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【目的】分析紫菜薹(Brassica rapa var. purpuraria)线粒体基因组SSR序列的分布特征,并与芸薹属主要物种进行比较,为紫菜薹SSR分子标记的开发及遗传进化研究提供参考。【方法】利用MISA软件对紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组进行搜索,并对搜索到的SSR序列分布特征进行比较分析。【结果】在紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组中,分别筛选到168、170、167、168、180、280、185、165、179个完整的SSR序列,相对密度分别为764、774、760、764、775、777、721、744、771个·Mb-1, SSR序列的总长度分别为1 562、 1 577、 1 547、 1 562、 1 664、 2 564、 1 722、 1 524、 1 646 bp,占各自线粒体基因组序列总长度的比例分别为0.71%、0.72%、0.70%、0.71%、0.72%、0.71%、0.67%、0.69%和0.71%。在1～6个不同核苷酸重复单元中,紫菜薹及芸薹属6个基本种的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,... 相似文献
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利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型，共有131个标记分型成功，转化率为65.50%，缺失率为0.06，次要等位基因频率（MAF）为0.21，观测杂合度为0.21，多态性信息含量（PIC）为0.27，并将这些标记用于系统进化树构建及群体结构分析。进一步基于次要等位基因频率大于0.25，多态性信息含量大于0.35，缺失率小于0.03，杂合率小于0.6等参数，筛选出18个核心KASP-SNP分子标记，并构建了89份菜薹品种的SNP指纹图谱，证明了KASP技术在菜薹品种鉴定中的可行性。 相似文献
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