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以山定子和Y系山定子(早花山定子)为试材,分析苹果花发育相关基因MbFT1、MbFD、MbMADS12、MbAP1及MbSOC1在两者的芽及韧皮部中的表达模式,为探究早花山定子的早花机制提供理论依据。结果表明,MbAP1仅在早花山定子芽中高表达,MbAP1的表达模式及表达量可能是影响早花山定子早花发育的一个重要因素。对山定子和早花山定子中MbAP1基因启动子序列进行分析发现,山定子和早花山定子MbAP1启动子序列存在碱基差异位点,其中在-388bp位置的碱基由C变为G,导致顺式作用元件由山定子的生长素响应元件TGA-element变为早花山定子的水杨酸响应元件TCA-element。推测MbAP1基因在山定子和早花山定子中表达模式的不同可能与两者启动子的碱基差异有关。 相似文献
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【目的】通过转录组学和生物信息学,在苹果全基因组中对可能互作的MdARF和MdIAA进行鉴定,为明确相关基因功能和解析生长素调控苹果果实大小的分子机理奠定基础。【方法】对野生大果型‘皇家嘎啦’和miRNA172p过表达的转基因小果型‘皇家嘎啦’进行不同发育时期和不同组织材料的转录组测序,对测序结果进行基因的功能注释及差异表达分析。利用转基因小果和野生型大果的转录组数据,筛选在果实发育中表达的苹果MdARFs和MdIAAs基因家族成员,通过逐一在两个家族间计算基因时空表达的相关系数,筛选可能互作的MdARF-MdIAA组合,将从拟南芥基因组中下载的23个ARFs和34个Aux/IAAs、番茄基因组中下载的21个ARFs和25个Aux/IAAs,分别与互作候选MdARFs和MdIAAs进行比对,并进一步构建系统发育树。使用MEME和TBtools对苹果候选互作对中的MdARFs和MdIAAs蛋白进行Motif分析。利用STRING蛋白互作预测数据库进行同源映射,构建苹果中的蛋白-蛋白互作网络,进一步的确认候选互作对,最终得到苹果中通过互作参与果实发育可能性最高的MdARF-MdIAA组合。【结果】分别对野生型‘皇家嘎啦’和miR172OX转基因‘皇家嘎啦’盛花期后两周的全果和盛花期后4周的果皮、果肉和果核进行转录组测序,共生成178.19 Gb的数据量,各项指标均表明,3个生物学重复在所有组织类型上均具有高度一致性。在转录组数据中,共鉴定到38个MdARFs和27个MdIAAs在至少一个文库中的FPKM值大于2,在苹果果实发育时期表达。通过计算Pearson相关系数对表达的MdARFs和MdIAAs两两进行相关性分析,其中8对MdARF-MdIAA的相关系数大于0.9或小于-0.9,作为初步筛选的候选互作组合。将8对组合中的MdARFs和MdIAAs分别与拟南芥和番茄中的ARFs和IAAs进行序列比对并构建系统进化树后发现,MdARF6和MdARF19与起转录激活作用的AtARFs同属一个分支。而MdARF2、MdARF4和MdARF9则与起转录抑制作用的AtARFs具有较近的亲缘关系。Motif分析结果显示,候选MdARF、MdIAA蛋白中均包含Motif 2和Motif 5。Motif 2和Motif 5分别对应IAA蛋白中的保守结构域Motif IV和Motif III。互作蛋白在拟南芥中进行同源映射校验后,最终得到两对MdARF-MdIAA组合可用于进一步的功能验证。【结论】苹果MdARF和MdIAA家族成员,在果实发育时期,有8对组合在表达量上存在显著的相关性,进一步同源映射确认互作后,最终确定MdARF4-MdIAA17和MdARF4-MdIAA19两对互作组合,极有可能通过互作传递生长素信号参与调控苹果果实发育。 相似文献
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径向基函数在无单元方法中的应用 总被引:5,自引:0,他引:5
采用基于径向基函数的无单元法求解微分方程,探讨2种径向基函数的性质。得到了基函数中自由参数与求解精度的关系曲线,以及节点均布时自由参数最佳取值的计算公式及其数值;将节点均布下得到的自由参数取值公式应用于节点任意排列的情况,其求解精度仍能得到保证;比较了无单元方法在节点均布与否2种情况下的计算精度,其求解结果变化不大,均满足精度要求,说明这种无单元法对节点位置不敏感。 相似文献
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五种杀虫剂对圆果大赤螨毒力及其对假眼小绿叶蝉捕食作用的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
测定了印楝素、吡虫啉、赛丹、天王星和敌敌畏5种杀虫剂对圆果大赤螨的毒力,及其对茶假眼小绿叶蝉捕食作用的影响。结果表明,印楝素和吡虫啉对圆果大赤螨的毒性和捕食功能影响较小,其它3种农药影响较大;亚致死剂量杀虫剂对圆果大赤螨功能反应模型的基本结构没有改变,但影响到了模型的各项参数,药剂处理后圆果大赤螨最大日捕食量降低,处理猎物的时间延长,捕食速率和寻找效应减弱,说明亚致死剂量杀虫剂对天敌圆果大赤螨的捕食作用存在着不良影响。 相似文献
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叶绿素酶(Chlorophyllase,CLH)是叶绿素降解过程中的关键酶,将叶绿素a脱去植醇,形成脱植基叶绿素a。以白化茶树白鸡冠新梢叶片为材料,克隆获得3条CsCLHs基因cDNA全长序列,并进行生物信息学分析。结果表明,3条CsCLHs基因分布于2个亚家族,其蛋白质编码区(Coding sequence,CDs)长度为894~975 bp,编码氨基酸个数为297~324,蛋白质分子量为31.99~34.91 kDa,等电点为4.89~7.61,不稳定系数为38.94~48.24,其中CsCLH1.1和CsCLH1.2为不稳定蛋白,CsCLH2为稳定蛋白。Cell-PLoc亚细胞定位预测结果表明,3个CsCLHs蛋白均定位于叶绿体;而WolfPsort亚细胞定位预测结果显示,CsCLH1.1和CsCLH1.2定位于细胞质,CsCLH2定位于叶绿体。遮阴和恢复光照处理下的qRT-PCR结果显示,遮阴抑制白鸡冠叶片CsCLHs的表达,光照诱导白鸡冠叶片CsCLHs的表达。不同品种中CsCLHs表达模式分析表明,CsCLH1s在白化叶中高表达。另外,酵母单杂交结果表明,CsCDF5可以与CsCLH1.1和CsCLH2启动子结合。综上所述,CsCLHs在白化茶树叶片中可能参与叶绿素降解,在叶片白化过程中发挥重要作用,结果可为进一步探究茶树CLH基因家族的功能及茶树叶片白化机理提供参考。 相似文献