猪A型塞内卡病毒感染诱导猪肾细胞(PK-15)长链非编码RNA差异表达谱的分析     

唐晓钰  周芝海  吴芮庭  陈雨琪  郑瑶瑶  苏江南  马静云 《中国预防兽医学报》2020,(1):6-11

为研究猪A型塞内卡病毒(SVA)感染猪肾细胞(PK-15)后对于PK-15 lncRNA表达谱的影响,本研究进行了高通量测序以检测SVA感染诱导PK-15产生的差异表达lncRNA。结果显示,在SVA感染后24 h,共诱导1043个lncRNA差异表达,其中已知的lncRNA 420个,未知的lncRNA 623个。GO富集和KEGG通路分析显示,lncRNA靶基因富集于p53信号通路、RIG-I样受体信号通路、MAPK信号通路、IgA生成的肠道免疫网络通路等。根据高通量测序结果选择了8个差异表达的lncRNA采用荧光定量PCR验证,验证结果与高通量测序结果一致。本研究初步表明lncRNA参与了SVA对PK-15细胞的感染过程,为SVA的分子机制研究提供了新的方向。  相似文献   

猪场废水处理系统出水及周边河流中噬菌体携带抗性基因的污染特征   总被引：1，自引：1，他引：0  

杨亦文  陈颖熙  蔡影峰  邢斯程  吴芮庭  陈凝雪  廖新俤 《农业环境科学学报》2020,39(11):2631-2639

噬菌体是抗生素抗性基因水平转移的重要载体，其携带的抗性基因受到广泛关注。本研究选择5座典型猪场废水处理系统为研究对象，采集其出水样、排入河流的上游和下游水样，提取其噬菌体DNA，利用实时荧光定量PCR技术检测四环素类抗性基因tetG、tetX和tetW、磺胺类抗性基因sul1和sul2、大环内酯类抗性基因ermA和ermB、β-内酰胺类抗性基因bla_TEM、氯霉素类抗性基因cmlA，以及整合子基因intl1和intl2的含量。结果表明，猪场废水处理系统出水中噬菌体携带抗性基因的检出率低于河流样品的检出率，其中只有在1/5的系统出水样品中检测到cmlA，2/5的系统出水样品中检测到sul1，而所有河流样品都检测到cmlA和sul1；sul2的平均绝对丰度（4.09±0.16）显著高于其他抗性基因的丰度（P<0.05），其他抗性基因丰度由高到低依次为tetX、tetG、sul1、tetW、bla_TEM、ermB、cmlA、ermA，并且cmlA的丰度分别与bla_TEM和sul1之间存在显著强正相关（P<0.05），intl1分别与bla_TEM、cmlA和sul1之间呈显著强正相关（P<0.05）；只有cmlA和sul1的丰度在各猪场之间没有显著差异，其他噬菌体携带抗性基因的丰度在不同猪场间存在较大的差异；系统出水（2.01±0.21）中总抗性基因的丰度显著低于河流上游（3.03±0.13）和下游（2.88±0.16）中的丰度（P<0.05）。本研究表明，典型猪场废水处理系统出水中含有高丰度的噬菌体携带抗性基因，但未对周边河流造成显著影响。  相似文献