一种适用于单胎动物多品种选择的基因组关系矩阵     

张洪志  任端阳  安丽霞  乔利英  刘文忠 《畜牧兽医学报》2021,52(11):3108-3117

旨在提出一种新型基因组关系矩阵并验证其在多品种联合群体中的模拟应用效果。本研究利用QMsim软件模拟牛的表型数据和基因型数据;利用Gmatrix软件构建常规G阵;利用R语言构建新型G阵,新型G阵在常规G阵的基础上,将多品种联合群体的非哈代-温伯格平衡位点考虑在内;利用DMU软件使用“一步”法模型计算基因组估计育种值（estimated genomic breeding value,GEBV）;比较不同情况下使用两种G阵的GEBV预测准确性。结果表明,在不同遗传力及QTL数下,不对新型G阵使用A₂₂阵加权就能达到常规G阵使用A₂₂阵加权时的GEBV预测准确性。在系谱部分缺失时,新型G阵不加权较常规G阵加权时GEBV预测准确性高。证明,在系谱有部分缺失时,新型G阵对多品种GEBV的预测有一定优势。  相似文献   

1株库蠓源版纳病毒的分离与全基因组序列分析     

李占鸿  朱建波  寇美玲  杨振兴  李卓然  牛保生  姚萍芬  李华春  杨恒 《中国畜牧兽医》2021,48(3):781-791

为分析云南省虫媒病毒的种类与遗传特征,在云南省师宗县采集库蠓进行病毒的分离与鉴定;通过全长cDNA扩增与高通量测序技术获取病毒全基因组序列,进行序列比对与系统发生树构建。结果显示,从采集的库蠓样本中分离出1株可在C6/36细胞上引起细胞病变的毒株（YNSZ043）,病毒基因组为分节段双链RNA,琼脂糖凝胶电泳呈"2-4-3"的带型特征;电镜观察可见直径为70~80 nm,呈"指环状",表面具有纤维突起的病毒粒子。全基因组测序结果显示,YNSZ043毒株为版纳病毒（Banna virus,BAV）,基因组大小为20 683 bp,由Seg-1（3 762 bp）至Seg-12（861 bp）12个基因节段组成,与中国BAV毒株各基因节段的核苷酸序列相似性在64.8%~99.6%之间,氨基酸序列相似性在58.8%~100%之间,在系统发生树上YNSZ043毒株与中国分离的BAV聚为一簇,形成独立的中国进化支系。对决定BAV基因型的Seg-12分析结果显示,YNSZ043毒株属于A2基因型,该毒株的Seg-5/VP5与越南分离BAV毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性高达97.1%和97.6%,表明该毒株的Seg-5基因节段很可能与越南毒株之间发生了基因重配。研究结果丰富了中国BAV的基因组序列,为开展云南省BAV的流行病学研究提供了参考。  相似文献   

受辐照窄颖赖草花粉DNA进入小麦胚囊的电镜自显影证据及杂种原位杂交鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

李桂英  王琳清  施巾帼  周荣华  付仓生  郝宏京 《核农学报》2002,16(3):129-132

采用3H 胸腺嘧啶标记窄颖赖草 (Leymusangustus)花粉结合电镜自显影的方法证明受辐照窄颖赖草花粉DNA进入了小麦胚囊 ,运用基因组原位杂交技术证明所得杂种为真杂种 ,经辐照花粉获得的普通小麦J 1 1与窄颖赖草杂种中窄颖赖草染色体发生了数目和结构变异  相似文献   

六株猪圆环病毒2型国内分离株的全基因组序列测定与分析   总被引：20，自引：0，他引：20  

王忠田  郭鑫  杨汉春  查振林  陈艳红 《农业生物技术学报》2005,13(1):56-60

利用PK15细胞从临床发病猪和死亡猪淋巴结中分离到6株猪圆环病毒2型(PCV2)，对其全基因组序列进行了测定和分析。结果表明，除深圳分离株(SZ)的基因组全长为1768nt外，其余5株均为1767nt；6个分离株之间全序列核苷酸同源性为98．08％；与欧、美毒株之间同源性高，介于94．4％～99．7％。  相似文献   

小型猪近交系新品种的培育与开发利用   总被引：1，自引：0，他引：1  

冯书堂  李奎  刘岚  高倩  程英  牟玉莲 《农业生物技术学报》2015,23(2)

小型猪近交系是中国农业科学院北京畜牧兽医研究所以2头五指山猪(Sus scrofa)为系祖,历时15年,采用“近亲交配”、提高营养水平、同期发情以及笼架等饲养技术,逐步克服后代畸形率高、弱仔率高、成活率低等3大阶段性难题,育成国际上首个近交系猪.本文介绍小型猪近交系的培育过程、近交系研究鉴定、新遗传资源种质特性,以及开发利用.该研究成果填补了国内外近交系猪的研究空白,为大型哺乳近交系动物培育理论和应用研究提供了新的视角.  相似文献   

全基因组选择在猪育种中的研究进展     

宋志芳  曹洪战  芦春莲 《猪业科学》2016,(6):110-112

目前,随着分子生物学技术和遗传学的不断发展,动物育种方法从传统的数量评估方法,逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。全基因组选择是动物育种的一次革命,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能大大缩短育种间隔,提高遗传进展,已然成为动物育种研究的热点。该文主要对全基因组选择在动物育种中的应用及展望做一个简述。  相似文献   

家蚕金属羧肽酶基因家族的鉴定与表达分析     

朱玉苹  韩民锦  查绪乐  陈瑜  沈以红 《蚕业科学》2016,42(3)

金属羧肽酶是昆虫消化管中参与食物消化吸收的重要酶类,并可能在昆虫变态、发育、抗病免疫等多种生命过程中发挥重要作用。利用家蚕全基因组数据库,基于同源搜索和隐马尔可夫模型搜索相结合的方法,对家蚕金属羧肽酶基因家族进行鉴定。全基因组预测家蚕的金属羧肽酶基因家族包括22个成员,推导的氨基酸序列均具有锌离子结合位点和金属羧肽酶M14的保守特征。根据其保守氨基酸序列不同,家蚕的金属羧肽酶分属于M14A、M14B和M14D 3个亚家族。通过RTPCR方法检测显示22个家蚕金属羧肽酶基因中有18个基因在家蚕不同组织和发育时期中表达,其中7个基因在家蚕5龄第3天幼虫中肠组织特异高量表达,提示金属羧肽酶在家蚕对营养物质的消化吸收中有重要作用;家蚕5龄幼虫添食感染Bm NPV后24 h内,中肠中有5个金属羧肽酶基因上调表达,表现出对病原微生物侵染的应答反应。研究结果有助于解析家蚕金属羧肽酶在蚕体对营养物质的消化和对病原物入侵应答中的功能作用。  相似文献   

蜜蜂所在西方蜜蜂种群适应性机制和进化研究领域取得重大突破     

陈超 《中国蜂业》2016,(4):11

正近日,中国农业科学院蜜蜂研究所蜜蜂资源与遗传育种研究室石巍研究员带领的研究团队,在分子生物学和进化领域的权威期刊《分子生物与进化(Molecular Biology and Evolution)》(牛津大学出版社,5年累计影响因子:11.667)上发表在线文章,报道了该团队在我国首次发现的西方蜜蜂新亚种西域黑蜂(Ap/s mellifera sinisxinyuan)及运用重测序技术,从基因组水平上揭示的西域蜜蜂对温带气候的环境适应性机制研究。过去普遍认为西方蜜蜂的分布范围在中亚、非洲  相似文献   

三种基因型羽衣甘蓝筛选适合叶绿体转化材料     

平璐  顾德峰  韦正乙  仲晓芳  林春晶  邢少辰  王云鹏 《北方园艺》2016,(2):92-99

以3种不同基因型的羽衣甘蓝品种"皱叶红心"、"白鸥"和"红鸥"为试材,以MS培养基为基础培养基,分别添加不同质量浓度的6-BA、NAA、IBA激素,筛选不同品种真叶叶片不定芽的诱导频率,同时确定不同材料对除草剂双丙氨膦和抗生素壮观霉素的致死临界质量浓度,为羽衣甘蓝的叶绿体转化研究筛选受体材料。结果表明:影响羽衣甘蓝叶片诱导不定芽因素中,激素质量浓度的影响比品种的影响更大;当诱导培养基中的6-BA质量浓度为1.0mg/L、NAA质量浓度为0.1mg/L时,诱导效果最佳,是3个品种的最适培养基;按照由高到低的顺序排列,3个品种的不定芽诱导率依次为"红鸥"、"白鸥"和"皱叶红心",因此择优利用品种"红鸥"作为后续转基因研究的受体材料;分别利用双丙氨膦和壮观霉素的不同质量浓度梯度进行筛选,研究二者对"红鸥"品种叶片分化的影响,发现双丙氨膦和壮观霉素的最低抑制质量浓度分别为4mg/L和50mg/L。该研究结果对今后利用叶绿体遗传转化技术改良羽衣甘蓝品种提供了技术支持。  相似文献   

牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析     

颜芳楠  马志杰  徐宇辉  李瑞哲  谢秀梅 《中国畜牧杂志》2023,(6):172-178

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...  相似文献