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生长素输出载体蛋白PIN-formed(PIN)是一类调控植物生长素极性运输的重要载体元件,与植物生长发育密切相关。利用生物信息学方法对百脉根(Lotus corniculatus)PIN基因家族成员(LjPIN)进行筛选、鉴定,并对其结构特征、系统进化、编码蛋白质性质、顺式作用元件组成和表达特性等进行研究,为其功能鉴定及利用奠定基础。结果表明,百脉根基因组中含有27个LjPIN成员,主要分布在1—5号染色体上;27个LjPIN基因含8个可变剪切位点,编码35个蛋白质;除了LjPIN4、LjPIN13、LjPIN23基因外,其他LjPIN基因均含有内含子,内含子数和外显子数均为1～10个;LjPIN与拟南芥AtPIN、大豆GmPIN在进化关系上较接近,与水稻OsPIN较远;LjPIN蛋白大多为碱性的两性稳定蛋白质,一般含有5种保守基序,基序数量2～9个;LjPIN基因除了含有顺式作用基本元件CAAT-box和TATA-box外,还含有光响应、激素响应及生长发育相关的调控元件;11个LjPIN基因在根、茎、叶、花和不同形成时期种子中呈时空差异表达。 相似文献
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MADS-box家族在花的诱导和发育中作用广泛,有些基因在明显不相关的发育阶段具有多种功能。本研究通过生物信息学对辣椒MIKC型MADS-box家族系统发育树、保守结构、基因特征、GO和KEGG富集分析、时空表达等进行系统分析。在辣椒中共鉴定到25条MIKC＿MADS基因,均具有MIKC＿MADS的N端SRF-TF和C端K-box保守结构域,氨基酸数为122～278 aa,为两性亲水性蛋白。Motif分析发现,25条CaMADS-box基因均含有Motif1、Motif2、Motif4共3个保守基序。染色体定位发现,25条基因不均匀地分布在12条染色体上,其中染色体Chr02定位基因最多,共计5条基因。共线性分析发现MIKC＿MADS在野生种Chiltepin中存在多个共线性区块。GO富集分析发现,MIKC＿MADS主要参与植物生长初期发育过程,主要是花器官、胚乳发育过程,KEGG富集到甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢(ko00260),乙醛酸盐和二羧酸盐代谢(ko00630),碳代谢(ko01200)。顺式作用元件发现,与光响应元件、水杨酸、胚乳等元件相关。在时空表达过程中,MIKC＿MA... 相似文献
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本研究通过对辣椒S 033-A保持系和S 033-B不育系的近等基因系辣椒进行蛋白质组学分析,揭示辣椒不育的关键蛋白。结果表明,保持系和不育系中蛋白总数为7 667个,可定量蛋白为7 629个,存在504个差异表达蛋白。保持系S 033-A有351个蛋白上调表达,不育系S 033-B有153个蛋白上调表达。结合生物信息学对差异表达蛋白进行亚细胞定位、保守结构域、GO和KEGG富集等进行分析,发现亚细胞定位主要在细胞质、细胞核和叶绿体,421条差异表达蛋白存在保守结构域,主要为谷胱甘肽S-转移酶、过氧化物酶、UDP-葡萄糖苷和UDP葡萄糖苷转移酶,GO富集在叶绿体、质体、类囊体中,KEGG富集主要参与光合作用、细胞色素P 450、单萜生物合成、类黄酮生物合成生化途径等。本研究从蛋白质组学角度发现了辣椒雄性不育相关的关键蛋白和代谢途径,揭示了辣椒雄性不育可能的分子机制,并鉴定了相关候选蛋白,为辣椒遗传育种奠定了理论基础。 相似文献
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γ-谷氨酰转肽酶(γ-GGT)是催化L-茶氨酸合成的关键酶之一,对其编码基因的解析有助于进行茶氨酸的合成调控和异源表达生产研究,本论文利用生物信息学方法,对大肠杆菌(Escherichia coli)γ-GGT基因的结构和特性进行分析。结果显示,E.coliγ-GGT基因编码580个氨基酸,主要氨基酸为甘氨酸和亮氨酸,γ-GGT酶蛋白等电点为5.38,分子量为61.7 kDa,属于酸性不稳定亲水性蛋白,具有信号肽序列和保守功能结构域,在细胞质周质中发挥作用,其二级结构元件主要是α-螺旋和无规卷曲,在微生物中进化较为保守。研究结果为进一步研究γ-GGT基因功能及其应用奠定了基础。 相似文献
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