朱蕉叶绿体基因组特征与系统发育分析     

李卫英  辛静  赵文植  董章宏  马路遥  夏茂甜  高洁  辛培尧 《热带作物学报》2022,43(4):653-665

朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区.为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析.结果表明:朱蕉叶绿体基...  相似文献   

无刺龙舌兰叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析          下载免费PDF全文

王飞  辛雅萱  董章宏  赵文植  李卫英  马路遥  夏茂甜  辛培尧 《南方农业学报》2022,53(4):1030-1039

【目的】分析无刺龙舌兰叶绿体基因组特征及密码子偏好性,为无刺龙舌兰叶绿体相关基因的表达、修饰和物种进化研究提供参考。【方法】对无刺龙舌兰的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析密码子偏好性及其影响因素,并通过建立高、低基因表达库,筛选出最优密码子。基于20个已发表的龙舌兰科植物叶绿体基因组数据构建系统发育进化树。【结果】无刺龙舌兰叶绿体基因组总长157579 bp,大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和2个反向重复区(IRa和IRb)的长度分别为85940、18279和26680 bp,GC含量为37.8%,包括135个基因(85个蛋白编码基因、38个tRNA基因、8个rRNA基因及4个未知功能的基因),从中筛选出51个长度大于300 bp的基因编码区(CDS)序列,其有效密码子数(ENC)均大于41.0。GC1、GC2、GC3和GC3s含量分别为46.75%、39.61%、29.19%和26.06%,说明密码子第3位多以A/T结尾。GCall与GC1、GC2和GC3均呈极显著相关(P<0.01,下同),但GC3与GC1和GC2均无显著相关性(P>0.05,下同),表明密码子第1、2位的碱基组成相似,但与第3位的相似度不高。选择和突变是导致叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素。筛选出14个多以A/U结尾的最优密码子。无刺龙舌兰与克雷塔罗丝兰和西地格丝兰为姊妹关系,自荐值为100%。【结论】无刺龙舌兰叶绿体基因组为保守的四分体结构,叶绿体基因组密码子偏好性较弱,主要受选择和突变等多因素影响。基于植物叶绿体基因组构建系统发育进化树在物种的分类鉴定及确定各物种间系统发育关系的研究中是一种准确、可靠的方法。  相似文献   

无毛青藤叶绿体基因组解析及系统发育分析     

赵文植  杨琳懿  曹正英  辛静  马路遥  王飞  李卫英  辛培尧 《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2023,(5):149-157

【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中,IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿...  相似文献   

环境污染对蚕桑生产的危害及其防治     

金勤生  邹应庆  杨海江  吕金火  李卫英 《中国蚕业》2006,27(1):89-90

湖州市南浔区现有9个镇和1个经济开发区,养蚕农户近9万户,桑园近8200hm2,年饲养蚕种近20 万张,年产蚕茧约9000t,占全市蚕茧总产量的45％, 是湖州市乃至浙江省的一个蚕茧主产区。但是近年来,由于排污工业企业的数量迅速增多,加上农药等造成污染得不到有效控制,水和大气中的污染不  相似文献   

乙酰氨基阿维菌素对奶牛的驱虫效果及生产性能的影响     

蔡泽川  李卫英  关文怡  汪明 《山东畜牧兽医》2013,(6):12-13

本文对乙酰氨基阿维菌素的驱虫效果及对泌乳奶牛生产性能的影响进行试验,结果表明,所有不同组试验牛平均泌乳量在给药后均有变化,其中在给药前30d,给药组平均泌乳量为26.01±5.03kg/d.头,对照组为25.32±4.28kg/d.头;给药60d后,试验组奶牛的产奶量24.72kg/d.头;对照组奶牛的产奶量22.14kg/d.头。给药前30d,给药组平均泌乳量比对照组多0.69kg/d.头,给药60d后试验组比对照组多1.89kg/d.头。  相似文献   

无人机遥感技术在陆地生态系统监测与评价中的应用     

王飞  李伟  赵文植  李卫英  辛培尧 《安徽农学通报》2021,27(10):115-119

陆地生态系统对人类生存和社会发展极为重要,进行陆地生态系统综合监测与生态环境评价是解决和治理生态问题的前提.传统地面监测方法由于视角问题很难满足综合监测与评价的要求,而卫星遥感监测又存在监测精度低、时效性差等问题.无人机灵动性好、便于操作,经搭载各类型遥感传感器,可实现陆地生态系统动态连续监测.基于此,无人机遥感技术在森林、草原、荒漠及农田生态系统的监测与生态环境评价中已得到了广泛应用.  相似文献   

乙酰氨基阿维菌素对北京怀柔地区山羊蜱的疗效观察     

蔡泽川  于童  李卫英  宋猛  汪竹君  汪明 《中国兽医杂志》2012,48(10)

蜱是许多种脊椎动物体表的暂时性寄生虫,是一些人兽共患病的传播媒介和贮存宿主,对动物和人的危害极大.乙酰氨基阿维菌素是一种新型的阿维菌素类药物,通过阻断神经信号的传递,使虫体神经麻痹,肌肉细胞失去收缩能力而导致虫体死亡.目前,国内乙酰氨基阿维菌素在绒山羊体内驱虫效果报道较少,对蜱的驱除效果报道更少,为检验其对蜱的驱除效果,以及药效的持续时间,2011年7月～9月在怀柔区汤河口进行了乙酰氨基阿维菌素驱蜱的药物试验.  相似文献   

扁核木属植物叶绿体基因组特征分析          下载免费PDF全文

王飞  赵文植  董章宏  马路遥  李卫英  夏茂甜  王正德  辛培尧 《热带作物学报》2022,43(9):1759-1770

扁核木属（Prinsepia）植物在中国分布有4个种,均具有极高的食用和药用价值。为解析扁核木属植物的叶绿体基因组特征,基于现已发表的扁核木属植物叶绿体基因组,利用相关生物信息学手段进行其叶绿体基因结构、SSR、密码子偏好性和序列变异情况分析,并构建系统发育树。结果表明,2种扁核木属植物叶绿体基因组大小介于159 179~ 168 206 bp之间,平均GC含量为37.3%,从编码基因数目来看,仅相差2个tRNA,而蛋白编码基因和rRNA数目均一致,种间具有较高的保守性;在扁核木和蕤核叶绿体全基因组序列中各检测出分散重复49个,其中以正向重复和回文重复为主,占比达73%~82%,而串联重复数目分别为49个和58个,经简单重复序列SSR分析,分别在2种植物叶绿体基因组序列中分别筛选出100个和84个SSR位点,且多是以A/T碱基为主的单核苷酸重复类型;扁核木属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析发现GC3的碱基含量显著低于GC1和GC2,说明密码子偏好以A、U结尾,ENC取值均大于48%,表明其密码子偏性较弱,中性绘图和PR2-plot分析发现自然选择是影响扁核木属植物密码子使用偏好性的主要原因,通过建立高、低基因表达库,以RSCU值为参考,确定了6个扁核木属最优密码子。经叶绿体基因组序列变异分析,根据核苷酸多态性指数Pi>0.015筛选出trnH-GUG-psbA,psbZ-trnG-UCC-trnfM-CAU-rps14和psaJ-rpl33-rps18等3个高变区,以蕤核叶绿体基因组为参考,在扁核木叶绿体基因组编码区发现存在大量的插入、缺失和SNP突变位点,并在蕤核叶绿体基因组中发现了多个该物种的特有基因。基于叶绿体基因组的trnS-trnG间隔区构建的系统发育树显示,4种扁核木属植物可分为南系（扁核木、台湾扁核木）和北系（蕤核、东北扁核木）两类。研究结果可为扁核木属植物的系统发育、分类鉴定及其资源的开发利用等相关研究提供理论基础。  相似文献