[03]黑龙江野鲤细菌人工染色体基因组文库构建   总被引：2，自引：0，他引：2  

耿波   关云涛   孙效文 《中国水产科学》2009,16(2)

为了开展鲤基因组研究,深入研究遗传连锁图谱遗传标记的定位及数量性状的定位和克隆,并最终为分子育种提供服务,本实验构建了鲤的BAC基因组文库.通过采集黑龙江野鲤(Cyprinus caxpio haematopterus)全血细胞制备琼脂糖凝胶包埋块的方法获得了高分子量(HMW)DNA.通过BamHI部分酶切和PFGE电泳分离选择获得1130～300 kb的DNA片段,用电洗脱和透析的方法对产物进行浓缩和纯化.纯化的HMW DNA连接到大小为7.2 kh的克隆载体pEZ BAC上.为了评估构建的文库的质量使用一系列引物对文库进行了验证.本研究首次构建黑龙江野鲤的BAC文库,该库含有46656个克隆,插入片段大小在50～300 kh之间,平均大小在100 kb左右,覆盖鲤全基因组2.45倍,调取任一基因的概率为90070左右.获得的BAC克隆,保存在378块96孔板和27块384孔板中.建立了高效稳定的2步3维PCR筛选黑龙江野鲤BAC文库的方法.本实验为今后进一步进行鲤的功能基因定位及染色体步行、BAC-FLSH等研究工作打下重要基础.  相似文献   

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

谭照君  张天奇  鲁翠云  李超  孙效文 《上海海洋大学学报》2011,20(3):328-335

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)₈、(CAG)₈以及(AGAT)₆进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-³²P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。  相似文献   

斑马鱼SSLP标记检测鲤鱼种间的遗传多态性   总被引：9，自引：2，他引：9       下载免费PDF全文

孙效文  梁利群 《中国水产科学》2001,8(2):5-6,43

用500对斑马鱼SSLP标记引物对黑龙江野鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel)和柏氏鲤（Cyprinus Pellegrini pellegrini Tchang)进行种间遗传差异分析，共发现110个斑马鱼标记在鲤鱼种间表现出差异，故可作为黑龙江野鲤和柏氏鲤间的分子标记，也可作为建立遗传连锁图谱的遗传标记。  相似文献   

绥芬河三块鱼属鱼类和东北雅罗鱼亲缘关系的RAPD分析   总被引：5，自引：3，他引：5       下载免费PDF全文

陈金平  梁利群  孙效文  董崇智  赵文阁  陈辉 《中国水产科学》2002,9(1):1-4

利用RAPD技术对绥芬河水系三块鱼属 (Tribolodon)的金滩头、黑滩头和雅罗鱼属的东北雅罗鱼 (Leucis cuswaleckiiDybowsk)进行属间、种间遗传物质相似性分析。样品取于溯河生殖洄游期 ( 4～ 6月 )。结果表明 ,金滩头和黑滩头种间的RAPD指纹图谱带型差异显著 ,平均带纹相似系数为 0 .3 0 ,遗传距离为 0 .70。东北雅罗鱼与金滩头和黑滩头属间的平均带纹相似系数分别为 0 .13和 0 .16,遗传距离为 0 .87和 0 .84。根据绥芬河水系金滩头和黑滩头间的遗传距离 ( 0 .70 ) ,将二者划分为 2个不同物种 ,即珠星三块鱼 (TribolodonhakonensisG櫣ｎｔｈｅｒ)和三块鱼(T .brandtiDybowski)。  相似文献