Application of 16S rDNA Sequence Analysis Technique in Microbial Detection   总被引：2，自引：0，他引：2  

雷正玉  张晓 《农业科学与技术》2014,(4):520-523

16srDNA既具有保守性区域。又具有高变性区域,是生物的种属鉴定和系统进化关系的重要分子基础。以16srDNA为目的物的现代分子生物学技术能精确地揭示微生物种类和遗传的多样性,从而16srDNA序列分析成了微生物分类鉴定主要依据。该方法克服了传统微生物培养方法的限制,操作方便、检测快速准确且灵敏度高,已被广泛应用到菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育及种群多样性的评估等领域,是一种客观和可信度较高的分类方法。  相似文献   

福建三沙湾养殖大黄鱼肠道菌群研究     

王程程  鄢庆枇  黄伟卿  熊何健  王勇忠  马英 《厦门水产学院学报》2014,(1):1-6

为研究大黄鱼（Pseudosciaena crocea）肠道细菌的群落结构,提取大黄鱼肠道内容物和肠壁样品总DNA,构建细菌16SrDNA克隆文库．分别从两个文库中随机挑选阳性克隆子测序,序列同源性分析和系统进化分析结果表明：在大黄鱼肠道中存在梭杆菌纲（Fusobacteria）细菌、拟杆菌纲细菌（Bacteroidetes）和γ-变形细菌纲（γ-Proteobacteria）细菌．肠壁样品细菌多样性高于肠道内容物样品．梭杆菌属细菌在肠道内容物样品中占据优势地位,而肠壁样品则以拟杆菌属细菌为最优势细菌类群,其次是梭杆菌属细菌。两个样品中均只检测到少量γ-变形细菌纲细菌．  相似文献   

废弃烟沫堆置发酵有机肥腐熟菌种的分离、筛选和鉴定     

王明旭  江维维  刘艳霞  迟荪琳  石俊雄  李想 《安徽农业科学》2014,(33):11686-11690,11725

[目的]为加速烟草废弃物的资源化利用,筛选适合废弃烟沫快速发酵腐熟的微生物菌种成为资源化利用的重要一环。[方法]利用纤维素刚果红选择性培养基,分别从废弃烟丝、腐熟牛粪、油枯有机肥和味精下脚料等田固体废弃物中分离筛选腐熟菌种,并进行复筛、纯化和鉴定。[结果]共筛得16株腐熟菌株,其中复筛出6株高效菌株分别为F1、F2、F3、N1、N2、W1。经16S r DNA和Biolog鉴定,该6种菌菌株分别为Bacillus subtillis,Bacillus subtillis,Bacillus amyloliquefaciens,Bacillus amyloliquefaciens,Mycobacterium vaccae,Bacillis amyloliquefaciens;纤维素分解能力试验结果表明,6种降解菌对烟沫中纤维素的降解能力为N1F3N2F2F1W1;在烟碱浓度为低浓度0.1%时耐烟碱能力为F2F3=N1W1F1N2,在烟碱浓度为高浓度0.5%时耐烟碱能力为F2F3N1N2W1=F1,同时N1与N2、N1与F1、N1与F2之间没有拮抗作用。[结论]N1与N2复配构成废弃烟沫专用腐熟菌种为最佳选择。  相似文献   

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨桂梅  鲍宝龙  李会荣  唐文乔  任大明 《上海水产大学学报》2008,17(1):12-21

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.  相似文献   

烟粉虱复合种不同地理种群的遗传分化   总被引：13，自引：0，他引：13  

褚栋  刘国霞  范仲学  陶云荔  张友军 《中国农业科学》2006,39(8):1571-1580

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius) 是由具有遗传分化的不同地理种群组成的复合种。本文介绍了烟粉虱不同地理种群遗传分化的最新研究进展，并在世界各国对烟粉虱核糖体ITS1(rDNA ITS1)、线粒体COI（mtDNA COI）基因大量测序的基础上，进一步分析了烟粉虱不同地理种群的遗传分化。根据mtDNA COI和rDNA ITS1基因序列分析的结果，烟粉虱不同地理种群可分为5组，即亚洲组（Asia group）、美洲组（America group）、非洲组（Africa group）、澳洲组(Australia group)、B型/地中海/中东/北非/Ms型组(Biotype B/Mediterranean/Middle Eastern/Northern Africa/Biotype Ms group)；此外，还包括3个没有特定组的种群，即乌干达（Uganda）、科特迪瓦（Ivory Coast和台湾（Taiwan）种群。地理隔离可能是造成烟粉虱不同地理种群遗传分化的最重要驱动力。许多具有入侵性或生物学优势的烟粉虱种群随着人类活动而传入新的地区，造成了严重的经济损失。有必要加强烟粉虱生物型的监测，遏制已入侵烟粉虱种群的蔓延，防止新的具有潜在危险性的烟粉虱种群传入中国。  相似文献   

中草药青蒿(Artemisia annua L.)的实时荧光PCR检测   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵玥  赵文军  吕国忠  朱水芳 《沈阳农业大学学报》2006,37(4):648-650

中草药青蒿,学名黄花蒿(Artem isia annuaL.),属于中国独有的抗疟药用植物资源之一。根据蒿属植物rDNA ITS序列多态性设计TaqM an探针及引物,通过实时荧光PCR方法对黄花蒿进行检测。结果表明:该组探针-引物对黄花蒿有很强的特异性,除黄花蒿外,其余8种对照蒿属材料均未检测到荧光信号。该方法快速、简便、安全、准确,适用于黄花蒿的出入境检验。  相似文献   

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析   总被引：2，自引：1，他引：2  

黄国秋  童桂香  黎小正  韦信贤  吴祥庆  庞燕飞 《广西农业科学》2009,40(9):1234-1238

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。  相似文献   

缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定     

王兴强  曹梅  阎斌伦  等 《勤云标准版测试》2009,29(4)

从患病缢蛏(Sinvnovacula constricta)中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌.对该株的16SrDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对.16S rDNA序列分析表明:12#菌与多株气单胞茵的16S rDNA的同源性均在95%vx以上.在细菌系统分类学中应归属于气单胞茵属.从构建的系统发育树中可以看出:12#茵与点状产气单胞茵(Aeromonas punctata)共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌(Aeromonas punctata)的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞茵(Aeromonas punctata).  相似文献   

陕北土壤芽胞杆菌种类分布多样性研究     

郑梅霞  刘波  葛慈斌  车建美  刘国红  郑榕  唐建阳  朱育菁  刘丹莹 《福建省农科院学报》2014,(4):364-372

为了解陕北土壤中芽胞杆菌的种类及其多样性,将采集于陕北5个地点的土壤样品利用温度筛选法、稀释平板计数法进行芽胞杆菌分离,用16S rDNA基因测序法进行种类鉴定。结果发现,从采集的土壤样品中共分离到31株芽胞杆菌,共19种芽胞杆菌,其中部分菌株为国内少见报道的菌株。通过16S rDNA基因序列的系统发育树分析发现,分离的菌株基本上和模式菌株亲缘关系较近,在种的系统发育上也存在一定的交叉,各菌株间序列差异较小。对土壤样品中芽胞杆菌多样性的研究中发现,不同土壤样品中的芽胞杆菌含量差异明显,表现为采自洛川毛主席故居土壤样品＞采自黄陵黄帝陵墓土壤样品＞采自宜川壶口瀑布土壤样品＞采自富县石泓寺土壤样品＞采自宝塔山宝塔下土壤样品,每个土壤样品中同种芽胞杆菌的含量差异也较明显,每个采集地点都含有特有的芽胞杆菌,说明陕北土壤中芽胞杆菌较丰富。  相似文献   

烤烟K326种子可培养内生细菌的分离与鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

颜瑾  舒翠华  田昌  王运生  肖启明  陈武  巢进 《湖南农业科学》2014,(18)

采用NA、KB、R2A和TSA 4种培养基分离烟草品种K326种子中的可培养内生细菌,并选择其中的50株外观形态特征有显著差异的菌株进行了16S r DNA测序与分析。结果表明,烟草K326种子中携带有大量可培养内生细菌,培养获得菌落总数约为8.1×105cfu/g;主要分为假单胞菌属、寡养单胞菌属、芽孢杆菌属、贪铜菌属和杆菌属等5个属,其中优势内生菌为嗜麦芽寡养单胞菌、假单胞菌和芽孢杆菌,分别占菌种总数的34%、32%和26%。  相似文献