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基于部首嵌入和注意力机制的病虫害命名实体识别 总被引:1,自引:0,他引:1
为了解决农业病虫害命名实体识别过程中存在的内在语义信息缺失、局部上下文特征易被忽略和捕获长距离依赖能力不足等问题,以农业病虫害文本为研究对象,提出一种基于部首嵌入和注意力机制的农业病虫害命名实体识别模型(Chinese agricultural diseases and pests named entity recognition with joint radical embedding and self attention, RS-ADP)。首先,该模型将部首嵌入集成到字符嵌入中作为输入,用以丰富语义信息。其中,针对部首嵌入设计了3种特征提取策略,即卷积神经网络(Convolutional neural network, CNN)、双向长短时记忆网络(Bidirectional long short term memory network, BiLSTM) 和CNN-BiLSTM;其次,采用多层不同窗口尺寸的CNNs层提取不同尺度的局部上下文信息;然后,在BiLSTM提取全局序列特征的基础上,采用自注意力机制进一步增强模型提取更长距离依赖的能力;最后,采用条件随机场(Conditional random field, CRF)联合识别实体边界和划分实体类别。在包含11个类别和24715条标注样本的农业病虫害自制语料上进行了实验。结果表明,本文模型RS-ADP在该数据集上精确率、召回率和F1值分别为94.16%、94.47%和94.32%;在具体实体类别上,RS-ADP在作物、病害、虫害等易识别实体上F1值高达95.81%、97.76%和97.23%。同时,RS-ADP在草害、病原等难以识别实体上F1值仍保持86%以上。实验结果表明,本文所提模型能够有效识别农业病虫害命名实体,其识别精度优于其他模型,且具有一定的泛化性。 相似文献
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正"春争日,夏争时",眼下,一年一度的育秧插秧如火如荼。记者日前采访时看到,江苏省扬州正推广应用"微喷灌育秧技术"和"无人驾驶插秧机"。这两项技术的特点简单点来说就是:培育秧苗不占用大田,改在路边广场或晒场;插秧机不用人工驾驶照样行得顺溜,栽出来的秧苗横平竖直棵棵均匀。微喷灌育秧村民可在自家院子里培育秧苗鱼米之乡的扬州,水稻是主产粮食之一。水稻的栽种,首先要育秧,而传统的育秧方式就是在秧 相似文献
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为了解乳酸菌噬菌体的生物学特性,并为制定乳酸菌发酵生产过程中噬菌体污染的防控措施提供试验数据和参考,本研究通过斑点试验和双层琼脂平板法,以干酪乳杆菌(L. casei) ATCC 393、戊糖乳杆菌(L. pentosus) KLDS 1.0413、短小乳杆菌(L. brevis) ATCC 367为指示菌从乳制品、泡菜样品中分离乳酸菌噬菌体,通过透射电镜观察噬菌体形态,噬菌体基因组限制性内切酶作用分析其包装机制,并进行宿主范围和一步生长曲线的测定,SDS-PAGE分析噬菌体结构蛋白,对获得的噬菌体进行生物学特性鉴定。结果显示,分离获得3株烈性乳酸菌噬菌体,依次命名为Lc、Lpen和Lbre。电镜结果显示,噬菌体Lc、Lpen均由多面体头部和非收缩性尾部组成,而噬菌体Lbre由多面体头部和收缩性尾部组成。根据形态学分析,Lc和Lpen属于长尾噬菌体科(Siphoviridae),B1类,Lbre属于肌尾噬菌体科(Myoviridae),A1类。噬菌体基因组经限制性内切酶作用后,核酸电泳结果显示,噬菌体Lc、Lpen基因组均为异质平末端,其包装机制属满头包装,即pac-型,而Lbre含有黏性末端,其包装机制属于cos-型。宿主范围测定结果显示,噬菌体Lc、Lbre对宿主专一,而Lpen宿主谱较广。一步生长曲线显示,噬菌体Lc、Lpen和Lbre潜伏期分别为60、45和150 min,裂解期分别为45、90和105 min,裂解量分别为47、24和30 PFU/cell。SDS-PAGE分析显示,噬菌体Lc结构蛋白有7个,主要结构蛋白分子质量约为50 ku;噬菌体Lpen和Lbre结构蛋白均有5个,主要结构蛋白分子质量分别约为55和50 ku。综上,本研究分离获得3株乳酸菌烈性噬菌体,并对其主要生物学特性进行鉴定,对了解乳酸菌噬菌体及后续乳酸菌噬菌体污染的防治提供了试验数据和理论依据。 相似文献
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随着农作物病虫害研究文献的快速增长,对农作物病虫害领域文献进行文本挖掘变得越来越重要。开发有效、准确的农作物病虫害命名实体识别系统有助于在农作物病虫害相关研究报告中提取研究成果,为农作物病虫害的治理提供有效建议。本文针对中文农作物病虫害数据集缺失问题,提出了基于半远程监督的停等算法,利用该算法构建中文农作物病虫害领域语料库,大幅度减少标注过程的人工成本和时间成本;同时,提出了中文农作物病虫害命名实体识别模型(Agricultural information extraction, Agr-IE),该模型基于BERT-BILSTM-CRF,辅以多源信息融合(多源分词信息和全局词汇嵌入信息)丰富字符向量,使其充分结合字符级与词汇级的信息,以提高模型捕捉上下文信息的能力。实验表明,该模型可以有效地识别病害、虫害、药剂、作物等实体,F1值分别为96.56%、95.12%、94.48%、95.54%,并对识别难度较大的病原实体具有较好的识别效果,F1值为81.48%,高于BERT-BILSTM-CRF、BERT等模型的相应值。本文所提模型在MSRA和Weibo等其他领域数据集上与CAN-NER、Lattice-LSTM-CRF等模型进行了对比实验,并取得最佳的识别效果,F1值分别为95.80%、94.57%,表明该算法具有一定的泛化能力。 相似文献
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本试验以表达猪乳铁蛋白肽的重组屎肠球菌(pNZ8112-PLFcin/Ef)饲喂断奶仔猪,研究其对仔猪生长性能的影响和抗产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)感染的效果。选取28日龄体重相近的健康断奶仔猪36头,随机分为3组(重组屎肠球菌组、空载体组和培养基组),每组3个重复,每个重复4头仔猪。重组屎肠球菌组和空载体组分别饲喂添加pNZ8112-PLFcin/Ef (6×1012 CFU/kg)和pNZ8112/Ef (6×1012 CFU/kg)的基础日粮,而培养基组饲喂含有相同体积的GM17液体培养基的基础日粮。试验期26 d。结果显示,与培养基组相比,重组屎肠球菌组断奶仔猪的平均日增重极显著提高(P<0.01);料重比显著降低(P<0.05);腹泻率明显降低,肠道菌群的均匀度和多样性指数均下降。为进一步探究表达猪乳铁蛋白肽的重组屎肠球菌对断奶仔猪抵抗ETEC感染的保护作用,在连续饲喂21 d后,每个重复中随机挑选1头体况相近的断奶仔猪灌服ETEC。结果发现,与培养基组相比,攻菌后重组屎肠球菌组断奶仔猪血清白细胞介素-2(IL-2)、免疫球蛋白G (IgG)含量、肠黏液中分泌型免疫球蛋白A (sIgA)水平均显著升高(P<0.05);脾脏指数显著提高(P<0.05),但胸腺指数、肠段长度及重量则均无显著差异(P>0.05)。综上所述,表达猪乳铁蛋白肽的重组屎肠球菌能够起到促进断奶仔猪生长及抗ETEC感染的保护作用。 相似文献
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为探究表达牛乳铁蛋白肽的重组鸡源乳酸杆菌pPG-XLFEC/M11对雏鸡抵抗传染性法氏囊病病毒(IBDV)感染的作用,本研究利用IBDVCEF94株感染DF-1细胞,通过CCK-8法检测病毒感染后的细胞活性,利用qRT-PCR检测病毒载量,结果显示重组乳酸菌表达的牛乳铁蛋白肽可以抑制IBDV在DF-1细胞内的增殖;以重组乳酸菌pPG-XLFEC/M11饲喂雏鸡,利用IBDV强毒UK661株进行攻毒实验,结果显示饲喂重组菌的雏鸡相比于对照组,IBDV的感染对其组织器官的损伤较小,总免疫球蛋白IgG和SIgA含量增加,细胞因子IL-6、IL-8、TNF-琢和IFN-酌以及TLR2的mRNA转录水平均显著升高,且提高了雏鸡的存活率。本实验结果表明,重组鸡源乳酸杆菌表达的牛乳铁蛋白肽可以增强机体的免疫应答水平,对雏鸡具有一定的抗IBDV感染的作用。本研究为表达牛乳铁蛋白肽的重组鸡源乳酸杆菌在生产中的应用以及为禽类疾病的预防奠定基础。 相似文献
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表达猪圆环病毒2型cap蛋白的重组罗伊氏乳酸杆菌在小鼠诱导的免疫应答分析 总被引:1,自引:1,他引:0
旨在构建表达猪圆环病毒2型(PCV2)cap蛋白的重组罗伊氏乳酸杆菌(Lactobacillus reuteri,L.reuteri),并评价其在小鼠体内诱导的免疫应答效果。利用PCR扩增实验室分离保存的PCV2b型毒株的cap蛋白基因,以猪源L.reuteri为宿主菌,构建表达cap蛋白的重组菌株pPG-T7 g10-PPT-cap/L.reuteri,通过口服免疫BALB/c小鼠。采用间接ELISA方法测定免疫后小鼠血清中抗原特异性IgG抗体水平,粪便、鼻腔洗液、生殖道洗液、肠黏液中抗原特异性sIgA抗体水平,小鼠血清中各细胞因子水平;MTT法检测小鼠脾淋巴细胞增殖水平;流式细胞技术检测小鼠脾淋巴细胞中CD4+T细胞、CD8+T细胞的水平;荧光定量PCR检测免疫后攻毒的小鼠体内器官的病毒载量。结果显示,口服免疫重组乳酸菌组小鼠血清IgG抗体水平显著高于对照组(P<0.01);小鼠粪便、鼻腔洗液、生殖道洗液、肠黏液中sIgA抗体水平显著高于对照组(P<0.01);小鼠血清中细胞因子水平和对照组相比,IFN-γ、IL-2、IL-4、IL-12水平升高,IL-10水平降低,IFN-α无显著变化;体外孵育PCV2和小鼠脾淋巴细胞结果表明,重组乳酸菌组小鼠脾淋巴细胞增殖刺激指数显著高于对照组(P<0.01);流式细胞技术检测结果显示,口服免疫重组乳酸菌组小鼠脾细胞中CD4+T细胞、CD8+T细胞含量高于对照组;荧光定量PCR结果显示,相比于对照组,口服免疫重组乳酸菌组小鼠体内的病毒载量明显低于对照组。综上所述,本研究成功构建了表达PCV2 cap蛋白的重组罗伊氏乳酸杆菌,经口服途径免疫动物,构建的重组乳酸杆菌能够刺激小鼠产生体液免疫和细胞免疫应答,且具有一定的免疫保护效果。 相似文献
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在比较我国猪轮状病毒(PRV)强弱毒株非结构蛋白NSP4 cDNA序列时发现,两者在可能与致病性有关的区域(aa112~aa175)内存在显著差异.为进一步研究这种变异是否与毒力改变有关,本研究从我国流行弱毒株JL94中扩增Nsp4基因并突变其135、136和138氨基酸位点,以谷胱甘肽S-转移酶GST重组蛋白的形式在大肠杆菌Rosseta中表达突变和未突变两种Nsp4蛋白C端编码aa 112~aa 175的截短蛋白并用Glutathione SepharoseTM 4B亲和纯化.将纯化的两种蛋白均以40 μg的剂量腹腔接种新生BALB/c乳鼠.结果显示,接种GST-Nsp4突变重组蛋白组,有大部分小鼠先后发生腹泻(7/12),接种未突变GST-Nsp4重组蛋白组,只有少部分小鼠发生先后腹泻(3/12),而注射PBS的对照组,均未发生腹泻.本研究证明PRV Nsp4第135位、136位和138位氨基酸位点的变异影响蛋白毒性的改变,其致腹泻活性具有明显差异(p<0.05).为进一步研究PRV的致腹泻机理和防制及其疫苗的研制奠定基础. 相似文献
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晋西黄土区坡耕地不同下垫面水土流失对侵蚀性降雨的响应 总被引:3,自引:0,他引:3
为了揭示晋西黄土区不同类型坡耕地的产流、产沙及入渗规律,以4种下垫面(玉米、马铃薯、弃耕地、裸地)径流小区为研究对象,采用水量平衡的方法,分析了降雨因子对地表径流深、泥沙流失量和入渗率的影响。不同下垫面径流小区的径流深、泥沙流失量从小到大依次表现为玉米地马铃薯地弃耕地裸地,入渗率则反之。与玉米地相比,马铃薯地、弃耕地和裸地的径流深增加了58.95%,146.85%,261.48%;泥沙流失量增加了50.45%,94.98%,240.06%;入渗率下降了5.68%,14.25%,25.36%。玉米地、马铃薯地、裸地径流深与I_(10),I_(30),P×I_(10),P×I_(30)呈较好的幂函数关系,弃耕地径流深与之呈较好的一次函数关系,泥沙流失量也表现出相似趋势。入渗率随雨强增大呈减小趋势。与马铃薯地、弃耕地和裸地相比,玉米地在不同程度上有减流减沙、增加入渗的特性。 相似文献