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本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。 相似文献
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为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。 相似文献
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microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。 相似文献
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建立能同时检测猴B病毒5种基因型的通用核酸检测体系,并对其进行方法学评价。首先,对猴B病毒5种基因型代表毒株全序列进行比对,选取其保守区域(g B基因)设计猴B病毒的通用引物和探针。其次,构建参考品质粒,并以其为模板建立核酸检测体系的标准曲线。最后,对该核酸检测体系分别进行特异性、通用性、敏感性和重复性评价。建立的标准曲线在3×107~3×102 copies模板范围内相关系数|r|=0.999。方法学评价结果显示,该核酸检测体系与人单纯疱疹病毒1型、人单纯疱疹病毒2型、水痘带状疱疹病毒、EB病毒、巨细胞病毒均无交叉反应;可同时检测猴B病毒5种基因型,检测下限为30 copies;批内和批间实验重复性良好。建立的猴B病毒通用核酸检测体系对于疑似猴B病毒感染病例的辅助诊断,以及高质量实验猴群的建立均有着重要意义。 相似文献
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本研究基于全同胞组内相关法对9月龄刺参(Apostichopus japonicus)苗种体长、体重、肉刺总数3个性状的遗传力进行了评估.以前期收集、保存的刺参群体为亲本,选取了健康刺参29头,采用不平衡巢式设计方法及人工刺激采卵授精方法,按照1雌配2-5雄的原则,构建了6个母系半同胞家系及23个父系全同胞家系,至9月龄时,分别抽取每个家系30-50个后代测定相应个体的体长、体重及肉刺总数,应用数量遗传学分析和全同胞组内相关法估计刺参9月龄体长、体重和肉刺总数共3个生长性状的遗传力.结果显示,9月龄刺参体长雌性组分遗传力的估计值为0.87,雄性组分遗传力估计值为0.85,全同胞组分遗传力估计值为0.86;刺参体重雌性组分遗传力估计值为0.20,雄性组分遗传力估计值为0.73,全同胞组分遗传力估计值为0.46;肉刺总数雌性组分遗传力估计值为0.43,雄性组分遗传力估计值为0.32,全同胞组分遗传力估计值为0.37.t检验表明,体长、体重的雄性组分遗传力达到显著水平(P<0.05),全同胞组分遗传力均达到极显著水平(P<0.01),肉刺总数的遗传力均未达到显著水平. 相似文献
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对山东胶南地区刺参养殖池中常见的一种对刺参危害较大的刚毛藻品种进行了分类鉴定,并对其繁殖生长情况进行了调查研究,提出了相应的防控对策,以期为刺参室外池塘养殖期敌害藻类的防控提供参考。结果表明:该藻是曲褶刚毛藻(Cladophora flexuosa)。4月中旬,当池塘水温从13.5 ℃逐渐升高时开始出现;5月水温20 ℃左右时达到繁殖高峰,生物量达500 g·m-2;6月池塘水温升高至25 ℃后开始衰亡;7月水温达28 ℃后腐烂消亡。在刚毛藻繁殖初期应提高水位或及时清除池塘底部的刚毛藻,以防其大量生长,死亡后败坏水质,造成刺参死亡。 相似文献
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“食品安全与质量控制技术”是一门以生产实践中影响食品安全因素和食品安全保障措施为主线,着重培养学生食品安全管理能力和解决食品安全实际问题能力的综合性应用课程。将食品溯源仿真平台系统应用于“食品安全与质量控制技术”课程教学中,能使教学内容更加形象化、具体化,激发学生的学习兴趣,提高学生的应用能力和适应企业需求的能力。 相似文献
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野生和养殖红鳍东方鲀营养品质的比较分析 总被引:1,自引:0,他引:1
本试验对野生1龄、养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀的一般营养成分及肌肉氨基酸和脂肪酸的组成进行测定,旨在比较野生和养殖红鳍东方鲀的营养品质。试验选取野生1龄红鳍东方鲀15尾(体重71~139 g、体长13.4~18.9 cm)、养殖1龄红鳍东方鲀(投喂冰鲜杂鱼)13尾(体重90~147 g、体长14.8~20.4 cm)、养殖2龄红鳍东方鲀(投喂冰鲜杂鱼)10尾(体重578~639 g、体长31.3~36.7 cm)作为样本。采用国家标准方法测定组织中的一般营养成分及肌肉氨基酸和脂肪酸组成,并对肌肉营养品质进行分析。结果表明:全鱼粗蛋白质含量以野生1龄红鳍东方鲀最高,为68.07%,比养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀分别高出了32.3%、20.6%(P0.05),而全鱼粗脂肪含量则为养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀显著高于野生1龄红鳍东方鲀(P0.05);养殖2龄红鳍东方鲀肌肉粗蛋白质含量显著高于野生1龄和养殖1龄红鳍东方鲀(P0.05),各样本间肌肉粗脂肪和粗灰分含量差异不显著(P0.05);各样本的肝脏粗蛋白质和粗脂肪含量变化较大,粗蛋白质含量按照野生1龄、养殖1龄、养殖2龄的顺序依次显著降低(P0.05),而粗脂肪含量则呈现与粗蛋白质相反的变化。野生和养殖红鳍东方鲀肌肉中均检测出18种氨基酸,而且在含量上养殖红鳍东方鲀大多数均显著高于野生红鳍东方鲀(P0.05)。根据氨基酸评分(ASS)和化学评分(CS),红鳍东方鲀肌肉中赖氨酸的含量相对较为丰富,且养殖2龄红鳍东方鲀必需氨基酸指数(EAAI)最高,其次为养殖1龄红鳍东方鲀,最后为野生1龄红鳍东方鲀。野生和养殖红鳍东方鲀肌肉中共检测出19种脂肪酸,且野生和养殖红鳍东方鲀脂肪酸组成相似,野生1龄、养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀肌肉中饱和脂肪酸(SFA)含量差异不大(P0.05),多不饱和脂肪酸(PUFA)含量则以养殖2龄红鳍东方鲀最高,为51.54%,但是各样本间差异不显著(P0.05);肌肉中C20∶5n-3(EPA)和C22∶6n-3(DHA)含量均较丰富,其中养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀DHA的含量分别比野生1龄红鳍东方鲀高出了24.7%、27.2%(P0.05),而且养殖1龄和养殖2龄红鳍东方鲀EPA+DHA的含量也显著高于野生1龄红鳍东方鲀(P0.05)。由此可知,红鳍东方鲀营养组成合理,且养殖红鳍东方鲀营养品质优于野生红鳍东方鲀。 相似文献
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2013年夏季山东地区某刺参育苗场处于保苗期的刺参苗种暴发 腐皮综合征疾病,表现为附着力下降、棘刺顶端溃烂、排脏、表皮溃疡和自溶等症状。自患病个体病灶组织分离优势细菌,并利用形态学观察、生理生化测定、回接感染、16S rDNA基因序列分析等方法完成致病原的鉴定。此外,通过对发病前后养殖系统中优势菌丰度的变化,追踪确定了所分离病原菌的致病阈值。结果显示,从患病参苗体表病灶处分离的一株优势菌HP130917A-1,经回接感染证实,该菌株具有较强的致病力,其对刺参苗种的半致死浓度为1.2×106 CFU/ml。生理生化结合分子鉴定表明,该菌株为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)。此外,完成了患病池保苗期间池水和附着基表面微生物菌群结构动态分析,共分离得到了6种主要优势菌,分别为溶藻弧菌、需钠弧菌(Vibrio natriegens)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)和马胃葡萄球菌(Staphylococcus equorum)。溶藻弧菌一直是养殖系统中优势度最高的种类,且随着附着基在保苗池中时间的延长,其在附着基表面沉积物中的浓度越来越高。到第50天时,浓度达到8.97×106 CFU/cm2。而此时系统中参苗开始暴发腐皮综合征疾病,可将此浓度视为该病原的致病阈值。因此,在夏季保苗过程中应加强养殖系统中弧菌总数的监测,制定适宜的附着基更换频率,建立和优化刺参保苗工艺,以期为刺参苗期疾病防控和优化健康养殖管理提供理论依据和参考。 相似文献