部分农家品种聚在一起,与杂交品种和南美品种之间没有交集,表明农家品种遗传相似性较高,与杂交品种和南美品种遗传差异较大。  相似文献   

树上干杏指纹图谱构建与亲缘关系研究初探     

丛桂芝  王瑾  陈淑英  石游  陶俊  阿布地萨拉木·艾尼外尔  许正 《农学学报》2021,11(1):51-56

为进一步探究树上干杏亲缘关系,本研究利用SSR分子标记引物技术,通过PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对树上干杏等9个杏品种(类型)的18对SSR多态性引物进行鉴定,获得DNA指纹图谱,从DNA水平鉴定伊犁树上干杏品种与其他杏品种(类型)之间的亲缘关系远近.对各杏品种(类型)间亲缘关系进行聚类分析,结果表明:杏1(...  相似文献   

安徽省草鱼养殖群体遗传多样性及遗传结构分析     

汪焕  江河  段国庆  周华兴  胡玉婷  凌俊  潘庭双  陈小雷 《安徽农业大学学报》2020,47(1):25

通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。  相似文献   

不同保存方法对光皮桦总DNA提取效果的影响   总被引：10，自引：0，他引：10  

李志真  谢一青  黄儒珠  黄勇  陈杰 《分子植物育种》2006,4(1):131-134

光皮桦是一种顽拗类植物,其鲜叶组织中富含酚类、糖类及其他次生代谢物。这些物质很容易使鲜叶发生褐变,从而严重影响植物基因组DNA的提取质量。本文以新鲜嫩叶为对照,比较了-20℃冷藏、硅胶干燥、改进的饱和NaCl-CTAB溶液保存和核分离缓冲液固定4种鲜叶保存方法对提取光皮桦基因组总DNA效果的影响,寻找最佳的光皮桦嫩叶保存方法。并以提取的核酸得率、纯度、片段分布情况、是否含有PCR反应抑制剂等指标来评价其保存效果。结果表明:-20℃冷藏的样品未能提到DNA;新鲜样品、改进的饱和NaCl-CTAB溶液保存和核分离缓冲液保存的样品均提到纯度较好的DNA,大小在48Kb左右,得率为400!g/g鲜叶左右,并获得条带清晰、多态性好的PCR扩增图谱;用硅胶干燥保存的样品也能提到DNA,但得率低,为51.2!g/g鲜叶,且未获得条带完整、清晰的PCR扩增图谱。  相似文献   

茶树DNA去甲基化酶基因的全基因组鉴定及表达分析     

陈瑶  张伟富  任恒泽  熊飞  张豪杰  姚利娜  刘莹  王璐  王新超  杨亚军  郝心愿 《茶叶科学》2021,41(1):28-39

DNA去甲基化酶(dMTase)是主动去甲基化过程中具有糖基化酶和脱嘌呤裂合酶活性的双功能酶.基于茶树基因组数据,本研究利用生物信息学方法对茶树DNA去甲基化酶(CsdMTase)编码基因进行了全面鉴定和序列分析.全基因组鉴定结果表明,舒茶早基因组中包含4个CsdMTases,系统进化分析将CsdMTases分为DME...  相似文献   

RAPD分析中大豆基因组DNA的快速制备   总被引：2，自引：0，他引：2  

苏颖  王鼐  王江红  赵洪锟  郭中校  董英山 《吉林农业科学》2006,31(3):35-37

提出一种简便、实用的DNA提取方法,DNA得率可达到80μg/g,所得DNA样品的OD260/OD280值在1.8以上,且不含PCR反应抑制剂,RAPD扩增结果良好,该方法提取的DNA产量和质量均能够满足基因工程操作的要求。  相似文献   

猕猴桃溃疡病菌biovar 3群体MLVA分型技术的建立与应用     

赵志博  杜淑凤  李月  杨文  樊荣  王勇  龙友华 《植物病理学报》2019,49(4):445-455

 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种生物型3(Pseudomonas syringae pv. actinidiae biovar 3,Psa3)是猕猴桃溃疡病菌的世界流行群体,但仅在中国存在复杂的遗传多样性。开发适于Psa3群体分型的MLVA(multilocus variable-number tandem-repeat analysis)技术是探索中国Psa3起源与流行学特性的基础。本研究对7个Psa3菌株进行了全基因组测序,结合已公布的86个全基因组数据,进行比较分析发现,中国Psa3至少存在7个亚群;在各亚群间存在多态性的24个串联重复序列中,其中10个可以通过琼脂糖凝胶电泳区分开且变异指数合适,据此建立了适于Psa3的MLVA技术。采用该技术对分别来自贵州和陕西的62和9个Psa3菌株进行群体分型,分型结果与全基因组分析高度一致,证明该MLVA体系分型准确。MLVA分型结果表明:贵州主产区修文县Psa3有3个MLVA群体,其中亚群4的组内分化明显,代表最早发生的群体;而亚群 1和3的结构单一,且多在新果园发现,是新传入群体。总之,本研究建立了一套可用于Psa3群体分型的MLVA技术,将有助于解析中国各猕猴桃产区Psa3群体结构,以及探索中国Psa3的起源、传播和流行学特征。  相似文献   

核桃叶片基因组DNA的4种提取方法比较   总被引：2，自引：0，他引：2  

韩继成  徐平  李春敏  陈湖  张新忠 《河北农业科学》2007,11(1):68-71

以核桃叶片为材料,比较了高盐低pH法、SDS法、改良CTAB法和适合酚类、多糖类物质较多的植物DNA提取法提取基因组DNA的效果;通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计、RAPD、ISSR等方法进行PCR扩增和用EcoRI、PstI内切酶酶切对所提取的DNA样品进行检测,比较所得DNA的产量和质量.结果表明,4种提取方法从叶片中得到的DNA产量和质量有所不同,其中酚类、多糖类物质较多的植物DNA提取法产量最高,纯度适中.4种方法提取的DNA对以后的PCR和酶切均没有影响.  相似文献