山羊卵泡发育相关基因的筛选及分析     

赵园园  李鹏飞  许勤智  安清明  孟金柱 《中国农业科学》2020,53(17):3597-3605

【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡（dominant follicles, DF）和从属卵泡（subordinate follicles, SF）是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F_2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3 —4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装,从而获得unigenes;使用CLC Genomics Workbench将unigenes与山羊RefSeq数据库进行比对获得mRNA;使用DESeq2 软件对获得的mRNA进行差异表达分析;分别采用goseq和kobas软件对得到的差异表达基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最终通过qRT-PCR对筛选出的可能影响卵泡发育的关键基因进行验证。【结果】分别对测序得到的raw reads进行过滤后,在DF颗粒细胞中获得43 217 934条clean reads,占raw reads的比例为95.19%;SF颗粒细胞中获得40 766 348条clean reads,占raw reads的比例为95.35%。将得到的unigenes与山羊的RefSeq 数据库进行比对后,共得到33 896条带有注释的转录本,再通过设定FPKM>1, q value<0.05,共在两种卵泡颗粒细胞中获得13 644个基因。设定参数：FPKM≥1,SF-FPKM/DF-FPKM>1,P<0.05,获得695个差异表达mRNA,其中233个在SF颗粒细胞中表达显著上调,462个表达显著下调;对所获得695个差异表达mRNA进行GO功能富集分析,共分为三大类42组：其中生物学过程占47.6%,细胞组分占47.6%,分子功能占4.8%;KEGG信号通路分析,发现20条通路,其中与核糖体通路相关的基因富集最为显著。通过在Genecard中进行功能分析后,筛选6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因,其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调;DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。qRT-PCR显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于优势卵泡（P<0.01）;DKK3、ALDH1A2、RARRES1在优势卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于从属卵泡（P<0.01）。【结论】DKK3、ALDH1A2、RARRES1和RGN在优势卵泡和从属卵泡中表达量存在极显著差异,推测在山羊卵泡发育过程中可能促进卵泡的优势化或导致闭锁,对深入探究卵泡发育的调控机制具有重要意义。  相似文献   

秸秆覆盖及沟垄作对旱作田土壤细菌多样性及马铃薯产量构成的影响     

姚彦红  康益晨  杨昕宇  李德明  潘晓春  李丰先  董爱云 《现代农业科技》2020,(4)

以马铃薯品种定薯4号为材料,研究了不覆膜平作(FP)、黑色地膜覆盖沟垄作(FM)、玉米秸秆整秆覆盖沟垄作(S_1M)及玉米秸秆粉粹覆盖沟垄作(S_2M)等4种栽培耕作方式对旱作田土壤细菌多样性及马铃薯产量的影响。结果表明,相对于黑色塑料地膜覆盖及不覆盖平作,玉米秸秆覆盖沟垄作可以显著提高马铃薯根际土壤细菌群落多样性,降低土壤中变形菌门及芽单胞菌门,并提高放线菌门的相对丰度,利于马铃薯根际土壤中浮霉状菌属、节杆菌属、溶杆菌属及链霉菌属的富集,对农田状况具有积极贡献;沟垄作覆盖栽培可显著提高薯块产量及大、中薯百分率,显著降低小薯百分率。  相似文献   

辽河干流河岸带植物及微生物多样性研究     

陈影  陈苏  马鸿岳  单岳  冯天朕  张鸿龄 《农业环境科学学报》2020,39(9):2048-2057

为明确辽河保护区河岸带生物多样性恢复现状以促进河岸带生态系统的健康管理,本研究通过植被现场调查和土壤微生物高通量测序分析,对辽河干流23个采样点的植物多样性和微生物多样性进行测定,结果表明:辽河干流23个采样点的植被Shannon-Weiner多样性指数平均为1.227,平均植被覆盖率达到74.19%;河岸带土壤微生物Shannon-Weiner多样性指数平均为9.55;其优势度大于1%的细菌属于11个门、32个纲、40个属;人类活动干扰、放牧情况以及土地利用类型是影响河岸带植物和微生物多样性的关键因子。目前辽河保护区河岸带生物多样性恢复状态较好,但日渐增多的人类活动对河岸带生物多样性的恢复产生不利影响,因此建议尽量减少封育区内的人类活动、放牧情况等,以加快辽河保护区河岸带植物及土壤微生物多样性的恢复进程。  相似文献   

基于高通量测序的露地菊(Chysanthemum×grandiflora)盐胁迫转录组分析     

王琳  杨伊如  刘艳秋  杨柳慧  刘彧  周蕴薇 《分子植物育种》2020,(5):1419-1427

为揭示露地菊生长发育及耐盐胁迫的应答机制和分子基础,本研究以盐胁迫处理的露地菊及其对照为材料,使用Illumina Hiseq2500高通量测序平台对转录组进行测序,分别获得了60370448和71415448条Clean reads,通过序列拼接组装得到45591条Unigene,平均长度724 bp。有37675条Unigene在七大数据库(COG,GO,KEGG,KOG,Pfam,Swiss-Prot,NR)中得到注释。通过比对露地菊盐胁迫处理组和对照组样品间Unigene的表达量及在各数据库中的注释情况,统计得到:有4143条差异表达基因获得注释;有2441条差异表达基因在GO数据库中获得功能注释;注释到COG数据库中的2281条差异表达基因依据功能可分为25类;有1062条差异基因映射到KEGGPathway数据库中,涉及了199个代谢通路,包括核糖体途径、植物激素信号传导途径、淀粉蔗糖代谢、碳代谢、氨基酸的生物合成等。本研究获得的转录组数据将有助于揭示露地菊生长发育及耐盐胁迫的应答机制和分子基础,及相关抗性基因的挖掘和分子辅助育种等方面的研究。  相似文献   

一例鸽圆环病毒和鸽疱疹病毒混合感染的诊治     

兰世捷  陈亮  苗艳  冯万宇  吴宪  李丹  沈思思  黄宝银 《现代畜牧科技》2021,(1):11-13

为了确诊黑龙江省某赛鸽场的2?4月龄幼鸽发病死亡的原因,本实验根据临床症状和病理解剖情况,采集相应病料,利用PCR技术进行了鸽圆环病毒(PiCV)、鸽腺病毒(FAdV)和鸽疱疹病毒(PiHV)检测.PiCV扩增到了629 bp目的条带,PiHV扩增到了242 bp目的条带,FAdV无条带.结果表明:该赛鸽棚PiCV和P...  相似文献   

生物炭及其老化对杉木林土壤养分含量和微生物群落组成影响的室内模拟     

《林业科学》2021,57(6)

  相似文献   

秦岭太白山不同海拔锐齿栎林土壤微生物群落的变化特征     

《林业科学》2021,57(12)

  相似文献   

冀北水稻田土壤细菌群落结构和多样性研究     

张莹莹  张婷  王田雄  朱旭冉  张立军  石爱丽 《陕西农业科学》2024,70(4):103-108

为探讨冀北水稻田土壤细菌群落结构和多样性,以承德地区水稻主产区（河北隆化,河北滦平）稻田土壤为试验材料,采用高通量测序技术,对水稻大田土壤细菌群落结构和多样性进行研究。结果表明：不同地区水稻田土壤微生物多样性存在差异,其中样本ZYY.CKD9中微生物多样性最高且有益菌较多,主要有硫杆菌属（Thiobacillus）、拟衣藻属（Dechloromonas）和地杆菌属（Geobacter）;但也存在共有细菌菌群,如Kaistobacter、溶杆菌属（Lysobacter）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、Candidatus_Solibacter、硫杆菌属（Thiobacillus）、红长命菌属（Rubrivivax）、拟衣藻属（Dechloromonas）、Anaeromyxobacter、硝化螺旋菌属（Nitrospira）等;PCA分析结果显示,土壤细菌群落结构空间相关性不明显。这为冀北水稻田土壤修复、病害防治及功能菌肥开发,促进水稻高产栽培提供依据。  相似文献   

大白菜黄心性状相关标记的开发与应用     

姜山  于翰宗  赵紫彤  程斐 《陕西农业科学》2024,70(4):1-7

当前国内针对大白菜黄心性状的筛选研究尚有缺乏,试验论据不足,本试验立足分子标记研究,验证及筛选大白菜的黄心性状,分析准确性分子标记,为大白菜黄心性状的筛选研究奠定基础。试验采用纯合白心早熟早抽自交系‘127-4’（P1）和黄心晚抽自交系‘11-2’（P2）为试验主体材料,以‘127-4’为父本,以‘11-2’为母本,两者杂交获得F₁代后,继续使F₁代自交获得了‘264’（F₂）群体。利用所得到的白心大白菜和黄心大白菜植株通过BSA-seq法对大白菜全基因组进行重测序,以此设计并筛选鉴定引物,最后筛选出标记为“9-13”（F：5''- CCGAAGCCCAGATTAGGAG-3'';R：5''-CCATGCCTACGAATGATAT -3''）。得到的该分子标记可在黄心大白菜育种材料中扩展出200bp的特异条带,经验证,该标记区分白心大白菜与黄心大白菜单株的符合度可达到75%以上。目前利用该标记已经准确筛选出30多份黄心大白菜种质资源,大白菜的菜心性状得到了特定把控,也为准确筛选提供了依据。  相似文献   

6 个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析     

史发超  蔡长河  严倩  姜永华  刘海伦  文英杰  欧良喜  陈洁珍 《广东农业科学》2024,51(2):29-38

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以 6 个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR 扩增 16S rDNA 的 V3~V4 区,利用 MiSeq 高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合 Alpha 多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对 6 个品种荔枝果肉内生细菌 16S rDNA 的 V3~V4 区进行扩增,共获得 2 139 086 条序列,其平均长度为 376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属（Pseudomonas）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和迪基氏菌属（Dickeya) 在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属（Bradyrhizobium）和变形菌属（Snodgrassella）只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha 多样性分析结果表明,6 种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了 6 个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微 生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。  相似文献