橡胶草转录组SSR信息分析与标记开发     

甘霖  吴景  杨玉双  张继川  覃碧  王学卓  刘实忠 《热带农业科学》2019,(1)

为了在总RNA水平上揭示橡胶草SSR分布规律和特性,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRI T(Si mpl e Sequence Repeat I dent i f i cat i on Tool),对橡胶草6 756条无冗余的EST分别进行SSR鉴定。结果共搜查到2 761个1～6碱基SSR,出现频率最高的为单碱基重复基元类型,其次为三碱基重复基元类型与二碱基重复基元类型,分别为2 139、 338与219个,其出现频率分别为77. 5%、 12. 2%与7. 9%。AG/CT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的73. 1%;而AAG/CTT与ACC/GGT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的24. 3%与23. 7%。设计了20对SSR引物并验证了它们在蒲公英属3个高度近缘种共24个不同个体中的存在情况。结果表明,引物扩增率为100%,多态率为95%,能够在DNA水平上将橡胶草(TKs)与其他2个高度近缘种短喙蒲公英(TB)及药用蒲公英(TO)有效地区分开。由此表明,将所开发的SSR标记用于橡胶草种质鉴定、蒲公英属不同种间多态性检测和彼此区分是可行的。  相似文献