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101.
应用马铃薯晚疫病水平抗性相关的1 009条表达序列标签(ESTs)所制备的cDNA微阵列和荧光信号Cy3,Cy5杂交系统,通过同一样品RNA的自身比较试验及与不同样品RNA的差异分析试验,对该技术的重复性和可靠性进行了验证分析。结果表明,在自身比较试验中,芯片杂交的假阳性率仅为0.79%,相关系数高达0.981 1;在差异分析试验中,同向标记、正反向标记、同一芯片内2个重复杂交结果的相关系数分别为0.966 0,0.889 5,0.980 2。研究结果证实,cDNA芯片技术具有高度的可靠性,可以鉴定出显著差异表达基因,并构建高质量的基因表达数据库,通过3次生物学重复和2次技术重复试验(采用正、反向标记)即可克服绝大部分试验误差。 相似文献
102.
103.
Differential expression of microRNAs in bovine papillomavirus type 1 transformed equine cells 
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下载免费PDF全文 N. Terron‐Canedo W. Weir L. Nicolson C. Britton L. Nasir 《Veterinary and comparative oncology》2017,15(3):764-774
Bovine papillomavirus (BPV) types 1 and 2 play an important role in the pathogenesis of equine sarcoids (ES), the most common cutaneous tumour affecting horses. MicroRNAs (miRNAs), small non‐coding RNAs that regulate essential biological and cellular processes, have been found dysregulated in a wide range of tumours. The aim of this study was to identify miRNAs associated with ES. Differential expression of miRNAs was assessed in control equine fibroblasts (EqPalFs) and EqPalFs transformed with the BPV‐1 genome (S6‐2 cells). Using a commercially available miRNA microarray, 492 mature miRNAs were interrogated. In total, 206 mature miRNAs were differentially expressed in EqPalFs compared with S6‐2 cells. Aberrant expression of these miRNAs in S6‐2 cells can be attributed to the presence of BPV‐1 genomes. Furthermore, we confirm the presence of 124 miRNAs previously computationally predicted in the horse. Our data supports the involvement of miRNAs in the pathogenesis of ES. 相似文献
104.
在水稻(Oryza sativa L.)两系核不育研究过程中,用S1325(母本,籼粳杂交偏籼材料)与9663-1(父本,粳型材料)杂交,在其杂交后代F_4中出现不育株,不育株花粉镜检为典败、套袋自交结实率为0,与同株系可育株杂交,其F_1可育株与不育株出现1∶1分离,与三系保持系杂交,其F_1结实正常,结实性表现完全恢复,不育株再生苗经21℃冷水处理,其花粉育性恢复正常并可正常结实,由此确定该不育株为两系不育株;又对双亲及其后代不育株进行6 K水稻全基因组芯片分析,排除不育株是来自外来花粉串粉的可能性,由此推测籼粳杂交后代可以产生新的两系核不育株。这是关于籼粳杂交可以创造新两系不育系的首次报道。 相似文献
105.
干旱胁迫下大豆幼苗根系基因的表达谱分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】了解干旱胁迫下大豆幼苗根系的抗旱机制。【方法】利用基因芯片技术,分析在不同干旱胁迫时间下强抗旱品种晋豆23幼苗根部基因的表达情况。【结果】获得了61171个大豆根系基因的差异表达动态图谱。在不同干旱胁迫时间下根部基因的表达发生变化,3个时间点下,下调表达的基因数量均多于上调表达的基因数量。同时对杂交数据进行多种聚类分析。利用实时荧光定量PCR验证4个基因在干旱胁迫条件下的差异表达,其结果和芯片杂交分析的结果基本一致。【结论】初步建立了大豆幼苗根系干旱胁迫应答基因的动态表达谱,并通过其动态表达了解植物与逆境的互作机制,比较全面地获得了干旱胁迫应答基因,从而更完整地揭示了大豆干旱胁迫应答基因的表达情况。 相似文献
106.
家蚕成虫雌雄差异的基因表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
研究家蚕成虫雌雄差异的基因表达,可为探究家蚕以及鳞翅目昆虫雌雄差异的分子机制提供线索。利用家蚕全基因组芯片检测家蚕成虫雌雄差异基因表达谱,并采用聚类及功能注释对芯片检测结果进行分析。结果显示有11677个基因在家蚕成虫中表达,其中有3312个基因在雄性个体表达上调,4254个在雌性个体表达上调。雌雄个体中表达上调基因的GO分类比较显示这2类基因在分子伴侣调控、电子载体等功能方面差异较大。在雌雄差异基因的功能注释中发现了与性腺特异性、发育繁殖及选择拼接因子等相关的基因。家蚕成虫存在的与雌雄个体特异相关的差异表达基因,可作为家蚕雌雄个体性别相关的生物遗传学标志。 相似文献
107.
猪胸膜肺炎放线杆菌、肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌联合检测芯片的研制及应用 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究旨在建立联合检测胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌的DNA芯片.用7个从3种病菌基因组中扩增出的不同特异性靶DNA制作基因芯片,并对芯片的靶DNA和探针浓度、杂交温度、重复性、特异性和灵敏度进行了研究.结果表明,检测芯片的特异性强,能与测试的李氏放线杆菌、猪鼻支原体和副猪嗜血杆菌等9种病原区分;灵敏度高,在50μL标记反应体系中,能检测到10～50 pg基组DNA,芯片可重复利用.用芯片对44株目标菌的不同型标准菌株、分离株和疫苗株进行了检测.其信号值≥1 000,信号噪音比(SNR)≥6.用芯片对45头病猪和97头健康猪的临床样品选择培养物进行了检测,其检出率分别为多杀性巴氏杆菌71.1%和49.5%、胸膜肺炎放线杆菌42.2%和26.8%、猪肺炎支原体20%和22.7%,混合感染率分别为42.2%和24.7%.在检测临床样品时,芯片法与PCR的符合率为97.8%～100%,与分离鉴定法的符合率为87.6%～95.6%.研究表明,研制的芯片特异性强、敏感性高、可重复使用,是一种能有效用于胸膜肺炎放线杆菌、猪多杀性巴氏杆菌和猪肺炎支原体鉴定和联合检测的新工具. 相似文献
108.
A computer algorithm was created to analyze and quantify scanned images from DNA microarray slides developed for detecting pathogenic Escherichia coli isolates recovered from agricultural food products. The algorithm computed centroid locations for signal and background pixel intensities in RGB space and defined a plane perpendicular to the line connecting the centroids as a decision boundary. The algorithm was tested on 1534 potential spot locations which were visually classified depending on the strength of the signal. Three other standard measures of SNR (SSR, SBR, and SSDR) were also performed for each potential spot location. The number of errors as compared to visual classifications was computed for each of the four measures. SSR and SSDR, which depend on pixel intensity standard deviations, performed poorly with high false positive results, while the current algorithm and SBR, which were independent of standard deviations, performed much better. Overall error rates were 1.4% for the reported algorithm, 2.0% for SBR, 14.2% for SSDR, and 16.8% for SSR. 相似文献
109.
110.