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基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个（Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30）为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员（Ppgag5和Ppgag23）发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。 相似文献
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氮是影响植物生长发育的重要矿质营养元素,硝态氮是大部分植物吸收氮素的主要形式,目前已发现许多基因参与硝态氮的吸收、转运及信号转导过程。硝酸盐调控基因2 (nitrate regulatory gene 2, NRG2)是近年来在拟南芥中鉴定到的与硝酸盐吸收和信号转导相关的基因。本研究采用生物信息学方法,对大豆NRG2家族成员进行全基因组鉴定及表达分析。结果表明：在大豆基因组中共鉴定到30个GmNRG2基因,其编码的蛋白均具有DUF630和DUF632结构域。系统进化分析显示,GmNRG2基因可以聚为7组,且同组的基因成员具有相似的外显子/内含子分布模式。GmNRG2基因不均匀地分布在16条染色体上,片段复制可能导致了GmNRG2基因在大豆基因组中的扩增。GmNRG2各成员启动子区域均存在数量不等的激素或逆境响应元件,表明该家族基因可能参与多种生长发育调节进程。表达模式分析显示,GmNRG2基因具有不同的组织表达特点,5个GmNRG2在干旱或盐胁迫条件下呈现出差异表达。以上结果为深入研究大豆NRG2家族基因的生物学功能提供了一定参考。 相似文献
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大豆是全球范围内重要的油料农作物之一,同时还为人们提供了大量的植物蛋白。野生大豆具有丰富的遗传背景,在大豆育种中具有重要的利用价值。然而,野生大豆种子广泛存在硬实生物性状,该性状在杂交育种中经常以遗传累赘的形式出现在子代中,从而严重制约了其在大豆育种中的利用。大豆种子硬实度主要与种子的种皮、种脐、气孔等结构有关,同时还受种皮化学组分、籽粒大小等多种因素影响。大豆种子的成熟度及收获后期温度、湿度等环境条件也会影响种子硬实度。大豆种子硬实性状大多为显性遗传,且由多个基因调控,目前已经发现许多与该性状有关的数量形状位点(QTL)或关键调控基因。对硬实性状产生的生理和分子机制的研究对大豆育种和生产具有重要意义。对大豆硬实性状相关的种皮结构、环境因素、遗传学特性、关键基因等4个方面进行综述,以期为该性状的进一步研究提供参考。 相似文献
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