基于高通量测序技术分析2种菌草根际土壤真菌群落多样性     

叶文雨  谢序泽  许钰滢  倪明月  胡红莉  余文英  NorvienyekuJustice  鲁国东 《热带作物学报》2020,41(3):556-563

为了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤真菌群落多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学方法,对菌草根际土真菌的多样性及群落结构进行分析。结果表明：从3份土壤样本中获得525 292条ITS序列,在97%序列相似性基础上可划分为7267个可操作分类单元（OTU）。真菌群落的丰富度指数（ACE）以菌草非根际土最低,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土;而多样性指数（Shannon-Wiener和Simpson）菌草根际土高于非根际土,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土。3份样品的优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）、接合菌门（Zygomycota）、壶菌门（Chytridiomycota）、球囊菌门（Glomeromycota）;优势菌纲为散囊菌纲（Eurotiomycetes）、粪壳菌纲（ Sordariomycetes）、座囊菌纲（Dothideomycetes）、伞菌纲（Agaricomycetes）、锤舌菌纲（Leotiomycetes）、圆盘菌纲（Orbiliomycetes）、银耳纲（Tremellomycetes）、粘膜菌纲（Wallemiomycetes）;优势菌属为篮状菌属（Talaromyces）、深黄伞形霉属（Umbelopsis）、枝孢菌属（Cladosporium）、暗双孢菌属（Cordana）、镰刀菌属（Fusarium）、隐球菌属（Cryptococcus）、淡紫紫霉属（Purpureocillium）、赤霉菌属 （Gibberella）、灵芝属（Ganoderma）。研究结果表明,菌草根际土真菌群落多样性高于非根际土,为进一步更好地利用菌草提供理论参考依据。  相似文献   

间作木薯对橡胶树根际土壤真菌群落结构的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘子凡  刘培培  闫文静  马小伟 《热带作物学报》2020,41(3):609-614

研究间作木薯对橡胶树根际土壤真菌群落多样性变化规律,为判断胶园间作木薯的可行性提供理论支撑。以橡胶与木薯间作为处理,橡胶单作为对照,采用传统方法和高通量测序技术分析橡胶树根际土壤理化性状及真菌群落结构。结果表明：（1）间作模式下橡胶树根际土壤的碱解氮、速效磷、速效钾、有机质含量和真菌Shannon指数显著降低,真菌Simpson指数显著提高,pH和Chao1指数虽有降低,但差异未达到显著水平;（2）门分类水平上,2个处理的橡胶树根际土壤真菌群落结构组成相近,共有的3大优势菌门均为Ascomycota、Zygomycota和Basidiomycota。间作木薯降低了橡胶树根际土壤中Zygomycota和Basidiomycota的相对丰度,但提高了Ascomycota相对丰度,达到91.54%;（3）属分类水平上,2个处理中相对丰度比例前10的优势菌属占所有检测出菌属的61.30%~65.59%,间作木薯提高了橡胶根际土壤中Phyllosticta、Gibberella和Lecythophora的相对丰度;（4）土壤碱解N、速效P和速效K含量对橡胶树根际土壤中真菌群落α-多样性产生影响,土壤真菌多样性变化与土壤有机质含量有关。因此,间作木薯增加了植物对土壤矿质营养元素的吸收,导致橡胶树根际土壤肥力下降,进一步降低了橡胶树根际土壤真菌的群落多样性,同时增加了病原真菌的丰度。  相似文献   

茶足柄瘤蚜茧蜂脂代谢相关的滞育关联基因差异表达分析          下载免费PDF全文

刘敏  刘爱萍  韩海斌  高书晶  徐林波  岳方正  黄海广 《中国生物防治学报》2020,36(4):632-636

本文对茶足柄瘤蚜茧蜂滞育组与正常发育组进行转录组测序,筛选差异表达基因,根据功能注释发现这些滞育关联基因主要与碳水化合物代谢、脂质代谢以及信号转导等途径相关。借助KEGG数据库,共筛选出滞育期间401个与脂代谢相关的差异基因,在滞育期间呈现不同程度的上调表达,涉及了脂肪酸生物合成、甘油脂代谢、类固醇生物合成等代谢途径,除与脂质合成相关的脂肪酸合成酶、超长链脂肪酸延伸酶基因上调表达外,与脂质分解相关的酶,如酯酶同样上调表达,可能与提高茶足柄瘤蚜茧蜂免疫力有关;与激素合成相关基因的上调表达,可能抑制茶足柄瘤蚜茧蜂卵巢发育。  相似文献   

番茄/茄子嫁接对其根际土壤生物学性状及细菌群落结构的影响     

庞师婵 郭 霜任奎瑜  王帅帅杨尚东 《园艺学报》2020,47(2):253-263

以茄子作为砧木,番茄为接穗进行嫁接,并以番茄自根植株和茄子自根植株作为对照,基于传统及现代高通量测序技术分析根际土壤的生物学性状及细菌群落结构特征,旨在揭示嫁接植株抗性增强的机制。结果表明：番茄/茄子嫁接植株根际土壤中可培养细菌、放线菌数量,微生物生物量、酶活性和细菌丰富度、多样性指数均显著高于茄子和番茄自根植株;另一方面,norank_c_Acidobacteria、硝化螺菌属（Nitrospira）、芽孢杆菌属（Bacillus）、norank_f_Gemmatimonadaceae、norank_o_Gaiellales、norank_f_Xanthobacteraceae、norank_o_SC-I-84、norank_f_Anaerolineaceae、norank_f_Nitrosomonadaceae、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）细菌是嫁接植株与茄子、番茄自根植株根际土壤中的共有优势细菌属;g_unclassified_o_Ignavibacteriales 、 醋酸杆菌属（ g_Acetobacter ）、g_norank_f_Longimicrobiaceae 、g_unclassified_f_Verrucomicrobiaceae、g_norank_p_FBP、g_norank_p_Aminicenantes 属细菌是嫁接植株根际土壤的特有优势细菌属。与自根植株相比,番茄/茄子嫁接植株根际土壤存在更高可培养微生物数量,微生物生物量和相关酶活性,具有更高的土壤养分有效性,同时拥有不同占比的共有优势细菌门属,尤其拥有更为丰富的微生物可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）和特有 OTU 数量,这是嫁接植株抗性增强的主要原因。  相似文献   

苹果花脸病田间病情发展及ASSVd在组培条件下的传播     

郗娜娜  赵坷  杨金凤  孟祥龙  胡同乐  王树桐  王亚南  曹克强 《园艺学报》2020,47(12):2397-2404

为了明确苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）引起的苹果花脸病在田间的病情发展情况以及ASSVd在组培条件下的传播方式,2012—2015年对河北省顺平南神南村3个果园进行持续调查和检测。结果显示,果园A、B、C的显症率分别从3.00%、19.35%和10.00%上升至10.00%、34.41%和22.00%,带毒率分别从11.00%、20.43%和14.00%上升至23.00%、37.63%和30.00%,带毒率和显症率都逐年增加,而且带毒率大于显症率,即有些带毒果树不显症。发病果树田间分布有明显的发病中心。通过高通量测序发现显症果树ASSVd vsiRNA reads数是带毒未显症reads数的4.08倍,同时实时荧光定量PCR检测发现显症树ASSVd病毒积累量显著高于带毒未显症树。以携带ASSVd的组培苗和无毒组培苗为试材,利用RT-PCR检测明确了ASSVd可通过伤口沾染带毒汁液、组培剪污染、含毒培养基、根系接触进行传播,其中根系接触传染率较高。  相似文献   

高通量测序发现河南开封、中牟西瓜病毒病由多种病毒复合侵染导致   总被引：2，自引：2，他引：0  

姜军  吴楠  辛敏  曹孟籍  王锡锋 《植物病理学报》2020,50(3):286-291

 调查发现河南省开封市祥符区和郑州市中牟县西瓜田病毒病严重发生,症状表现为叶片黄化、蕨叶、皱缩、卷曲,枝梢翘起,果实变小和瓜纹不清。为明确其病毒种类,通过小RNA测序及生物信息学分析发现采集的西瓜样本中存在8种病毒。其中包括5种已知病毒:小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)、甜瓜蚜传黄化病毒(Melon aphid-borne yellows virus, MABYV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mo-saic virus, CGMMV)和西瓜隐潜病毒(Citrullus lanatus cryptic virus, CiLCV);3种为新检出的RNA病毒:西瓜病毒A(Watermelon virus A, WVA)、西瓜皱叶相关病毒1号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 1, WCLaV-1)和西瓜皱叶相关病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 2, WCLaV-2)。RT-PCR检测田间66个西瓜标样发现,WMV、CiLCV和ZYMV是侵染两地西瓜的主要病毒,其阳性检出率分别为61%、56%和52%,两种及以上病毒复合侵染的比率达68%。  相似文献   

高钙高蛋白日粮对肉仔鸡生长性能、血清生理生化指标和盲肠菌群的影响     

王志  胡仲皓  贺濛初  桂雪儿  朱杰  冯士彬  李锦春  吴金节 《江西农业大学学报》2020,42(4):718-727

【目的】旨在研究饲喂高钙、高蛋白日粮对肉仔鸡生长性能、血清生化指标、抗氧化指标及盲肠菌群的影响。【方法】选取160只体质量相近的健康1日龄肉仔鸡,随机分为4组,每组5个重复,每个重复8只,分别为对照组(CP含量21%,Ca含量1%)、高蛋白组(CP含量31%,Ca含量1%)、高钙组(CP含量21%,Ca含量5%)和高钙高蛋白组(CP含量31%,Ca含量5%)。【结果】结果表明:(1)仔鸡21日龄时,对照组鸡的平均体质量、日增质量、日采食量均极显著高于其他3组(P0.01),料重比极显著小于高钙高蛋白组(P0.01);高蛋白组鸡的平均体质量、日采食量显著高于高钙组和高钙高蛋白组(P0.05);高钙组鸡的平均体质量、日增质量显著高于高钙高蛋白组(P0.05)而料重比显著小于高钙高蛋白组(P0.05)。(2)高钙、高蛋白日粮可导致仔鸡血清中AST、ALT、UA、CREA-S、UREA、GSH-Px、SOD、MDA、T-AOC、XOD活性或含量异常。(3)IlluminaMiseq高通量测序结果表明,仔鸡盲肠中的厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、厌氧杆菌属Barnesiella、另枝菌属Alistipes、粪便杆菌属Faecalibacterium、理研菌属Rikenella、卟啉单胞菌属Porphyromonas、梭状芽孢杆菌属第十八类群Clostridium_XVIII、嗜碱菌Alkaliphilus、颤杆菌克属Oscillibacter、梭状芽孢杆菌Clostridium的物种丰富度发生显著变化(P0.01或P0.05);PICRUSt功能预测结果显示,葡萄糖和一些氨基酸和核苷酸的合成代谢出现紊乱。(4)对照组鸡肝肾组织正常,结构清晰;其他三组鸡肝肾组织发生不同程度的病变。【结论】高钙高蛋白日粮导致仔鸡生长性能、抗氧化能力降低,肝肾功能受损,引起仔鸡高尿酸血症及盲肠菌群结构异常。  相似文献   

大蒜根腐病根际土壤真菌群落结构及多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

谢玉清  茆军  王玮  张志东  朱静  顾美英  唐琦勇  宋素琴  黄伟  王博  张丽娟 《中国农学通报》2020,36(13):145-153

研究旨在解析根腐病发生时大蒜根际土壤真菌群落结构,明确大蒜根腐病与根际土壤真菌群落多样性变化的关系,探明根腐病发生的微生态机制,为病害的防控提供理论基础。以新疆连续3年的大蒜根腐病发病田的根际土壤为研究对象,采用高通量测序方法对大蒜根际土壤总DNA的真菌ITS区序列进行大规模测序分析。结果表明,与健康对照相比,在门的水平上,子囊菌门和接合菌门真菌是大蒜根腐病根际土壤的优势真菌类群,其中高水平的子囊菌门菌群与病害发生有着密切的关系。在属的水平上,注释获得137个属,其中19个属与大蒜根腐病有较大的相关性。镰刀菌属真菌数量在病土中高于健康对照。随着连作年限的延续,根腐病的发生愈发严重,土壤中真菌群落的Shannon指数、Simpson指数、真菌属的数量逐年降低,大蒜根腐病的发生与植株根际真菌群落组成及多样性密切相关,土壤真菌类群的平衡和多样性改变是根腐病发生的一大诱因。  相似文献   

云杉林和红桦林土壤真菌群落的多样性及其与环境因子的相关性     

杜璨  杜璇  范学科  郑爱泉 《贵州农业科学》2020,48(9):74-80,封2

  相似文献   

人工基质上附着生物膜的微生物群落结构分析     

钟铭晨  彭路菊  赵静岩  邓欢欢  葛利云  梅琨 《浙江农业科学》2020,61(6):1251-1253

本文以浙江某校内河道某河段作为试验区,在种植植物的基质区(A)和无植物的基质区(B)分别于水深20 cm和50 cm处取样,分析2处不同试验体系下人工基质上生物膜的微生物群落结构,采用高通量测序技术,分析微生物的群落组成、丰度和多样性。结果表明,变形菌门、浮霉菌门、拟杆菌门是2组基质上的优势门。在种植植物区的物种丰度为A20>A50,无植物区的B20、B50处变形菌门、浮霉菌门的物种丰度差异不明显;不同采样位点微生物的OTU组成存在明显差异,Shannon及Simpson指数显示,生物多样性差异和均匀度没有显著变化。  相似文献