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利用生物信息学方法对铁皮石斛GH3基因家族成员进行筛选、鉴定,对其基因结构、蛋白理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质二级结构及跨膜预测、基序及染色体定位进行分析,同时分析GH3基因家族在不同组织以及低磷与正常磷水平下的表达模式。在铁皮石斛全基因组中筛选得到13个GH3家族基因,其中一个基因存在可变剪切,表达为14个GH3蛋白。GH3基因家族蛋白可分为3个亚家族,各亚家族中不同基因相对保守;各成员均含有内含子与外显子,内含子相位在0～2,13个基因分布在8染色体上。GH3基因家族在铁皮石斛的8个组织中均有表达,其中白根和花蕾表达量高,茎和唇瓣低,推测GH3基因家族可能参与铁皮石斛根系生长以及开花现蕾。低磷与正常磷水平表达结果表明,低磷水平下叶中基因LOC110110392、LOC110100144表达上调,根中基因LOC110095762、LOC110107269表达上调。该研究对铁皮石斛糖苷水解酶GH3基因家族成员生物信息学、在不同组织以及正常磷与低磷条件下的表达水平进行研究分析,筛选响应低磷信号的糖苷水解酶基因,为后期研究糖苷水解酶参与低磷条件下铁皮石斛多糖代谢调节机制提供研究基础... 相似文献
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应用Illumina Hi Seq测序平台对T_1(不覆盖)、T_2(地膜覆盖)、T_3(秸秆覆盖)、T_4(秸秆/地膜覆盖)、T_5(地膜/秸秆覆盖)5种模式下4年生红花玉兰根系细菌群落多样性和系统发育进行研究,揭示不同覆盖模式对红花玉兰根系细菌群落多样性的影响。结果显示:5个处理的细菌Shannon多样性指数由大到小的顺序为T_4、T_5、T_2、T_3、T_1,T_4最高,为10.565,除T_4与对照差异显著,其他处理差异不显著;Chao1多样性指数由大到小的顺序为T_2、T_3、T_5、T_4、T_1,T_2最高(5 838.12),各处理均显著大于对照;根系土壤细菌群落主要有变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)及其他未分类的细菌;变形菌门为优势种群,所占比例由大到小的顺序为T_5、T_3、T_1、T_4、T_2,其中T_5所占比例最高(42.6%),T_2最低(31.98%)。α-变形杆菌纲(Alphaproteobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteria)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)、丙型变形菌纲(Gammaproteobacteria)等组成红花玉兰根系土壤细菌群落的细菌纲,α-变形杆菌纲为所有处理中的优势菌纲。另外,T_1、T_2、T_3的优势属为芽孢杆菌属(Bacillus),T_4的优势属为节杆菌属(Arthrobacter),T_5的优势属为乳杆菌属(Acidobacterium)。冗余分析(RDA)结果显示,T_3和T_5处理能够提高土壤中全氮、速效磷、速效钾质量分数,T_2和T_4处理能够提高细菌多样性指数。研究表明,4种覆盖均能提高细菌多样性,单层覆盖模式下和多重覆盖模式下红花玉兰根系土壤细菌的优势菌属不一样。秸秆与土壤直接接触的覆盖能够提高土壤养分,而地膜与土壤直接接触的覆盖能够提高细菌多样性。一年覆盖土壤全氮、速效磷、速效钾质量分数和p H值改变与细菌多样性指数差异不显著。 相似文献
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为了综合评价不同产地栀子果实的质量,对6个产地的栀子果实的鲜重、长度、直径进行测定,对果实中的栀子苷、西红花苷Ⅰ和西红花苷Ⅱ含量进行测定,构建了栀子指纹图谱,采用相似度评价对栀子样品数据进行分析。结果显示,产地为浙江温州的栀子的果实质量最大,直径最长,农艺性状显著区别于其他产地,且其主成分含量显著高于其他产地,6个产地栀子的定量指纹图谱相似度均大于0.97。本研究运用主成分分析和聚类分析,有效区分了不同产地的栀子药材,将6个产地的栀子分为4大类。通过上述分析,明确浙江温州所产的栀子综合性状最优,为综合评价不同产地栀子质量提供理论依据。 相似文献
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