西藏牦牛12SrRNA基因全序列测定及系统进化关系          下载免费PDF全文

姜雪鸥  钟金城 《家畜生态学报》2013,34(6):8-12

以西藏11个地区的牦牛类群共计110头为研究对象,采用PCR方法,首次从耳组织总DNA中扩增出了线粒体12SrRNA基因,并进行了序列测定及分析。结果表明,该基因的长962～965bp;序列分析表明12SrRNA基因有较高的进化速率,11个地区的牦牛品种同源性相对较高;对11种类群的牦牛及亚洲水牛、非洲水牛、欧洲野牛和家牛四种牛亚科的12SrRNA基因序列建立NJ和ME分子进化树,结果显示帕里牦牛、斯布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、江达牦牛、工布江达牦牛、康布牦牛与桑日牦牛的亲缘关系最近。  相似文献   

牦牛乳及乳制品、犏牛和黑白花奶牛乳的脂肪酸组成分析     

苟钰姣  丁路明  王玉鹏 《草业科学》2013,30(2):274-280

用气相色谱 质谱联用仪(GC MS)对牦牛乳、黑白花奶牛乳、犏牛乳及牦牛乳制品（奶油、酥油、曲拉、酸奶）中的脂肪酸组成进行了测定。结果表明,牦牛乳中功能性脂肪酸,如共轭亚油酸（CLA）、亚油酸（LA）、α 亚麻酸（ALA）、γ 亚麻酸（GLA）占总脂肪酸的比重均显著高于犏牛乳和黑白花奶牛乳（P＜0.05）;犏牛乳中ω 6/ω 3 PUFA的比值（1.55）略高于牦牛乳（1.54）,差异不显著（P＞0.05）,但都在最佳膳食平衡比值范围内,黑白花奶牛乳中ω 6/ω 3多不饱和脂肪酸（PUFA）的比值（11.33）超过了推荐最佳比值。加工处理能够改变乳制品脂肪酸的构成,如牦牛乳奶油中检测出原奶中所不含的一种亚油酸（18:2Δ8c,11c）。酥油主要以不饱和脂肪酸（UFA）为主,而曲拉主要以饱和脂肪酸（SFA）为主,牦牛酸奶中没有检测到GLA。  相似文献   

线性模型与机器学习模型在牦牛体重预测比较     

巴桑旺堆  平措占堆  朱彦宾  达娃央拉  俄广鑫  周东珂  杨柏高  彭阳洋  郭怡 《现代农业科技》2019,(23)

本研究旨在比较线性回归模型与机器学习模型在利用体尺性状预测体重时的准确性。测定102头革吉那布地区两岁龄牦牛相关体尺性状(体高、体长和胸围)与体重,然后将数据按照不同比例梯度分为训练集和测试集,利用传统的一般线性模型方法和机器学习方法(高斯过程回归、支持向量机)分别构建体尺性状与体重之间的回归预测模型。每个比例均重复5次,将体重的真实值与预测值之间的相关系数均值作为当前比例下的模型准确性结果。结果显示,随着训练集数据的增加,线性回归模型的预测结果较稳定在0.71至0.80之间,而机器学习方法的预测准确性最高达到0.91。故在训练集数据充足的情况下,相比于一般线性模型,利用机器学习方法进行预测具有更高的准确性。  相似文献   

牦牛基因组和转录组研究进展   总被引：1，自引：1，他引：0  

马志杰 《中国农业大学学报》2019,24(7):79-86

为了解牦牛基因组和转录组研究现状,以"牦牛、基因组、转录组和高通量测序"为关键词,对2012—2018年的研究进展进行文献检索。研究发现:在牦牛基因组研究方面,已有研究对牦牛基因组进行了首次测序和重测序分析,构建了基因组"草图"和变异图谱,比较了家、野牦牛及与其他物种间全基因组水平上的异同,阐释了牦牛高原适应的遗传学机制,探究了牦牛的驯化和群体历史发展动态,初步揭示了牦牛与普通牛种间杂交渐渗状况,并对部分性状(如角、多肋性状)进行了全基因组关联分析和遗传机理揭示;在牦牛转录组研究方面,已有研究对牦牛睾丸、卵巢、心脏等多个组织器官及不同发育阶段的卵母细胞和胚胎细胞进行了转录组分析,发掘出一批潜在的与牦牛经济性状及一些生物学变化相关的差异表达基因。为推动牦牛分子育种进程,应进一步利用高通量测序技术获得牦牛大数据,继续完善牦牛全基因组结构。  相似文献   

西藏阿里地区改则县两个牦牛遗传资源群体评估     

巴桑旺堆 《现代农业科技》2019,(16)

本研究利用18对微卫星对西藏阿里地区改则县的16头本地牦牛和18头半野血牦牛进行遗传多样性评估。结果显示,18对微卫星的平均等位基因数为7.44,其中TGLA73, BM2113和BGR3012,三个位点的观测杂合度最高为1.0000,AGLA293位点的观测杂合度最小为0.2049。改则县本地牦牛的期望杂合度(HE±SD=0.7000±0.0422)、观测杂合度(HO±SD =0.7243±0.0270)、平均等位基因数(NA=6.22±2.86)以及多态信息含量(PIC=0.636)均要高于改则县半野血牦牛(HE±SD=0.6864±0.0394,HO±SD=0.6940±0.0265,NA=6.06±2.44,PIC=0.622)。另外两个群体之间的遗传分化指数FST=-0.00542,同时结合主成分分析,发现两个群体遗传分化不明显。  相似文献   

牦牛MYL3基因的克隆及组织表达分析     

张梦帆  路建卫  扎老 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2024,52(4):1-9

【目的】研究牦牛MYL3基因的结构和表达特征,探究其生物学功能及影响牦牛肌肉生长发育的机制。【方法】以美仁牦牛cDNA为模板,PCR扩增MYL3基因编码区序列(CDS),利用MEGA11软件构建系统进化树,利用生物信息学软件对其编码蛋白进行分析。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MYL3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏（参照）、睾丸、肌肉和脂肪组织中的相对表达量。【结果】牦牛MYL3基因CDS区长600 bp,共编码199个氨基酸,存在1个碱基突变位点,位于第165位(A>T)。系统进化分析结果显示,牦牛与普通牛的亲缘关系最近,与单峰驼的亲缘关系最远。生物信息学分析结果显示,牦牛MYL3蛋白为不稳定的亲水性蛋白,无信号肽,不存在跨膜结构,主要存在于细胞质内,有8个磷酸化位点和2个N 糖基化位点,蛋白的二级结构以α-螺旋为主,主要与调控肌肉生长发育的相关蛋白相互作用。RT-qPCR结果表明,MYL3基因在心脏中的表达量最高,极显著高于其他组织;肌肉中次之,与除心脏外的其他组织存在极显著差异。【结论】MYL3基因可能与牦牛心脏发育有关,对肌肉的生长发育和肉质有一定影响。  相似文献   

四川石渠县牦牛源蜱感染巴尔通体的分子流行病学调查   总被引：2，自引：0，他引：2  

唐天才  刘城成  袁东波  郭莉  侯巍  莫茜  阳爱国  郝力力  李锐 《浙江农业学报》2019,31(7):1066

为了解四川省石渠县牦牛体表寄生蜱的种类及其巴尔通体的感染情况。采集牦牛体表的蜱,经形态学初步鉴定后,提取蜱总DNA,PCR扩增蜱细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因和巴尔通体gltA基因,对阳性产物测序、比对,并构建系统进化树,从而确定蜱及其携带巴尔通体的种类。结果表明:在石渠县4个乡共采集到蜱818只,其中西藏革蜱占78.97%(646/818)、青海血蜱占21.03%(172/818);蜱巴尔通体的总感染率为30.07%,其中阿日扎乡、麻甲乡、德荣玛乡、长须干玛乡蜱巴尔通体的感染率分别为4.76%、76.79%、12.50%、17.95%,麻甲乡西藏革蜱巴尔通体感染率显著高于其他地点(P<0.01),麻甲乡青海血蜱巴尔通体感染率(79.07%)高于西藏革蜱(69.23%),但无显著差异(P>0.05)。经比对分析,总共得到3条序列(uncultured Bartonella sp. shiqu 1,uncultured Bartonella sp. shiqu 2和uncultured Bartonella sp. shiqu 3)。遗传进化分析显示,uncultured Bartonella sp. shiqu 1和uncultured Bartonella sp. shiqu 2与未定种的Bartonella spp. RF124HAIN (FJ464240)亲缘关系最近;uncultured Bartonella sp. Shiqu 3与对人有致病性的Bartonella melophagi亲缘关系最近。综上,石渠县存在西藏革蜱和青海血蜱,蜱巴尔通体感染率较高,并且具有感染人的风险。  相似文献   

不同蛋白质水平代乳粉对牦犊牛体重及血清生化指标的影响     

鲍宇红  宋天增  冯柯  张卫兵  参木友 《中国农业大学学报》2020,25(5):78-85

为探究西藏地区牦牛代乳粉哺育犊牛的适宜蛋白质水平,本试验以藏区高山牦牛为研究对象,研究不同蛋白水平对哺乳期牦犊牛的体重和血清学指标的影响,以筛选出蛋白质水平最佳的代乳粉。选取40头新生当雄县牦犊牛,随机分为4组(n=10):对照组犊牛随母牦牛哺乳(CON),试验组犊牛分别饲喂蛋白水平为21.95%低蛋白组(LP)、24.28%中蛋白组(MP)和26.11%高蛋白组(HP)3种牦牛代乳品。饲喂时间为犊牛30～90d日龄,期间跟踪测定犊牛体重,并分别在30、60和90d日龄采集血清进行分析。结果表明:饲喂3种代乳粉的犊牛体重均显著高于对照组(P0.001),120d日龄时HP组犊牛体重达到最高值;3种代乳粉对犊牛血清抗氧化指标和免疫指标产生一定的影响,其中HP组谷胱甘肽过氧化物酶活性有高于LP组的趋势(0.05P0.1),且HP组丙二醛含量及肿瘤坏死因子a较其他3组低,而免疫球蛋白(IgG、IgM)及谷胱甘肽过氧化物酶、丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶活性均较其他3组高。综合分析显示在西藏地区蛋白水平为26%的牦牛代乳粉饲喂哺乳期牦犊牛的效果较好。  相似文献   

牦牛瘤胃微生物抗生素抗性基因对3种外源性刺激因子的响应     

赵佳琦  文勇立  安雅静  李子谦  齐沛森  李强  候定超 《畜牧兽医学报》2020,51(5):1126-1137

通过给牦牛投喂硫酸头孢喹肟(CEF)、盐酸二氟沙星(DIF)和黄曲霉毒素B1(AFB1),并进行瘤胃微生物宏基因组测序,旨在揭示这3种外源性刺激因子对抗生素抗性基因(ARGs)种类、抗性类型、抗性机制等的影响,对于深入研究微生物抗性组特征和抗性机制具有重要价值。选取15头牦牛,随机分5组。Cef组和Dif组分别根据说明书推荐剂量按体重计算、灌服CEF 1 mg·kg^-1和DIF 1 mL·kg^-1;E1组和E2组分别按采食量投喂AFB120、60μg·kg^-1;C组为对照组。处理7 d后,采集瘤胃液,提取DNA,Illumina HiSeq测序,对reads counts进行标准化得到TPM值,并进行方差分析。结果显示,对照组共获得132种ARGs,分属30种抗性类型,其中,四环素类tetQ和tetW基因丰度较高;Cef组tetW基因丰度增加(P<0.05),Dif组tetQ丰度增加(P<0.05);Cef组四环素类和头孢菌素类抗性基因丰度增加(P<0.05),Dif组四环素类和氨基香豆素类抗性基因丰度增加(P<0.05),E1组氨基香豆素和青霉烯类抗性基因丰度增加(P<0.05),E2组青霉烯类、头孢菌素类等9类抗性基因丰度均增多(P<0.05);Dif组Erm基因23S核糖体RNA甲基转移酶丰度增加(P<0.05),E2组中ATP结合盒超家族等3种抗性机制相关基因的丰度增加(P<0.05);3种因子均显著增加四环素类ARGs宿主的种类。结论:瘤胃是蕴含丰富ARGs的储藏库,其中,四环素类抗生素抗性基因tetQ和tetW是主要的ARGs。不仅CEF和DIF使部分ARGs的种类、抗性类型以及耐药机制相关酶等的丰度升高,增加瘤胃微生物的耐药性,而且AFB1也具有类似作用,且高剂量AFB1对抗性类型的影响范围较抗生素大。这3种因子还导致携带四环素类ARGs宿主微生物的种类数量增加,从而强化横向转移机制,加快ARGs传播,增强微生物对四环素类的耐药性。  相似文献   

牦牛CRH基因克隆及其在生殖轴中的表达研究     

何向东  王琴  夏忆  陈莹  吉格莫体  字向东 《中国畜牧兽医》2019,46(8):2381-2389

为了探讨促肾上腺皮质激素释放激素（corticotropin-releasing hormone，CRH）基因在牦牛繁殖中的调控作用，试验分别采集5头成年母牦牛和5头成年母黄牛的下丘脑、脑垂体前叶、输卵管、卵巢和子宫等组织，通过RT-PCR技术及生物信息学软件对牦牛CRH基因编码区进行扩增、克隆及序列分析，并构建系统进化树；采用实时荧光定量PCR法检测CRH基因的组织表达。结果表明，牦牛CRH基因编码区全长573 bp，编码190个氨基酸。牦牛与黄牛、猫、鸡、人、小鼠、大鼠和猪的CRH基因核苷酸同源性分别为99.8%、43.3%、36.1%、46.2%、39.0%、38.5%和56.4%。系统进化树表明，牦牛与黄牛亲缘关系最近，并与其他物种类聚，符合物种进化规律。CRH蛋白分子式为C₉₂₀H₁₅₀₃N₂₇₉O₂₆₃S₃，分子质量为20776.95 u，理论等电点为10.95，其氨基酸组成中亮氨酸（L）、脯氨酸（P）、丙氨酸（A）和精氨酸（R）所占比例较高，分别为15.8%、12.6%、12.1%和10.5%。CRH蛋白为不稳定亲水蛋白，存在信号肽和跨膜结构。CRH蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲分别占41.05%、1.05%、8.42%和49.48%，三级结构分析结果与其相一致。CRH基因mRNA在牦牛下丘脑中表达量最高，显著高于其他组织（P<0.05），在子宫中表达量最低。牦牛脑垂体前叶CRH基因mRNA表达量极显著高于黄牛（P<0.01），在卵巢、输卵管中表达量显著高于黄牛（P<0.05），而两个品种在下丘脑、子宫中的表达量差异不显著（P>0.05）。提示CRH基因在牦牛繁殖调控中具有重要作用。  相似文献